奶牛場糞汙處理的模式主要包括清糞、預處理和綜合處理等三部分。
規模化奶牛場糞汙的產生具有產量高、排量大、處理難度大等特點。奶牛糞便的收集和處理是養牛業中最繁重的一項勞動過程，佔整個養牛全部工作量的50%以上。清糞工藝是整個糞汙處理的第一個環節，目前國內外奶牛場清糞工藝主要有水衝式清糞和幹清糞兩種工藝方式：
水衝式清糞工藝
1水衝糞模式規模化奶牛場糞汙綜合處理方法
（1）將收集的糞便尿液、衝圈水、洗滌用水等送入糞汙收集溝，經格柵攔截、分離、沉澱，上層水再作衝圈（這是一個循環過程），下層汙水經調質勻漿、固液分離、壓榨、固體烘乾後作為牛舍墊料，餘下液體進入暫存池；
（2）暫存池液體一部分送往厭氧發酵系統處理以滿足系統回衝用廢水，另一部分經汙水儲存池進入多級生物淨化儲存塘並接一個混灌池調節水質到安全農灌水平後適時進行農田灌溉；
（3）該方法優化了用水方式，使汙水的產排、處理、利用進入良性循環；工藝通用性好、對汙水的緩衝和淨化能力強，可有效改善環境衛生；運行費用低、使用壽命長。
2 BRU
將收集的糞便尿液、衝圈水、洗滌用水等送入糞汙收集溝，經格柵攔截、分離、沉澱，上層水再作衝圈（這是一個循環過程），下層汙水經調質勻漿直接輸入BRU設備，經BRU處理產出的固體的即可用於牛床墊料，既經濟又環保。
幹清糞工藝
1、幹清糞工藝指動物的糞、尿一經排出便進行分流，幹糞由機械或人工收集、清掃、運走，尿液則從地下排尿溝流出，然後再分別單獨進行處理。幹清糞工藝具有節約用水、汙水產量少、汙染物濃度低且易於後續處理，同時分離出的幹糞養分損失小，肥效高等優點，糞尿一經排出便進行分流處理，可保持畜舍的乾淨清潔、無臭味，是目前養殖場比較提倡的一種清糞工藝。將幹清糞通過運糞車送往堆糞場，作為食用菌培養基質和蚯蚓養殖基質、直接售賣或經堆漚制腐熟肥或有機肥後售賣給種植業。
2、鏟車清糞 鏟車清糞在我國用的很多，但對於地面的損壞很厲害，對牛蹄包括防滑問題都帶來很多麻煩，工人開車技術如果不是很好，周邊設施也會被撞。另外，鏟車清糞時間是很固定的，一天可能只清一次，最多兩次，不可能清的很乾淨。由於這種方式清糞出來的量相對來說少，而且沒有大量的液體。所以，一般採用混入穀殼、木屑、植物秸杆厭氧發酵後作為有機肥或者養花基質等用途。
3、漏縫地板清糞系統國外比較崇尚採用漏縫地板清糞系統，國內採用漏縫地板方式的牛場很少，漏縫地板牛舍地面不會潮溼，沒有糞汙積累，牛蹄不會泡在糞水裡，當然，漏縫地板也有其它問題，比如牛走路時可能存在舒適性問題。配合漏縫地板還有一種方法，就是在地下糞溝裡採用刮板系統，帶來的最大好處是不會傷牛蹄，還可以實現快速刮糞。
不同的清糞方式對糞汙收集過程產生不同的影響。養殖場廢水無論採取什麼工藝或綜合措施進行處理，前期都要進行一定的預處理措施一一固液分離，這是養殖場糞汙處理一道必不可少的環節。首先是通過預處理使廢水汙染物負荷降低，其次，防止大的固體或雜物進人後續處理環節，造成設備的堵塞或破壞等。固液分離技術的原理是利用物理或化學的方法，把糞汙中的固形物與液體分開。分離後的固液部分分別進行後續處理，液體達標後排放和固體達標後使用。