《永樂大典》與文津閣《四庫全書》、敦煌遺書和《趙城金藏》合稱國家圖書館「四大專藏」。這部「序百王之傳，總歷代之典」的曠世宏編,「合古今而集大成」，規模遠超前代所有類書，實為典冊淵藪、佚書寶庫。諸多佚文秘笈、典章制度賴其得以流傳後世，造福學人。
「大典猶看永樂傳，搜羅頗見費心堅。兼及釋道欠精核，久閱滄桑惜弗全。」令人痛心的是，這部成書於明永樂之初的大典正本至今仍下落不明，而重錄於嘉靖之末的副本也是星散飄零，百存一二。
明洪武二十一年(1388)，翰林院庶吉士解縉上書，指出太祖平時喜讀的《說苑》《韻府群玉》等雜書在內容與編纂方面存在著諸多弊病，願集志士儒英重新編寫一部「上泝唐虞夏商周孔，下及關閩濂洛，根實精明，隨事類別」的新類書以便檢閱。太祖稱讚其才，但後因解縉恃才傲物等故，修書之事未能啟動。洪武三年，太祖又命侍讀唐愚士等人輯「經史百家之言」為《類要》。同年閏五月，太祖駕崩，修纂之事隨即擱淺。
永樂元年(1403)，明成祖朱棣意圖以文治籠絡人心，消彌「靖難之變」後朝野上下的不平之氣，下詔解縉等悉採「各書所載事物類聚之，而統之以韻」，集合「書契以來經、史、子、集、百家之書，至於天文、地誌、陰陽、醫卜、僧道、技藝之言」編成書。解縉奉諭召集百餘人，次年進呈。成祖覽後，賜名《文獻大成》，但認為「尚多未備」。
永樂三年，成祖復令姚廣孝等重修，延攬四方文儒宿學達兩千餘人。永樂五年，姚廣孝進呈《永樂大典表》，成祖審閱後甚為滿意，並親自撰序，正式定名《永樂大典》。永樂六年冬，全書告成，計22877卷，目錄與凡例60卷，分裝11095冊，共約37億字。
《永樂大典》內容包羅萬象，修纂人員匯集各方才傑。「天下文組之英，濟濟乎鹹集京師」，上至在朝官吏，下至民間布衣，各司其職，盡顯其長，正所謂「詞林排次俾分任，綸閣鉛黃更總研」。《永樂大典》修纂機構的最高負責人為監修，其下分工嚴工密且細緻。雖然參與人員眾多，但整個組織龐大而不冗雜，最大程度上保證了各項工作的順利開展。
嘉靖帝非常喜愛《永樂大典》，案頭常置一二帙，以備隨吋翻閱。嘉靖三十六年(1557)，紫禁城大火，奉天門和三大殿被燒毀，嘉靖帝擔心殃及附近文樓貯藏的大典，一夜之中傳諭三四次下令搬遷，使其倖免於火海。為防止不測，他著意重錄一部大典。嘉靖四十一年秋，正式任命高拱、瞿景淳負責校理繕寫《永樂大典》副本。重錄工作直到嘉靖去世次年，即隆慶元年(1567)才大功告成，共耗時五年。重錄本與永樂正本在內容和外觀上幾無二致。
重錄之後，正本和副本存放地變遷如圖
《永樂大典》與一般類書不同，它以韻為綱，以字隸事，每一單字下分類匯集與該字有關的各種資料，把以韻排序與按類部次相結合，並在一些事項下面附有總論，每一事目有一個標題。
《永樂大典》在檢索字的下面首先註明該字在《洪武正韻》中的音韻和最早的出處、訓釋，還要標明篆、隸、行、草、楷等各種書體和異體字，內容十分豐富。裁選的典籍或文章一般列在辭目下面。但根據具體情況，有些也列在標目字的下面。
