隨著帝師制度的建立和宣政院的改制，藏傳佛教的政治地位逐步加強。不過，隨著時間的推移，一直有功於元朝國家建設的藏傳佛教，開始走向了另一極端。
忽必烈與「帝師」八思巴
權勢過大，中央難以監控
自忽必烈之後，元朝的歷代皇帝及其家眷，均需受戒皈依為佛家弟子。《南村輟耕錄》卷三「受佛戒」記載：
….累朝皇帝先受佛戒九次，方正大寶，而近侍倍位者必九人，或七人，….此國俗然也。
在元朝，法會（元稱好事）名目數量繁多，可謂「前無古人，後無來者」。僅《元史·釋老傳》具體羅列出名稱的「好事」，就超過了三十多種。
藏傳佛教中的金剛持
皇室如此崇佛，佛教勢力很快就滲透到了元朝政治等各領域。早在八思巴時代，忽必烈就設總制院，尊八思巴為「帝師」，統籌全國釋教和蕃地（西藏）事務。
至元二十五年（1288年），尚書右丞相兼總制院使桑哥嫌其地位不尊，以「總制院統西番諸宣慰司軍民財粟，事體甚重，品秩宜尊」為由，奏改總制院為宣政院。
宣政院「秩從一品，用三臺銀印」，其位甚崇。「院使位居第二者必以僧為之，出帝師闢舉，而總其政於內外者，帥臣以下，亦必僧俗並用，而軍民通攝。」
銅胎宣政院款龍龜印
除了品秩得到提升外，宣政院還與中書省、樞密院、御史臺一樣，不僅有了獨立平行的任官系統，甚至還有單獨用兵之權。
擁有中央人事、行政、司法大權的中書省、樞密院和御史臺，很難有效插手宣政院大小事務；
僧尼事務（釋教）和蕃地事務也沒有了監察空間，中央勢力在一定程度上被分化。
破壞國家法度，社會影響極差
宣政院權勢顯赫，使得本就備受尊崇的僧尼階層更加猖狂。少數僧人目無法紀，擾亂社會治安、破壞國家法度的案例時有發生。
八思巴弟子楊璉真迦，在桑哥支持下，盜掘錢塘、紹興宋陵，令人髮指
對於這些目無法紀的僧人，宣政院不僅沒有予以制止和妥善解決，甚至有「火上澆油」之嫌。譬如武宗至大二年（1309年），宣政院請「（凡民）歐（毆）西僧者，截其手；詈之者，斷其舌」之旨。
儘管成宗、仁宗等曾試圖加以撥亂反正，然而收效甚微，最終不了了之。
左：仁宗 右：成宗
坦誠說，僧人違法亂紀屢禁不止的根源，在於元朝法律上的不平等。僧人犯法，按例由宣政院受理，偏頗之處比比皆是：
諸僧、道、儒人有爭，有司勿問，止令三家所掌會問；
諸僧人但犯奸盜詐偽、致傷人命及諸重罪，有司歸問，其自相爭告，從各寺院住持本管頭目歸問；
若僧俗相爭田土，與有司約會，約會不至，有司就便歸問。
僧人不但享有特殊的法律地位，甚至可以操縱法律。譬如帝師或上層高僧們，常常以「好事」為由，請求元朝政府釋放重囚（史書稱之為「禿魯麻」）。不過，這些重囚大多都是有權有勢官宦子弟或潑皮無賴。
藏傳佛教中的文殊菩薩
本該受到法律嚴懲的重囚們，通過賄賂僧侶階層，「順利」逃之夭夭。據《元史》與《新元史》所載，順利「大逃亡」的死囚犯，不下數百人。
至於釋放這些重囚的理由，更是五花八門：
「用帝師奏」者；
「皇帝即位用帝師奏」者；
皇室人員有疾、祭日或誕辰請釋囚者；
帝師或皇室修佛事者；
為皇室祈福者；
某高僧圓寂，也得釋囚。
藏傳佛教中大白傘蓋佛母
這種破壞法律、擾亂政紀之事，元朝上下並非毫不知曉，不少大臣上書屢次反對，幾乎皆得到皇上採納，但收效甚微。
皇慶元年（1312年）冬十月，雲南行省右丞算只兒威有罪，國師搠思吉斡節兒奏請釋之，仁宗皇帝斥之曰：「僧人宜誦佛書，官事豈當與耶！」
遺憾的是，皇慶二年秋七月，「以作佛事，釋囚徒二十九人。」可見事態很難得到有效抑制，「釋囚」的場景一直屢禁不止。
禍亂朝綱，導致國家衰敗
元朝皇室崇佛，可謂「國策」之一。自忽必烈開始，經常舉行各種耗資巨大的「好事」活動，動用國庫修建各式各樣的佛寺，對僧人的賞賜也是毫無節制，刊印佛經所費金銀更是有增無減。
