從13世紀開始，蒙古人就持續不斷地向西用兵，由於人數稀少，蒙古大軍在攻取城池之後往往不能抽出足夠的留守部隊來進行佔領。為了避免後方不穩，一種恐怖的屠城政策成為蒙古人最常使用的手段，而在積年累月的屠殺之後，從中亞到東歐的人口驟然下降，與之相伴的則是老鼠等嚙齒類動物的瘋狂滋生。這種情況持續到14世紀的時候終於發生質變，在對抗蒙古大軍一線的歐洲士兵開始有部分人員出現發熱、頭疼、淋巴腫大，繼而全身發黑的症狀。更要命的是該病症一傳十十傳百，很快在人群當中蔓延，等到人們意識到瘟疫已經到來之時，已然錯過了最佳防治期，於是困擾歐洲四百年之久的「黑死病」就此爆發。
從醫學角度來說，黑死病的直接誘因是跳蚤身上攜帶的鼠疫桿菌所致，這種跳蚤學名稱為「印鼠客蚤」，專門寄生在歐洲當地的黑家鼠身上。不過當時的人們並沒有這樣的醫學常識，也無法將肆虐人間的瘟疫與老鼠聯繫起來，只能將其歸咎於上帝的懲罰。由於弄不清病因，眾多令人匪夷所思而又啼笑皆非的「防治手段」在這一時期開始出現，起先人們認為是血液出現了問題，所以只要有人得病就給其放血，結果自然是風馬牛不相及。後來又有人認為是水源不夠潔淨才導致了瘟疫橫行，所以中世紀的貴族們從不直接飲用淡水，相反卻用葡萄酒來作為日常飲品。
非但如此，洗澡在這時候也成為禁忌，因為人們覺得洗澡會導致皮膚毛孔增大，病毒極有可能趁虛而入。因此，即便是貴為國王的路易十四在一生中也只洗過三次澡，於是為了遮掩身上難聞的臭味，歐洲人格外鍾情於各種香水，而西方的香水業也正是從這一時期開始蓬勃起來。不過上述各種荒誕不羈的做法顯然對疫情防治毫無裨益，歐洲依舊籠罩在暗無天日的鼠疫中。最終解決這一切的是一群來自亞洲的外來客——印度褐鼠，18世紀時南亞次大陸發生大地震，眾多掩埋在廢墟中的屍體以及南亞獨有的炎熱氣候導致當地褐鼠大量繁殖。為了尋找足夠的空間和食物，這批不顯眼的偷渡客開始向西遷徙，並最終沿著商隊的足跡湧入歐洲。
然而事實證明，這場生物入侵對歐洲人來說簡直就是救星降臨。由於褐鼠不論在個頭、智商還是團隊協作上都遠勝過歐洲黑鼠，因此後者很快被「鳩佔鵲巢」並徹底淡出生存舞臺。就生物關係而言，褐鼠身上寄生的跳蚤同樣可以攜帶鼠疫桿菌，這種跳蚤被稱為「角葉蚤」。但與歐洲黑鼠身上的「印鼠客蚤」不同，角葉蚤對褐鼠的忠誠度極高，即使宿主死亡也不會從老鼠轉移到人類身上，這就從根本上阻斷了疫情傳播的途徑。隨著褐鼠逐漸在歐洲站穩腳跟，黑死病仿佛被風颳走了一樣一去不回，所以有時候消滅疫情的不一定是藥物，相反卻是毒源被另一種毒源取代。
鼠疫的起源通常被認為是在亞洲，它的傳播途徑通常有四種：①鼠蚤叮咬：經鼠蚤傳播，鼠蚤叮咬是主要的傳播途徑，齧齒動物蚤人的傳播是腺鼠疫的主要傳播方式。②呼吸道感染：經呼吸道飛沫傳播，通過呼吸、談話、咳嗽等，借飛沫形成「人人」的方式傳播，並可造成人間鼠疫的大流行。③皮膚感染：經皮膚傳播，剝食患病齧齒動物的皮、肉或直接接觸患者的膿血或痰，經皮膚傷口而感染。④消化道感染：人吃了未徹底煮熟的染菌肉而感染。加上當時歐洲的天主教會統治思想極端，認為貓是魔鬼的使者，是女巫的僕從，於是瘋狂捕殺貓，老鼠在歐洲缺少天敵，又有良好的生存條件，在城市大量繁衍也就不奇怪了，而老鼠身上的跳蚤咬人後也會致使鼠疫的傳染。但當時的歐洲人並未研發出治療黑死病的藥物，對這種疾病的起因和傳播渠道也不清楚。據統計，這場瘟疫造成歐洲至少2500萬人死亡，整個歐洲都差點因此毀掉。
文藝復興時期的著名作家——
喬萬尼薄伽丘目睹了黑死病時期的情形：
「鼻血是死亡的前兆；
男人和女人先是在大腿內側和腋下生出無名的腫塊，有的像蘋果和雞蛋一樣大……腫塊從這兩處地方蔓延到全身；
然後出現黑色斑點，尤其是手臂和大腿上，密密麻麻；
幾乎所有出現症狀的人三日內必死，僥倖活著的人聚集到安全的房子裡，把自己關起來，小心翼翼地苟活。」
《死神之凱旋》（局部）
鼠疫爆發擊潰了中世紀的社會秩序，由於教會在鼠疫流行中的處理無力，神權逐漸失去影響力，居民中研究醫學的人開始增加，古希臘蓋倫派醫學在這一階段走向衰亡（蓋倫派醫生認為，人體內有四種液體，血液，黑膽汁，黃膽汁，黏液，當這四種液體比例失調時，人就會得病）。