附：《洪武正韻》是明太祖洪武八年(1375)由樂韶鳳、宋濂等11人奉詔編成的一部官方韻書，共16卷。該書沿襲傳統韻書體例編制，初計有76韻部，後經校補成韻部。《洪武正韻》以當時的共同語為基礎，對明初讀書音作出了規範，以存雅求正為編纂目的，記錄了自隋唐至明初變化的讀書音的現狀，是明初的重要韻書。
《永樂大典》根據文獻中的語詞來確定條目，把各種典籍中凡出現過這個條目的記載，甚至整部書籍全都抄錄下來，並點明採自什麼文章、書籍，是何人撰寫的，讓人明晰出處，可以查考。
《永樂大典》匯集上至先秦，下訖明永樂年間的圖書七八千種，其《凡例》有云：「是書之作，上自古初，下及近代，經史子集，與凡道釋、醫卜、雜家之書，靡不收採……凡天文、地理、人倫、國統、道德、政治、制度、名物，以至奇聞異見，諛詞逸事，悉皆隨字收載。」可見其蒐輯資料之宏富。尤為難能可貴的是，所納典籍基本保持了書籍的原始內容，極具版本價值，且多後世佚文秘典，對保存佚書有獨一無二之功，因此又有「佚書淵藪」之稱。
《永樂大典》所收尤多宋元及明初之書，有關宋元史料極為豐富，清人法式善說：「苟欲考宋元兩朝制度文章，蓋有取之不盡，用之不竭者焉。」特別是所收宋元方志，約略有數百種之多，實如一座蘊藏豐富的礦山寶藏。
《永樂大典》開本宏大，單冊高503釐米、寬30釐米，頗具皇家版風範，每冊約50葉，大多二卷一冊，也有一卷一冊或三卷一冊式的。板框高約35釐米、寬25釐米，四周雙邊，大紅口，紅魚之尾，朱絲欄，皆系手繪。
《永樂大典》採用「包背裝」，書衣用多層宣紙硬裱，外用黃絹連腦包過，格外莊重。裝裱後在書皮左上方貼長條黃絹鑲藍邊書籤，題「永樂大典xxx卷」，右上方貼一小方塊黃絹邊籤，題書目及本冊次第。
《永樂大典》使用的是以桑樹皮和楮樹皮為主要原料製成的皮紙，紙張厚度約012毫米，俗稱為自棉紙。這種紙在嘉靖前後上百年生產量很大，紙質瑩白柔韌，「繭素燦如雪」，是書寫的極佳用紙，堪與南唐文房三室之一的「澄心堂紙」相媲美。孔子六十九代孫、清經學家孔廣森曾云：「比澄心於宋紙，殊鏡面於吳箋。」清內閣學士翁方綱亦有詩曰:「澄心堂紙歐陽詩，此紙年數倍過之。」極盡溢美之辭。
《永樂大典》全書約37億字，正文內容通行的規則是用一行大字墨書辭目，用雙行小字硃筆記載作者和書名，墨筆記載書中的篇寫名和內容，斷句及標聲符號用紅色小圓戳鈴印。除標題首字用多種篆、隸、草體書寫外，正文都是書手們用明代官用楷書「臺閣體」(清代稱「館閣體」)一筆一畫抄寫出來的。
由於明清時期對科舉試卷文字要求行字整齊，烏黑端正，大小一致，因此年輕的生員和經過科考任命的館閣、翰林院官員們都擅長書寫這種規矩字。所謂「院體細楷沙畫錐」，整部大典字體端正整齊，又不乏灑脫精神，實為寫本精品。
頗值一提的是，《永樂大典》謄寫均用徵墨，以黃山松煙加多種成，不幹不酥，溼潤有光，古香古色。朱墨則以硃砂礦物，經久不褪顏色，粲然悅目，便於閱讀。
《永樂大典》插圖的式樣和種類非常多，包括人物故事、博古器插物以及宮室建築、園藝花木、山川地圖等。這些插圖有明初畫家所繪，也有臨摹宋元舊本，皆採用傳統勾線技法，生動逼真，工致精美，在繪畫史、書籍插圖史等方面具有很高的價值。