以大都為例，史載著名的藏傳佛教寺廟，就有大護國仁王寺、大聖壽萬安寺、大永安寺（香山）、大承天護聖寺、大崇恩福元寺、大天源延壽寺、壽安山寺、大承華普慶寺、大崇國寺、興國寺等。另外，在宮廷內也有佛寺。
護國寺喇嘛塔，1949年被拆除
大興土木修建寺廟的背後，是毫無節制地徵調士兵、百姓和工匠，很多人妻離子散、家破人亡，耗費了大量的土地、物資、金銀，使得國庫愈發空虛，有些甚至直接搜括百姓以資建寺之需！對國家與人民的傷害，是不可逆的。
皇室的「過度」崇佛，讓帝王的權威受到了嚴重的挑戰。深諳儒學的知識分子們，無不為之憤慨。
元朝儒生鄭介夫，對帝師至京「朝野傾城相迎」的現狀就頗為不滿：「往年帝師之死，擇取小帝師來代，不過一小庸廝耳，舉朝郊迎，望風羅拜。」
畏吾兒大臣廉希憲
忽必烈在崇尚佛教後，命篤信儒學的畏吾兒大臣廉希憲受國師佛戒。
廉希憲毫不客氣地頂撞道：「臣受孔子戒矣。」忽必烈又問：「孔子亦有戒耶？」廉希憲回答：「為臣當忠，為子當孝，孔子之戒，如是而已。」
據說忽必烈不僅沒有生氣，還連連讚許。
荒唐的元順帝
縱觀元朝諸帝，「崇佛」最荒唐的，莫過於元順帝妥歡帖木爾。
元順帝（1320—1370）
扳倒權臣伯顏後，元順帝「圖治之意甚切」。
在丞相脫脫的支持下，恢復科舉，頒行《農桑輯要》，實行儒治，整飭吏治，蠲免賦稅，開放馬禁，削減鹽額，編修遼、宋、金三史，國家一度有了「中興之相」。
不過，罕見的天災給了他當頭棒喝。黃河決口、饑荒頻仍、瘟疫爆發，人民流離失所，大量死亡。
自至正四年（1344年）始，中國進入了災害多發期，尤以腹裡（北京、天津、河北、山西、山東以及河南的黃河以北地區和內蒙的一部分）和河南行省（河南中南部、湖北大部、江蘇中北部，安徽中北部）最為嚴重。
黃河決堤，讓元朝幾近崩潰
天災引發了一系列後遺症：各地烽煙四起，不少地方的統治機構癱瘓，陷入土崩瓦解的絕境。時間一長，元順帝銳意進取的勁頭，可謂消失殆盡。
丞相脫脫死後，元順帝徹底墮落。
他聲色犬馬，長期不理朝政，沉溺密宗，修煉所謂「男女雙修之術」，朝堂成了君臣淫態百出之所。
他專門建造了上都穆清閣，連延數百間，並秘密室於修文殿旁，好事房於鹿頂殿側，「取婦女實之，以備修習之用」。
他沉迷於「十六天魔舞」無法自拔，還專門為此建造高閣，「飛橋舞臺於前，四欄引翼。每幸閣上，天魔歌舞於室，繁吹導之，自飛橋西升，市人聞之，如在霄漢。」
（疑似）十六天魔舞
何謂「十六天魔舞」？史書記載，「天魔舞者，本西番佛曲，法式淫蕩」：
時帝（元順帝）怠於政事，荒於遊宴，以宮女三聖奴、妙樂奴、文殊奴等一十六人按舞，名為十六天魔。
首垂髮數辮，戴象牙佛冠，身被纓絡、大紅綃金長短裙、金雜襖、雲肩、合袖天衣、綬帶鞋襪，各執加巴喇般之器，內一人執鈴杵奏樂。
又宮女一十一人， 練槌髻，勒帕，常服， 或用唐帽、窄衫。所奏樂用龍笛、頭管、小鼓、箏、蓁、琵琶、笙、胡琴、響板、拍板。
以宦者長安迭不花管領，遇宮中贊佛， 則按舞奏樂。宮官受秘密戒者得入，餘不得預。
儘管朝中大臣百般勸諫，可元順帝不但不聽，反而想方設法躲避，甚至特意挖地道以躲「宰相以舊制為言」 。
至正二十七年（1367） 八月，元順帝見大勢已去，詔命皇太子領天下兵馬。次年閏月，元順帝攜三宮后妃、皇太子、皇太子妃，逃到應昌府（內蒙古自治區赤峰市）。
應昌城遺址
同年八月，明軍攻陷大都。至正三十年（明洪武三年，1370）四月，妥懽帖睦爾駕崩於應昌，享年五十一歲，廟號惠宗 ，蒙古汗號為「烏哈噶圖汗」，明朝為其上尊號為「順帝」。