細川政元出生於文正元年（1466年），父親是「三管領」之一細川勝元，母親則是山名熙貴之女、山名宗全的養女。因為這層關係，細川政元出生後就被冠以「聰明丸」小名，這是細川京兆家家督代代相傳的名字，宣示著細川政元的繼承人身份。
細川政元出生的第二年，也就是應仁元年（1467年），應仁·文明之亂爆發。細川政元的外祖父山名宗全組建了西軍與其父親細川勝元組建的東軍在京都展開激戰，由於細川家與山名家陷入戰爭的緣故，細川勝元廢掉了細川政元的繼承人之位，迎接了細川野洲家的細川勝之為猶子，準備將其立為繼承人。
不過，隨著應仁之亂的推進，原本是盟友的山名家與細川家逐漸厭惡了戰爭。為了與西軍主力山名家議和，細川政元再度被立為了細川家的繼承人，向山名家示好，山名家隨即也開始準備與細川家和談，山名宗全退位隱居，將家督讓給孫子山名政豐。
文明五年（1473年），山名宗全與細川勝元相繼去世，細川政元正式繼承了家督之位，年僅八歲而已。按照前例，由細川典廄家的家督細川政國輔佐他處理政務。次年，山名家與細川家達成和睦，西軍的主將搖身一變加入了東軍，此後西軍的主力便變成了畠山義就與大內政弘。
文明十年（1478年），十三歲的細川政元元服，八代將軍足利義政親自下賜偏諱，這才開始使用細川政元的名字。細川政元的父親細川勝元長於調略，細川政元與父親比起來則是有過之而無不及。
此時應仁之亂雖已結束，但是地方上畠山義就、畠山政長的戰爭仍舊在繼續。畠山政長是父親細川勝元的盟友，但是其軍事能力卻比畠山義就差了幾個檔次，導致畠山政長方雖然佔據著大義名分，卻始終無法消滅「朝敵」畠山義就。兩畠山的戰場逐漸由大和國、河內國轉向了京都所在的山城國，為了徵集民夫與兵糧，兩畠山不斷地侵犯山城國的村落與莊園，給當地的住民帶來了巨大的災禍。
文明十七年（1485年）十二月，山城國的民眾們終於忍受不了兩畠山的戰爭，締結了「國人一揆」，驅逐了畠山政長與畠山義就。此後，國一揆不再接受守護的統轄，自己制定了《國中掟法》推行山城國的自治。不過，這次「山城國一揆」表面上看起來是國人眾不堪重負發起的「起義」，實際上國一揆的主要成員「國中三十六人眾」裡的大部分人都是細川京兆家的家臣出身。也就是說，細川政元在幕後操縱著國人們，最終成功地將三管領之一的畠山家的勢力驅逐出了山城國。
長享元年（1487年），由於近江國守護六角高賴侵蝕了幕府的「御料所」（直轄領），九代將軍足利義尚決心出陣近江國，討伐六角家。幕府軍的主力由幕府將軍的直轄軍隊「奉公眾」以及細川政元、斯波義寬、富樫政親等守護大名組成。
足利義尚與文化人父親足利義政不一樣，是一個武德充沛幕府的將軍。大概由於以前足利義政處置地方守護軟綿綿的態度，六角高賴一直都不重視幕府的警告，直到幕府組建了討伐軍以後，六角高賴才慌忙地派出使者前往管領細川政元陣中請求調解。細川政元也不想興起戰事，但是幕府將軍的意願也不是自己能夠左右的，因而只能回復六角家到：「先前多次勸說，你也不聽，如今是自作孽不可活。」
在幕府的攻擊之下，六角高賴很快就放棄了抵抗，流亡甲賀郡。不過，足利義尚為了擺脫父親足利義政、管領細川政元的影響，一直停留在近江國而沒有返回京都，足利義尚所在的「鉤之陣」，也成為了當時室町幕府實際上的行政中心。不過，由於長期出陣在外負擔過重，斯波義寬很快就率領軍隊返回了尾張國，富樫政親也因為領國鬧起一向一揆而撤軍，再加上足利義尚本人沉迷酒色，沒多久就在鉤之陣暴斃而死。
