1.按照方案3的方法，進行DNA樣品和標準參照物的聚丙烯醯胺凝膠電泳，用放射自顯影方法(方案7)或長波式(302nm)紫外燈檢測SYBR染色的凝膠，以確定目的DNA的位置。
2.用乾淨鋒利的手術刀或剃鬚刀片切下含有目的條帶的凝膠，要使切下的聚丙烯醯胺凝膠條儘可能小，可按如下方法中的任何一個操作：
i.在紫外燈照射下，將凝膠與Saran Wrap膜一同切下，然後從膜上剝下包含目的DNA的凝膠條。
ii.紫外燈從下面照射凝膠，用永不褪色的標記筆( 如Sharpie筆)在玻璃板的背面勾勒出DNA條帶的位置。翻轉凝膠，揭去Saran Wrap膜，按照標記筆作的標記切下DNA條帶。
ili.如果用放射自顯影方法檢測DNA片段，可將曝光後的放射自顯影膠片放在SaranWrap膜上，並與凝膠比齊。用標記筆在玻璃板的背面勾勒出所需DNA片段的位置。移去膠片和Saran Wrap膜，切下該條帶。DNA條帶切去後，對凝膠進行攝影或放射自顯影，可得到此實驗的永久記錄。
3.將切下的凝膠條移入微量離心管或聚丙烯管中，用-次性吸頭或接種針對著管壁將凝膠擠碎。或者，用乾淨的手術刀或制須刀先將凝膠切成小條再放入洗脫管中。
4.估計出凝膠條的大致體積，向微量離心管中加入1~2倍體積的丙烯醯胺凝膠洗脫緩衝液。
5.蓋上離心管蓋，在轉輪或旋轉平臺上37C溫育。在這一溫度下，洗脫小片段DNA (<500bp)需3~4h，大片段DNA需12~ 16h。