陳垣是我國著名歷史學家?宗教史學家、教育家，對我國古籍整理和古文獻學科發展作出了突出貢獻。1951年，毛澤東在懷仁堂舉行國宴時，向別人介紹說：「這是陳垣，讀書很多，是我們國家的『國寶』。」1958年，古籍整理出版規劃小組成立，陳垣為小組成員（共19人），在此期間，他為我國古籍整理出版事業做了很多工作。
影印出版《冊府元龜》
《冊府元龜》是我國北宋時期四大部書之一，是一部集政事、歷史於一書的百科全書性質的史學類書。1958年2月，古籍整理出版規劃小組在北京成立，明確提出「應當動員和組織有關力量，在十年至十五年之內，分期分批地把我國古代和近代以至『五四』以前的主要學術著作有計劃有系統地整理和出版」。同年4月，文化部調整中華書局的業務分工以出版古籍整理圖書為主，為古籍小組的辦事機構。《冊府元龜》是在這次調整後中華書局計劃出版的第一部影印古籍，因此中華書局非常重視這項工作，聽取了諸多知名專家學者關於版本的意見，陳垣即參與其中。
1958年，中華書局致函陳垣，就底本、參校本等問題徵求其關於影印《冊府元龜》的意見。陳垣很快回覆中華書局，贊成這個辦法，他在給中華書局的信中寫到：「此項辦法成本雖貴，但用此書的人都可靠圖書館購備，不一定每人都有此書也。」影印出版《冊府元龜》有很多具體工作要做，1959年5月，陳垣看完中華書局送來的《冊府元龜》七十二頁補遺，指出「其中十四條與本卷或與他卷重出，似可不補」。同時在信中寫到：「又傅校《冊府》，亦已閱畢，除漏去一行半行者不錄，錄其整條漏去者凡十五條，送上。」陳垣還專門致函同為古籍規劃小組組員、北京圖書館（現國家圖書館）善本特藏部主任趙萬裡，詢問、了解北京圖書館、美國國會圖書館兩館所藏宋刻本《冊府元龜》的情況。
1959年，陳垣應中華書局之邀撰寫了《影印〈冊府元龜〉序》，6月18日，此篇序作寄給古籍整理出版規劃小組辦公室主任、中華書局總經理金燦然，信中專門說明：「此序共分八段：第一說前人不重視《冊府》；第二說《冊府》漸為人注意；第三說《冊府》材料豐富，可以校史，亦可以補史；第四說《冊府》可以校史，亦可以史校之；第五說宋本比明本為強；第六說明本亦有勝宋本處；第七說明本脫文是有意刪去，不儘是脫文；第八說宋刻既無完本，以明本影印亦宜。」6月26日，金燦然即回信給陳垣告知工作進展並徵求意見：「（《冊府元龜》）茲已將續稿發排，俟排就當以清樣一份送請察閱。擬寫後記一篇，附於卷末。」金燦然在信中還徵求陳垣的意見：「為便於翻檢，將捨去原刊目錄，另行編排在各門下系有總頁碼的總目錄。並以各門首字筆畫多寡為序，增編卷目索引一份。如此做法，未知妥否，請示尊見。」
12冊影印本《冊府元龜》1960年由中華書局所屬香港印刷廠完成印製，正式出版發行。
《冊府元龜》影印出版後，陳垣仍一直給予關注，1961年12月陳垣在回復藏書家、水利學家趙世暹來信提及應校訂出版《冊府元龜》時，這樣寫到：「該書（《冊府元龜》）卷帙浩大，如俟校好再印，則需時甚久，故先影印，以供研究者參考。」可見陳垣先生當年對古籍整理出版有著明確的認識，先影印，供專家學者研究、使用，具備一定條件之後再進行校訂。由於種種複雜的歷史原因，校訂《冊府元龜》的工作，四十餘年後才得以完成——2006年南京大學周勳初教授主持，歷時十年整理、校訂的《冊府元龜》由鳳凰出版社出版，這一宏大的古籍整理工程，為學術界提供了一部校勘精準的整理本。可以說，校訂本《冊府元龜》的出版，也完成了陳垣當年的心願。
