名偵探柯南中最大的看點在於怎麼偵破案件，找到幕後的黑手，誰可以領導琴酒等人，誰可以操縱整個黑暗勢力，讓我們看的津津樂道。
流傳一種大部分認可的答案，那就是阿笠博士就是幕後BOSS的說法，早就證實是某些自以為是的好事者的謠言了，幕後的大BOSS現身了，但是不是博士，假如烏丸蓮耶死翹翹了，那麼會不會把皇位傳給了阿笠博士呢。
事實上，所謂烏丸蓮耶是組織Boss的說法目前也沒有定論，僅僅是工藤優作的一個猜想罷了，畢竟活到現在已經是幾百歲，儘管組織上一直在研發奇奇怪怪的藥物，但這種設定已經非常脫離現實，這對於柯南世界觀來說並不符合，一個人怎麼可能活幾百歲，這是一個不合邏輯的事情，青山肯定也不會這樣子寫。
其次，烏丸蓮耶不是BOSS，多的是人可以當這個BOSS，為什麼就非得是陪柯南一行人一起出生入死多年的阿笠博士呢？
從人際關係上，阿笠博士一直是工藤優作的好友，工藤新一年輕人看不出來還說得通，工藤優作這種老狐狸難道還看不出蛛絲馬跡嗎，難道是是比老狐狸更老的老狐狸出山了？
從人物感情上，在劇場版《偵探們的鎮魂曲》一集中，由於少年偵探團一行人手腕上都被掛上了炸彈卻渾然不自知，並且警方和柯南都沒有確切的把握將炸彈拆除的情況下，阿笠博士當即決定，無論發生什麼，自己都要在這個房間裡陪孩子們一起。
這是什麼意思？阿笠博士沒什麼親人，身邊的好友就全在這個房間裡了，他這就已經是做好了和孩子們一起死的準備，請問堂堂黑衣組織的大佬是可以這樣開玩笑一樣的死掉的嗎？手底下的人還活不活了？
更不用說後來的大部分時間裡，灰原哀是住在阿笠博士家裡的。而灰原哀本就有一個可以感知黑衣組織人氣息的設定，雖然過於玄學我們不予採信，但住在同一個屋簷下，各種小動作都在眼皮子底下，時間一長哪有不露餡的呢？難不成黑衣組織的老大是純入股性質的甩手掌柜？
不過還有一種可能就是阿笠博士是特能「裝」的一個人，最危險的地方是最安全的地方，自己一個人在工藤新一的眼皮下面幹著壞事，近水樓臺先得月，自己也可以調整自己的戰略和意義，不要忘記了自己可是不斷的研究實驗，不斷的在更新成果，他的最大愛好就是實驗，很有可能就是為了實驗出更好的效果，或者是研究了一種可以抵消懷疑的藥丸，這樣子的假設也是存在的，畢竟現在是黑衣組織的最大目標是統治社會，認為這個時代已經不符合發展的意義了，你們相信這種假設嗎？
綜上所述，烏丸蓮耶目前是最有可能的黑衣組織Boss，但不管這個人是誰，都不會是阿笠博士，也不要相信這種傳言。