足利義尚去世時只有二十五歲，沒有留下子嗣，室町幕府的將軍之位便空了出來。此時有權繼承幕府將軍位置的，分別是足利義政的兩個侄子——應仁之亂時西軍之主足利義視之子足利義材、堀越公方足利政知之子香嚴院清晃。
細川政元自然是不喜歡曾經細川家的敵人足利義視一系，支持香嚴院清晃繼承將軍之位，但是足利義尚的母親日野富子卻不這麼看。足利義材的母親日野良子是日野富子的親妹妹，日野家代代與足利家聯姻，靠著這層關係成為公卿階層中的一霸，如果讓沒有日野家血統的香嚴院清晃繼承將軍之位的話，就將改變這個傳統。因此，在日野富子的支持下，幕府最終立足利義材為新任幕府將軍。
可惜的是，足利義視、足利義材父子根本就不買日野富子的帳，日益驕橫，絲毫不把日野富子放在眼裡。為了打擊足利義材父子，日野富子將已故的足利義尚的住所小川御所讓渡給了香嚴院清晃，在京都引起了軒然大波——日野富子是不是想改立香嚴院清晃為幕府將軍？得知這件事之後的足利義材立即收買了京都的一批地痞無賴，將小川御所砸毀，與日野富子產生了對立。
延德三年（1491年）四月，為了要宣誓自己幕府將軍繼承人的身份，足利義材下令再次出陣近江國，此次響應幕府號召前來的大名多達十餘家，人數遠超前將軍足利義尚時代。足利義材任命細川政元為幕府軍前鋒，又命赤松政則、武田元信為「軍奉行」，負責指揮軍隊。可是，作為前鋒的細川軍在這次出陣中由於孤軍深入一度被六角軍打得大敗，最終靠著赤松政則等人的援軍才挽回敗勢。細川軍的失利讓足利義材產生了「細川政元也不過如此」的錯覺，開始輕視細川京兆家。
明應二年（1493年）二月十五日，嘗到了出徵討伐逆臣甜頭的足利義材決定討伐畠山義就之子畠山基家，率領幕府軍出陣河內國。幕府軍的組成與前次六角徵伐時幾乎沒有兩樣，說是幾乎，其實就是少了細川政元為首的細川京兆家。
就在足利義材離京後的四月二十二日夜裡，細川政元、日野富子以及伊勢貞宗聯手發動了政變，將香嚴院清晃接到了細川京兆家的宅邸之中，下令廢掉足利義材的將軍之位，擁立香嚴院清晃為新任幕府將軍，也就是足利義澄。
「明應政變」發生以後，許多在河內國參陣的大名、奉公眾紛紛離開，返回京都歸降足利義澄與細川政元。足利義材與畠山政長籠城抵抗一番以後，畠山政長自盡而死，足利義材則放下武器投降。
細川政元發動政變的理由之一，便是足利義材窮兵黷武，這也從側面反映了當時大名們普遍的厭戰情緒。除了已經討伐成功的六角家、正在討伐的畠山總州家外，足利義材還準備出徵越前國，討伐朝倉家。討伐六角家是因為六角家侵佔幕府、寺社的領地，這無話可說，可是討伐畠山總州家、朝倉家均是足利義材擅自答應畠山政長、斯波義寬的，這兩家大名在當時實力強勁，即便能被順利討伐，真正獲利的也只有畠山政長和斯波義寬，其餘參陣的大名能夠分到的蛋糕則非常有限，所以大家都不想再打仗了。
政變之後的細川政元成為日本炙手可熱的人物，甚至被人稱為「幕府的半將軍」，可是就在細川京兆家如日中天的時候，卻開始出現了不穩定的現象。
本文作者：北條早苗
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