在鼠疫中，外科手術成了重要的處置方法，簡而言之，就是放血。外科醫生們認為，把得病的血液放出來，人就會恢復健康，當然用現在的眼光看這想法很笨，不過那時這已經是最先進的治療手段了。有一段時間，放血盛行到了有病沒病放一放的程度，被視為保健絕招，據說經常放血可以讓人心情放鬆，頭腦冷靜。不知道這兩條的具體表現是不是肌肉沒勁和腦袋冰涼。
但鼠疫是可以通過血液和體液傳染的，外科醫生們每天在病人堆裡活動，還要動不動放個血，傳染上鼠疫的機率特別大，基本上情況是這樣，誰去當了醫生，誰的家人就可以為他預備後事了。
而鳥嘴醫生便誕生於16世紀黑死病流行末期的法國。由於醫學知識的匱乏，當時的醫生認為黑死病的來源是汙濁的空氣，而這些氣體通過呼吸與毛孔滲透使人感染。
為了杜絕感染，他們身穿泡過蠟的亞麻或帆布衫，頭戴黑帽，裝備填充有芳香藥劑、可過濾空氣、狀如鳥嘴般的面具，眼睛由透明的玻璃護著，手著白手套。這套服裝是由查爾斯在1619年發明的，醫生們穿上這套服飾穿梭在大街小巷中，並且很少與人交談，防止感染他人。手上的木棍是用來掀開病患的被單或衣物，檢查病人是否死亡、指揮病人如何治療，或者驅趕靠他太近的人，以免對方身上帶有瘟疫病毒。醫生們深深地相信這樣的裝備，可以保護自己免於黑死病的感染，但這些衣物並不能起到醫學上的密封作用，因為它無法阻隔鼠疫的一大傳染媒介——跳蚤。所以可想而知，瘟疫醫生由於每天穿梭在病人中間，感染機率非常大，基本誰去當了醫生，家裡就可以為他準備後事了。當威尼斯爆發黑死病時，派去的18個瘟疫醫生最終只有一人倖存。
骷髏之舞：普遍出現在中世紀晚期的繪畫主題
在黑死病時代，瘟疫醫生能做的事情相當有限，多數時候他們起到護士的作用，照料病人，並為政府記錄死亡數字。後來他們的工作逐漸演化為見證死亡和幫助解剖，他們是宗教控制歐洲時，極少數可以解剖屍體的群體，也是許多病人臨終前懺悔和訴說遺言的對象。久而久之，就留下了逢死亡必有瘟疫醫生到場的印象。在前人的添油加醋與後人的以訛傳訛中，變成了死神的化身。但就像前面說的，並非瘟疫醫生所到之處必有死亡，而是在瘟疫爆發的時候，他們正是趕赴距離死亡最近地方的那批人。
鳥面具的可怖造型，也許並不只是為了能夠過濾空氣。可能是吸收了原始宗教中的巫師形象，有傳聞，在13世紀的義大利威尼斯，化妝舞會上就已經有了這種裝束。
而鳥面具與黑披風更是容易讓人聯想到烏鴉——不祥的鳥類。
民間傳說中對此是這樣解釋的，攜帶瘟疫的惡靈隱蔽在鳥的身上，而這些鳥會被形象更加兇惡的鳥嘴面具嚇跑。
一時間，歐洲大地上的醫生全都變成了一副神秘莫測的模樣，這種高度統一的打扮使他們看起來簡直就像新興宗教的教徒。尤其是一群醫生一起出現的時候更是這樣，一種恐怖的氣息立刻油然而生。不用說醫生，我們來看看下面圖中的這群護士。
這套服裝逐漸被人們和死亡聯繫到了一起，只要鳥嘴面具一出現，就會有人死。雖然醫生職業的高尚在當時一直受人稱讚，但是在民間，鳥嘴醫生的形象慢慢演變成了這樣。
因此人們對鳥嘴醫生感到害怕，其實人們害怕的不是醫生，而是對鼠疫，這種傳染病當時在歐洲幾乎無藥可救，一旦得了這種病，就意味著死亡，而且患病者還會被隔離起來，以免傳染給其他人，而且每次鼠疫的傳播都是大規模的，死亡人數非常的多，就如同世界末日一般。
大規模的鼠疫在肆虐了幾百年後終於過去，最後一次的鼠疫爆發是在中國清末時期，爆發位置是中國雲南和印度部分地區，死亡人數極多，不過幸運的是，巴斯德的助手，瑞士人，法國殖民地醫療隊成員亞歷山大耶爾辛（Alexandre Yersin，1863–1943）在這次鼠疫中分離出了鼠疫菌，弄清了鼠疫爆發的原因。而巴斯德的另一位助手，法國軍醫保爾–路易西蒙德（Paul-Louis Simond，1858–1947）發現了鼠疫菌在老鼠和人類之間傳播的途徑。
鼠疫終於被人類所戰勝。鼠疫過後，鳥嘴面具從醫生的臉上消失了，醫生們恢復了正常的形象。
另外，歐洲經常性的流行各種瘟疫，所以實際的鳥嘴形象一直到近現代開始時才真正從醫生的身上消失，離現在並不遙遠。