《永樂大典》正本自永樂六年編修完成後，一直深藏禁中秘府，即使內閣重臣也無權翻閱。而明朝皇帝大多並未直接使用過此書，史料中僅有弘治和嘉靖兩位皇帝真正翻閱過大典的記錄。隆慶初年，《永樂大典》副本錄畢之後，文獻中幾乎再難尋到有關永樂正本的記述，亦未曾發現正本實物存世。因此，世人對正本的下落出現了諸多猜測，歸納起來，主要有以下幾種觀點。
一、陪葬嘉靖帝永陵
嘉靖帝非常喜愛《永樂大典》，常置一二帙於案頭，「按韻索覽」，並於嘉靖四十一年(1562)秋下令重錄副本。由於副本錄葬入完畢的時間與嘉靖帝下葬的日期相隔不遠，所以有當代學者推嘉測，正本可能被陪驛於嘉靖帝之水陵。理由是，首先嘉靖皇帝靖沉溺煉丹術，生前視《永樂大典》為至寶，死後隨葬可能是早已做好的安排。其次，當時嘉靖皇帝下令重錄副本時，嘉靖最器重的文官徐階向他奏明，重錄只能「對本抄寫」，工程浩大，不可能很快完成。
而嘉靖則強調「重錄」是為「兩處收藏」，「以備不虞」，必須加緊完成。四年後，嘉靖駕崩，三個月後下葬，葬禮剛剛完畢，隆慶帝就宣布《永樂大典》已抄成，並重賞抄錄的眾臣。也就是從此時起，正本便神秘地失蹤了。然到目前為止，此說尚未於明清史料中發現任何文字證據。
二、明萬曆年間焚毀
明萬曆二十五年(1506)六月，北京紫禁城大火，皇極、建極、中極三殿被焚。萬曆朝宦官劉若愚身為宮中內臣，理應熟知《永萬樂大典》保存之處，但是三殿道大火焚燒後，他卻「不知新舊曆《永樂大典》二部，今又見貯於何處也」。明末清初學者談遷、圓方中履認為，《永樂大典》正本即毀於此次大火。
三、明末清初毀於南京
據周應賓《舊京詞林志》記載，隆慶初年，《永樂大典》副本錄畢後，正本被運回南京皇宮文淵閣，《四庫全書總目》也持此說，並指出明清交替之際，南京藏正本毀於戰火。但佔據南京的南清南明小朝廷系主動降清，明末南京宮中也沒有焚毀記錄，故此說當不成立。
四、藏於皇史宬
作為皇家檔案庫，北京皇史宬東西牆厚345米，南北牆厚617米，這種厚度的牆壁異乎尋常，甚至佔建築面積的64%，因而有人推測其中另有夾牆，存有《永樂大典》正本。不過《永樂大典》副本在錄成後就入藏皇史宬，而正本同樣被放置在皇史宬的可能性微乎其微。
五、毀於清乾清宮大火
學者全祖望認為，順治帝曾閱讀過《永樂大典》正本，所以宣稱清朝初年時正本應存於乾清宮。近人繆荃孫承襲此說，且認為正本毀於嘉慶二年發生的乾清宮大火之中。傅增湘則認為乾清宮的這場火災應發生在乾隆末年。
明嘉靖後，《永樂大典》正本不知所蹤，副本被存放在皇史宬。據清康熙間翰林院侍讀學士高士奇撰《續編珠》記載，《永樂大典》副本早在明清鼎革之際已有佚失。清雍正間被移至翰林院敬一亭後，副本屢遭厄運，絕大部分被有近水樓臺之便的官員盜竊，少數或毀於戰火，或被劫掠。至宣統元年(1909)，翰林院僅存64冊，後撥交給京師圖書館(國家圖書館前身)。
據目前所知，原11095冊、22937卷的《永樂大典》副本，截至2017年底僅發現有400餘冊、800餘卷及部分零葉存世，總數不及原書的4%，分散於8個國家和地區的30多個公私藏家手中。
中國國家圖書館共收藏有《永樂大典》224冊，佔存世《永樂大典》的一半以上，其中62冊現暫存於臺北「故宮博物院」。
零圭碎璧，猶可珍惜；殘膏剩馥，沾溉無窮。可惜!