大黑天與薩迦派淵源甚深。早在阿底峽大師來到西藏時，看到薩迦奔波山上有兩頭野牛，曾預言說：「將來會有兩位大黑天在此建功立業」。
大黑天護法神在釋迦牟尼佛住世時期已見記載，後為那蘭陀寺最大的護法神王。大黑天護法的極密法本由龍樹上師傳播，到大譯師仁欽桑波從印度金剛座迎請到西藏後，傳入薩迦昆氏家族。
大黑天為八思巴的內屬之神。八思巴著作目錄中就有《摩訶葛剌及其伴神頌》、《摩訶葛剌頌》、《摩訶葛剌神像雕塑法》等專著。
正是通過大元帝師八思巴，大黑天傳入了元朝宮廷。由此，大黑天與蒙古諸大汗結下了不解之緣，其地位也越來越高。受八思巴的影響，忽必烈非常崇奉瑪哈嘎拉，他依八思巴之意，在其統治區內建廟奉祭大黑天。這一時期，京城內外一些寺廟已經雕塑、祭禱瑪哈嘎拉。
八思巴曾遣弟子阿尼哥，在涿州地方興建一座寺廟，內塑護法大黑天主從之像，由八思巴親自為之開光。八思巴大弟子膽巴也參與了涿州建寺，並受命在該寺護法修法。
八思巴還曾用千兩黃金在五臺山鑄造了一尊大黑天像。忽必烈也曾命膽巴朝拜五臺山，居住壽寧寺，建道場，行秘密咒法，作諸佛事，祠祭瑪哈嘎拉。
據記載，從世祖到仁宗、英宗時期，除在北方建寺供奉大黑天像，在江南，尤其是在南宋首都臨安（今杭州）及附近地區，也廣建寺廟雕塑大黑天等藏傳佛教密宗尊像，供人們膜拜。至明代，這些寺廟曾遭破壞，尊像亦毀壞殆盡，極少數倖免於難。今浙江杭州市西湖東岸吳山寶成寺正殿後壁崖面東側現存元至治二年（1322）「朝廷差來官」雕造的「麻曷葛剌聖相一堂」，就是倖存者之一。
大黑天護法神王備受元、明、清三朝推崇，明成祖朱棣也曾設殿供奉。
元朝結束在內地的統治後，林丹汗將八思巴在五臺山鑄造的大黑天金像請至瓦察爾圖察漢城（今赤峰），並建金頂白廟供奉金像。清軍徵服林丹汗之後這尊金像由歸順者獻給清太宗皇太極，清太宗在盛京（今瀋陽）西郊建蓮華淨土實勝寺（俗稱黃寺或皇寺），以祀大黑天神。清王朝定鼎中原後，康熙、乾隆、嘉慶、道光等皇帝東巡駐蹕盛京時，皆到實勝寺禮拜金像。