新舊五代史的整理出版
建國後，在毛澤東主席、周恩來總理的指示下，新中國最大的古籍整理工程——「二十四史」和《清史稿》的整理出版工作由中華書局具體落實開展起來，先後有百餘位古代文學、歷史方面的專家、學者參與其中。
為落實「二十四史」中《舊五代史》《新五代史》的整理任務，中華書局總經理金燦然1958年專程拜訪了陳垣。據陳垣隨後（10月16日）寫給金燦然的信件得知，這次會面「暢談甚快」。陳垣隨此信還寄給金燦然他的專著《舊五代史輯本發覆》一冊、文章《舊五代史輯本引書卷數多誤》一篇。金燦然收到信後，很快安排中華書局的編輯陳乃乾落實、處理「陳援庵先生來信及所附著作」，同時請陳乃乾考慮陳垣「是否對《舊五代史》採用百衲本有不同意見」。
金燦然在回復陳垣的信中寫到：「《舊五代史》輯本經四庫館幾度改竄，迄無善本。得先生據《冊府元龜》推尋覆勘，不但可糾《四庫》之失，並可校正《大典》之訛。大著《發覆》，初引其端，此後全書校定，其有裨於學者更大。」也是在這封信中，金燦然明確提出請陳垣擔任新舊五代史的整理者，他在信中寫到：「茲事體大，非公莫屬。取捨從違，悉聽裁酌。」至此，《舊五代史》和《新五代史》的整理工作便落實給了陳垣。陳垣的學生柴德賡1959年10月寫就的《我的老師——陳垣先生》一文中，即記述了此事：「今年（1959年）七月初，我到北京，還見這位八十歲的老人拿著放大鏡孜孜不倦地校訂《冊府元龜》和《舊五代史》。」
此後，陳垣與中華書局的工作往來一直比較密切，1959年5月20日，中華書局編輯陳乃乾將胡文楷提供的《舊五代史》數則佚文寄給陳垣。而陳垣先生對新舊五代史的整理也有序進行，先後編制了新舊五代史的地名索引和人名索引。到1961年，標點《舊五代史》的初稿已完成，學術界都很期待著這部整理本的出版，但陳垣並不滿意已做的工作，這一年4月17日他在寫給四川大學歷史研究所研究員蒙文通的信中提及此事：「敝處所標點《舊五代》，初稿雖早已完成，但尚須細細重勘數過，斷不能如傳說所云本年六月可以交卷。」據此可知，新舊五代史的整理工作並沒有結束，到了1964年4月，陳垣的學生柴德賡被借調到北京，協助陳垣點校整理《新五代史》。12月陳垣在寫給中華書局編輯劉鈞仁的信中寫到：「承寄示《新、舊五代史》校記各一條已收到，專此復謝，並致敬禮！」足見《舊五代史》的整理工作仍在進行中，尚未完成。
1966年，「二十四史」的整理工作在全國大形勢的影響下，全部中斷，陳垣整理的《舊五代史》、《新五代史》終未按預先設想出版問世。柴德賡離開北京回到江蘇工作，兩年裡他協助陳垣所做的《新五代史》點校工作本和校勘筆記等悉數留下。
1971年6月，陳垣因病逝世。就在這一年，在周恩來總理的關心下，整理「二十四史」的工作重新啟動，其中新、舊五代史分別由華東師範大學和復旦大學承擔，並先後於1974年、1976年出版，陳垣生前沒能看到他為之付出巨大心血的新舊五代史的出版，留下了永久的遺憾。更值得告慰陳垣先生的一件事是，標點準確校勘精審、由復旦大學陳尚君教授主持的修訂本《舊五代史》、《新五代史》，歷時七年，2015年由中華書局出版。《新五代史》扉頁「新五代史整理人員名錄」上，第一行專門註明原點校者：陳垣、柴德賡；《舊五代史》扉頁「舊五代史整理人員名錄」上，第一行專門註明原點校者：陳垣、劉乃和，這足以告慰陳垣先生的在天之靈。
