1927年蔣介石在南京「開府」上臺後,他所面臨的是一盤散沙的中國政局。
在開始階段,他的主要精力是用來對付來自黨內反對派的政治軍事威脅,而不論是政治還是軍事的鬥爭,情報工作都是十分重要 的一個方面。古語云:「知己知彼百戰不殆」,情報特務工作作為知彼的一個主要手段,其有力的效能是顯而易見的,尤其對於蔣介石來 說,因為他的目標並不都是光明正大的,因此,使用特務手段就是其必然的選擇。
1929年中,二期「北伐」完成後,國民黨內「新軍閥」爭奪權力的新爭鬥又開始了。閻錫山、唐生智等國民黨內地方實力派人物,依仗 著在北伐中所佔據的地盤與膨脹的軍力,堅決反對蔣介石以"編遣裁兵」為名行削除異己之實,因此最終決定舉兵反蔣。在對付黨內反叛 者的作戰中,蔣介石派出了他的秘密組織幹將戴笠,進行軍事情報搜集與策反工作。
1929年6月,戴笠以參謀身份隨蔣介石到北平,刺探晉系軍閥閻錫山所部的軍情,他想從閻軍下層人員中打開缺口,但閻部人員 防範甚密,戴笠鑽研多時,競無功而返。
這年冬季,國民黨第五路軍總指揮唐生智,聯絡晉系閻錫山及石友三等部地方軍閥勢力,組織「護黨救國軍」,又發動了反蔣戰爭。 在討伐唐生智的戰役中,蔣介石除調兵遣將應戰外,又派戴笠深入唐部進行收買與策反。12月,戴笠到達開封、鄭州活動,被唐生智 發覺,唐懸賞十萬在河南全境搜捕他。唐軍憲兵營持著戴笠的相片到處設卡抓人,形勢十分危急。戴笠在走投無路之際,鋌而走險, 化裝成記者,從陝西潼關趕赴河南信陽唐部指揮中心,潛入城內。他探知掌管信陽城防的是唐部憲兵營長、黃埔四期畢業生周偉龍, 周是戴笠同學東方白的好友。戴笠便以東方白之名獨闖憲兵營拜見,鼓動口舌,以同學之情煽動起周偉龍對蔣介石的師生之誼,要周 向蔣效忠,勸其投蔣共打天下,竟大獲成功,周偉龍不但當即與戴笠結為拜把兄弟,而且還提供了唐生智的軍事部署重要情報,並親 自護送戴笠出城脫離險境。一個月後,蔣軍獲勝,唐生智戰敗下野,周偉龍如約棄官投蔣,由戴笠引見蔣介石,受到嘉獎。此後,周 偉龍便在戴笠手下做了一名軍統大特務,成為戴的得力助手之一。此事後來被戴笠引以為榮,頻頻告人。戴笠的這次出色表現,使蔣的軍事行動順利成功。不久後,他便因功升為中校聯絡參謀。由於工作成績突出,戴笠日益受到蔣的器重,並逐漸奠定了他在蔣集 團中的地位。
1930年4月,國民黨內最大的一次反蔣勢力大聯合又一次發動了倒蔣戰爭。閻錫山、馮玉祥聯合桂系軍閥及國民黨內「改組派」、 「西山會議派」等,推出汪精衛為政治領袖,在北平召集國民黨中央擴大會議,公開與蔣作對。為了應付挑戰,蔣介石不得不傾全力以 赴,命令「密査組」組長戴笠派出得力助手王孔安,混入北平「擴大會議」刺探了有關情報,幫助蔣介石制定了拉攏東北軍張學良入關相助的正確戰略,並成功地派人在各地瓦解、收買了閻、馮軍的許多雜牌部隊,最終使反蔣陣線股背受敵陷於內亂。爭鬥七個月後,中原 大戰最終以蔣介石的又一次全勝而告結束。隨後,戴笠又受命前往北平,代表蔣介石與其新盟友張學良聯絡,他通過張的鰵衛旅的一 名團長、與張學良有兩輩交情的拜把兄弟吳泰勳(戴笠最後竟然又做了張、吳的結拜大哥),成功獲得了有關東北軍的情報來源。吳 泰勳還向戴推薦了多名手下充當特工。戴笠的出色表現,使蔣介石對之更為倚重。
在對付反蔣派系的軍事鬥爭中,蔣介石的特務們還有最有效的一招便是破譯對方的通訊密碼以獲取情報。反蔣派桂系三巨頭之一 的黃紹竑,在他的《五十回憶》一書中透露,1929年至1930年蔣桂內戰時,桂系方面的軍事密碼就曾被南京方面推譯出來,導致蔣軍對桂軍的動向部署了如指掌,掌握了制勝先機。由於偷譯對方密碼的成功,使蔣介石得以「料敵如神」、"天縱英明」,而蔣介石的特務之 所以如此"神通廣大」,則是有其原因的。PI據「臺灣情報局秘密出版的《戴雨農先生傳》載:「民國二十二年三月,胡宗南將軍介紹一位 擅長無線電通訊的魏大銘給戴先生,乃即著手從人才的吸收訓練、電機的研究製造,與內外通訊網的建立各方面,迅謀發展其實在 魏大銘以前,蔣介石就在這方面坐享其利了。據魏大銘在《評述戴雨農先生的事功》回憶:民國十八年交通部國際電訊局長溫毓慶博士,由財政部長宋子文的財務支持,研破了桂系的上海秘密電臺XHFA的密電,情報為蔣總司令所用,後繼續擴展及於馮玉樣、唐生智、石友三等情報而嬴得中原大戰,石友三、唐生智等叛變諸役,幾次解救蔣總司令於危難之中,極有貢獻。此種密電情報,當時由 林蔚文將軍經手,呈轉處理,用後即毀,不存檔案,了無痕跡,後來侍從室即循此規例,故知者極少而識者幾無,人但知蔣委員長之 神機妙算,而不知其另有密電情報。」
蔡孟堅也於《八十談奇》中談到,中原大戰時以時遷手段,偷得鹿鍾麟總部新頒的密電本,以陳立夫名義送交總部機要室,大收戰果,受到蔣介石的召見,「深予嘉勉'特務之功大矣哉!蔣介石焉得不重視特務?