與查士丁尼同時代的作品裡大多或多或少都保留著有關大瘟疫的記載：包括普羅柯比與他著名的作品《戰爭史》、《秘史》；安條克的埃瓦格裡烏斯留下的《六卷本教會史》；以弗所的約翰所著《基督教會史》，阿加賽阿斯所著《歷史》中也留下了詳細的描述，考慮到查士丁尼時代存留至今的可靠文獻材料非常稀少，這種現象說明了大瘟疫的確在當時的人們心中留存下了難以磨滅的印記。
不過二十世紀八十年代末以來，一些研究者開始對傳統的觀點提出質疑。在他們看來，因為受到當時親歷者們明顯誇大事實的語氣和誤導性描述的影響，查士丁尼大瘟疫顯然是被高估了。
發表於1989年的《關於六世紀拜佔庭瘟疫的再討論》是這種懷疑論的先驅，這篇論文大大影響了後來關於六世紀歷史的著作。在文中作者讓·迪利亞提出，因為過於依賴文學作品的描述，導致研究者們誇大了瘟疫對東羅馬帝國的影響。迪利亞本人聲稱在關係到喪葬碑刻銘文資料的統計表明，在公元六世紀中的死亡率沒有突然增加，來自埃及的文獻也不存在相關的記錄，更沒有錢幣學方面記錄表明存在任何可能由瘟疫引發的財政不穩定。因此他把記述者們對災難和死亡的描寫歸咎於對疾病的震驚，並在寫作中把刻板印象從一個文本抄襲到另一個文本中去，正是由於這些近乎拷貝出來的、啟示錄風格的災難記載，使得大部分學者只關注文本文獻而忽視了對大瘟疫期間其他存留資料如墓葬銘文等重要證據的研究。
受該論文影響，在新生代拜佔庭學者中有相當一部分對查士丁尼大瘟疫持類似的看法，持反對觀點的學者基本不否認查士丁尼大瘟疫的存在，而主要是懷疑瘟疫是否帶來了現代歷史學家所認定的災難性後果。公元六世紀爆發的查士丁尼大瘟疫在他們中的相當一部分看來，只不過是這個時期發生的一個邊緣性歷史事件。
如果我們稍加仔細研究就會發現，迪利亞和他支持者們的論點是無法站住腳的——不論是在文獻資料還是在考古證據前都是如此。就像其他學者更傾向於接受那些所謂「言辭激烈和誇張」的材料一樣，畢竟就算把那些頗具爭議的修辭手法放在一邊，同一時代中不同身份、不同地區的人們留下的證詞都具備驚人的相似性，光憑這一點便足以證明大瘟疫的影響不應該被低估。查士丁尼大瘟疫的文獻資料與其他類型的證據的比較，儘管可能被指出具有各種各樣的問題，但仍然是當前最有價值的資料之一。
更何況，傳統大瘟疫研究中所欠缺的、來自非文學材料的證據，正好可以用近些年最新的研究成果加以填補。