明教正式名稱為摩尼教，又作牟尼教，發源於古代波斯薩珊王朝，為公元3世紀中葉波斯人摩尼（Mānī）所創立，受基督教與伊朗祆教馬茲達教義所影響，是一種帶有諾斯底主義色彩的二元論宗教。主要教義為"二宗三際論"，崇尚光明。
摩尼教約於六至七世紀傳入我國新疆地區，復由新疆傳入漠北之回紇，而盛行於該地。唐代宗大曆三年（768），應回紇之請，於江淮等地建立摩尼寺。
唐武宗會昌五年（845）滅佛時，摩尼教亦遭嚴重打擊，轉而成為秘密宗教，並吸收道教及民間信仰，從而改稱明教。明教因相信黑暗就要過去，光明即將來臨，故敢於造反，屢有反政府之舉。自北宋末年起，浙江、江西、安徽等地，皆曾發生明教造反之事。其後明教又與彌勒教、白蓮社相結合，而演變成明代末年之白蓮教。明教一詞至清代雖已不復見於文獻，但「明王」出世之說，猶流傳於民間。
在古代中國，明教的發展混合有道教、佛教、白蓮教等成分。五代十國、宋、元、明農民起義常利用為組織的工具。往往尊張角為教祖，敬摩尼（或譯作「牟尼」）為光明之神，並崇拜日月。教徒服色尚白，提倡素食、戒酒、裸葬；講究團結互助，稱為一家，認為世上光明力量終必戰勝黑暗力量。五代梁貞明六年（920）母乙以此發動起義。兩宋時流行於淮南、兩浙、江東、江西、福建等地，不斷組織農民起義，最著名的有方臘起義、王念經起義。
明教在宋、元時期進一步和中國本土文化結合起來，成為下層人民和江湖人士對抗朝廷的鬥爭形式，由於明教長期受到朝廷壓抑，行事極為詭秘，有時也為江湖「白道」所誤解，比起一般的江湖人士，明教徒面臨著更大的壓力，因此反抗朝廷也更堅決，在歷史上幾次掀起大的波瀾。第一次是北宋末年，方臘利用摩尼教組織群眾，舉行了聲勢浩大的起義，震動東南半壁河山。第二次是南宋以後，明教和白蓮教相聯結，在元末農民戰爭中充當了重要角色。元末農民大起義中的紅巾軍，多白蓮教徒，首領韓林兒又稱「小明王」，這個「明」又與明教有關。
朱元璋以淮右布衣起事，終於焉有華夏大地，很有一些傳奇色彩。在中國歷史上，沒有哪一位皇帝的出身如此卑微，也很少有人以南方的長江流域為基地而最終統一北方及全國。當察罕帖木兒及其養子擴廓帖木兒（王保保）於1359年攻破北方紅巾軍首都開封而逐步肅清北方農民軍隊時，蒙古朝廷不免洋洋得意，根據歷史經驗，還沒有誰從南方起事卻可北伐成功。然而朱元璋做到了，這是前無古人的巨大成就。
朱建國號「明」，這一名稱是個能引起人們議論興趣的話題，吳晗說：「惟明太祖以至正二十七年（公元一三六七）稱吳元年，次年即帝位，始定國號曰大明，紀元洪武。吳非國號，亦非年號。至大明則非初起之地名，亦非所封之爵邑，亦非如後唐後漢之追溯其所始。」（《明教與大明帝國》）
「明」這一國號，體現了這位農民皇帝的一些特質，因為此名稱明顯來源於民間，不管是「明教」，《大小明王出世經》或是其他。朱元璋稱帝後，採納李善長的建議，下詔嚴禁白蓮社、明教，並把取締「左道邪術」寫進《明律》十一《禮律》，用法律形式固定下來。