其他古籍整理出版工作
據不完全統計，陳垣擔任古籍小組成員期間，在中華書局先後出版了《校勘學釋例》（1959年）、《二十史朔閏表》（1962年）、《南宋初河北新道教考》（1962年）、《通鑑胡注表微》（1962年）、《史諱舉例》（1962年）、《中國佛教史籍概論》（1962年）、《中西回史日曆》（1962年）、《清初僧諍記》（1962年）、《釋氏疑年錄》（1964年）等專著。其中解放前已出版過的舊著，都由陳垣本人加以校訂增補後重印，他的學生也協助做了一些具體工作，陳垣先生的哲孫陳智超，曾在文章中提及此事：「修訂工作包括加標點符號，修改個別文字，核對出處，看校樣等，在這些方面劉乃和做了不少具體工作。」在上世紀五六十年代中華書局出版的這些專著中，《二十史朔閏表》和《中西回史日曆》是當時我國僅有的中西回曆比照方面的工具書，為研究歷史的專家、學者提供了極大便利。《史諱舉例》是陳垣對我國歷史上各朝代避諱種類、避諱方法等進行全面總結的一部專著，書中對有關避諱的諸多問題，都有所論述。《校勘學釋例》是陳垣利用校補《元典章》時搜集的材料撰寫完成的，書中列舉了行款、用字、名物等方面錯誤的例子，總結了校勘學的規律。《通鑑胡注表微》一書中，陳垣通過對宋元之際史學家胡三省註疏的《資治通鑑》進行考辨，對胡三省學術成就及觀點給予闡介，並有借他人酒杯澆自己心中塊壘之意，這本專著被認為是陳垣最有代表性的作品，陳垣本人亦很看重此書。
這期間，陳垣對中華書局出版的一些重大古籍整理項目也給予關注，並提出一些意見和建議，如1964年陳垣細讀了中華書局寄給他的《影印四庫總目出版說明》後，專門給中華書局編輯部負責同志回了一封信，提出了自己意見：
一頁六行 首都北京 首都二字可省。
一頁九行 原注卅個字 可省。
一頁十一行 也以他化力最多 擬改為「也以他的力量為多」。
三頁三行 七萬六千 嘉業堂刻本《鄭堂讀書記》作「七萬八千」。
三頁五行 陳垣《四庫書目考異》未有刻本
四頁九行 道光「當時的」五個字可刪，因道光時阮元離浙撫任已久。
又 遺漏 二字可省。
而對中華書局整理出版《明文海》一書，陳垣因當時住院治療，雖然沒有立刻回覆中華書局所寄信函，但事後則十分坦誠地提出自己的意見：「查此書（《明文海》）為黃氏晚年未定之本，其體例頗多可議，誠如《四庫提要》所言。但此書為研究明代文獻者必須參考之書，不予印行，終必散佚，所以我的意見，今日若有餘力，印行仍比不印行為好。」在信末，陳垣專門指出：「書文津閣本一萬一千五百五十八頁，中間缺一五八、一五九、一七○、四八二等卷，未識其他鈔本有可採補否？」中華書局整理出版《漢唐地理書鈔》的出版說明，陳垣也力所能及地為其把關，他不但細讀一遍，還挑出出若干個錯字：「任日方所輯書名『地記』，不是『地紀』。又『隋時僅存十分之二』句，隋時二字改為唐初似較合。」
1961年，在中國科學院歷史研究所學術委員擴大會議上，81歲高齡的陳垣在發言中鼓勵年齡較大的專家要努力學習、努力著書、努力幫助青年專家成長。他借用俗話說：做到老，學到老，學到八十不算巧。他還用《論語》的句子新集了一副對聯：「欲寡過而未能，不知老之將至。」希望大家互相勉勵、互相督促，取得更多的研究成果。而陳垣本人的一生，就是筆耕不輟的一生，他直到晚年仍然堅持工作。1964年7月17日，84歲高齡的陳垣，仍然堅持參加「二十四史」點校工作會議。