燔祭這種祭祀的方法是，將祭牲殺死，剝皮切塊洗淨，然後燒成灰。所以遊戲裡會有傷人的火。遊戲劇情正是由這一故事改編而來。在遊戲最開始，會有一段劇情介紹：
以撒和母親快樂地生活在一間小屋裡，以撒每天都畫畫，玩玩具。而他的母親則是在沙發上看基督教頻道。有一天，媽媽聽見了從頭頂傳來的聲音，說以撒已經墮落，要想拯救就必須除盡他身邊的罪惡。於是媽媽就沒收了以撒的玩具和畫，還有"Game Kid"遊戲機。
很快，媽媽又聽到了這個聲音，說以撒必須要和世間的惡隔離開，於是以撒就被關禁閉了。最終，媽媽又聽到了同樣的聲音，這次這個聲音要求母親將以撒獻祭，以示對神的忠誠。母親立即到廚房拿起了菜刀準備殺掉以撒。透過門縫，以撒察覺到母親的意圖，於是躲到了地毯下的暗門裡，冒險開始。鏡頭一切，發現原來是以撒在塗鴉，想像出了這個故事。
在第一次通關，擊敗母親後，會有標準結局：
以撒被逼到了牆角，以撒無力反抗。母親正要將以撒獻祭，這時上帝派了一位天使下凡，拯救了以撒的生命(其實是一本書，砸到了媽媽的頭上)。鏡頭一切，以撒正為這個Happy Ending感到滿意，突然母親拿著菜刀奪門而入。
可以發現主菜單以及很多界面都算是以撒的塗鴉，整個冒險不過是以撒想像出來的。而後續結局中雖然情節各不相同，卻有一個重點——都提到了一個大箱子，以撒不是從中翻出一些小玩意，就是自己鑽了進去。事實上以撒確實是為了躲避母親鑽進了箱子。這一點在對戰Boss——Mom的時候尤為明顯，Mom的攻擊方式要麼是一隻腳踩進「房間」中，要麼是透過縫隙向「房間」裡看，甚至直接把手伸進來攻擊。而遊戲中出現頻率最高的敵人是這幾種——蒼蠅、蛆、蜘蛛，都是髒亂差房間中的常客，也因此成為了以撒的假想敵。
在各層關卡的載入畫面，我們也可以看見躺著傷心哭泣的以撒和各種被欺負嘲笑的回憶，也難怪他要用眼淚當作武器。而以撒最好的朋友(Best Friend)，則是一個破爛的布娃娃。
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