在不同的文化傳承當中，神話傳說跟人類發展往往有著密切聯繫，中國人自稱為炎黃子孫，夏朝建立時，中國人就已經在黃河定居，而在日本神話起源當中，日本島嶼和諸神，是伊邪那岐命和伊邪那美結合所生。
其中之一神為天照大神，也就是現任天皇認可的始祖，在《古事記》記載中，第一代為神武天皇，公元前660年前建國，但日本第一代天皇至13代天皇，只有在《古事記》有記載，在其餘的文獻當中找不到任何記載，這13位天皇應該是為了從神過渡為人而虛構出來的人物，因此日本人的起源依舊未定。
如今說法最多的就是徐福東渡，徐福東渡最早見於司馬遷的《史記》，徐福被稱為「齊人」「方士」精通航海，公元前219年，秦始皇在泰山封禪刻石，結束後又一路趕往了渤海，抵達芝罘島，秦始皇見到了一些若隱若現的山川。
徐福就上書說，海中有蓬萊、方丈、贏洲三座仙山，有仙人居住，可以求得長生不老藥，在《史記·封禪書》說：「天下名山八，而三在蠻夷，五在中國」，「三」就是指著三神山，此時的中國有中原、中土的意思。
徐福第一次出海受阻，第二次出海不僅僅帶著三千童男童女，《史記·淮南衡山列傳》還有：仙人索取「百工之事」遂「資之五穀種種百工而行」的記載，這次徐福帶走了五穀雜糧、工匠、古籍、中草藥等等。
但是徐福一去不復返，目前在史學界普遍認為，徐福確實有可能東渡日本，日本彌生時代（秦漢時期）之前是沒有文字的，以陶器文化為主，但日本發現的彌生遺址中出土了大量的銅劍、銅鉾、銅鐸。
秦始皇當年為求得仙丹派了很多方士入海去蓬萊仙山，徐福就自告奮勇，跟秦皇說：「海中有三神山，名曰蓬萊、方丈、瀛洲，仙人居之，請得齋戒，與童男童女求之。」。
秦始皇信了徐福的話，於前210年徵集了三千童男童女，與徐福前往蓬萊仙山求取仙丹。這便是徐福東渡的緣由，也是國內關於徐福是日本人是祖先流傳最廣的說法。
到了現代，在日本更是為徐福建廟修祠，徐福也因此被日本千秋萬載的參拜。公元前213年到公元前212年，等到徐福再次回到秦國時，便正好遇到了秦始皇進行焚書坑儒，看不慣秦始皇的暴政且為了自保，便跟秦始皇說，有仙丹，但是因為海中有鮫鯊，不好通過，希望秦始皇能除去鯊魚方能夠拿到仙丹。
數年沒有回來的徐福說出的話竟然讓秦始皇信了，於是派兵把所謂的鮫給殲滅了，其實就是幾頭無辜的鯨魚，殺了鯨魚之後，徐福又再次踏上東渡的徵程，不過這一次去，便再也沒有回來。也給後人們留下了一個神秘的包裹，但其實仔細想想也就能想明白了。
徐福給當時的日本帶來各種技術，如種植谷種、以及如何製造和使用農具、藥物及生產技術和醫術，有了這些技術後的日本，社會生產力突飛猛進，當時的日本人很崇拜徐福。傳言，徐福除了帶著這些技術還有帶著當時的漢字，並廣為傳播，現在的日本文字就是由漢字演變而來的，這種說法的真實性還有待考究。
日本彌生遺址中出現了大量的銅器，且是秦朝時的文物，不過根據史學家和科學家以及專家們檢測到的基因再結合史料得出結論，徐福只是日本列島即將迎來的第二批移民，其中有渡來系彌生人和阿伊努人。
同時給日本帶來了農業和金屬冶煉技術的，正是來日本移民的渡來系彌生人，徐福是渡來系彌生人其中的一類人。徐福其實當時為了躲避暴政而來到了日本，絕非是祖先，充其量就是帶點漢人過去和日本人配婚延續後代，追根溯源，有著兩千年的歷史的日本，其實早在徐福去了日本之前，便就有了日本人，至於日本人的最初起源更是大有可說。
而且也是引發了一大波網友的思考的爭論。在歷史的長河中，我們可以知道的是，東方和日本一直來往密切，有僧人去日本誦經傳道，便是高僧鑑真，給日本帶來的文化含義更是深遠。