岸本對於整體火影劇情的設計，在佩恩之戰前後形成了鮮明的對比，佩恩之戰可以稱得上是一個分水嶺，如果你對漫畫作品的節奏有一定了解，很明顯可以感到，佩恩之戰後火影劇情節奏變得很快而且越來越不合理，岸本根本就沒有想好接下來的劇情走向，完全是走一步看一步。
舉個例子，疾風傳之前，火影裡最大的BOSS是大蛇丸，中忍考試、三忍之戰、佐助奪還戰都圍繞著大蛇丸展開。
疾風傳開始後直到佩恩之戰，火影裡最大的BOSS是曉組織，風影奪還戰、阿斯瑪飛段之戰、鹿丸復仇戰、自來也喪命等等，曉組織成員都扮演了最重要的敵人。甚至前期作為BOSS的大蛇丸，也曾是曉的成員。
以前人們談尾獸就色變，認為尾獸就是災難的來源，唯恐避之不及。佩恩以後，尾獸們的表現變得差強人意，尾獸變成了吃瓜群眾；卡卡西在《火影忍者》前期具有相當高的人氣，而佩恩一出場就打的卡卡西「見到了老爸」，引得粉絲不滿。
在不知道宇智波一族真相時候，人們並不看好鼬，而知道真相後鼬就去世了，比較惋惜；雛田也在沒有太多的感情線的交代下就成功變成了鳴人老婆，顯得有點突兀。
「佩恩之後無火影」較多的人是不滿意火影實力的變化。鳴人掌握仙人模式太意外，強大的有點像開掛一樣，一路「遇神殺神，遇佛殺佛」。而五影的表現就顯得不是那麼好了。