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1、化肥的優點是它的養分含量高、見效非常快、達到增產的效果。
2、化肥的缺點也很多。比如它的養分比較單一，一般使用化肥都要和幾種肥料一起搭配使用，釋放養分非常的快，縱向平衡供應養分比較差；很容易發揮掉、淋溶掉、固定等途徑損失掉，肥料利用不是很高；化肥如果施用不當的話，不僅會對植物生長不利，還有可能對土壤不利，使土壤變劣，降低土壤的肥力。
有機肥是富含有機質肥料的統稱，它主要包括農家肥、人糞尿、各種禽畜類圈肥、各種綠肥、堆肥、農作物秸稈、柴草、落葉、沼肥等，當然也包括商品有機肥。
植物（包括果樹）不能直接吸收利用植物秸稈、落葉雜草、樹皮等有機物質，果樹吸收利用的是有機物質經過腐熟、分解後形成的腐殖酸、胺基酸等。所以嚴格的說，未經發酵腐熟的人糞尿、各種禽畜糞、樹枝、農作物秸稈、柴草落葉等，只能叫做有機物，不是有機肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生長不光需要氮、磷、鉀等無機合成營養和礦物質營養，更需要腐殖酸、胺基酸等有機營養。有機營養是連接植物、土壤、土壤微生物和植物營養的紐帶，處於植物營養的中心位置。
有機營養的主要作用有：
（1）直接參與植物新陳代謝。植物可以直接吸收簡單糖類、胺基酸、腐殖酸等有機物，這些有機物直接參與到植物內部轉化、代謝、合成等生物化學過程。
（2）提高礦物質元素有效性和肥料利用率。腐殖酸中大量的有機酸類等，使土壤中難溶性礦物質養分轉成可溶，有利於同親脂性和細胞膜親和，提高礦物質營養元素的有效性。
（3）提高作物抗性。腐殖酸中水溶性多糖可調節植物細胞質濃度，降低冰點使植物抗寒，生物鹼、酸類物質抵禦或殺滅病原菌和有害昆蟲，增強植物抗病蟲能力。
（4）激活、增加土壤有益微生物。腐殖酸為土壤微生物提供了充足的營養，使土壤微生物種群和數量增加。
（5）改善土壤理化性質。腐殖酸中的活性有機物和土壤礦物質形成有機膠體，促使土壤團粒結構形成，可全面改善土壤水、肥、氣、熱狀況。
可以看出，它的優點是含有非常豐富的有機質、腐殖質和植物搜需要的很多種營養元素。有機肥它可以改良土壤和改善土壤中的重金屬，可以提高土壤的結構、提高土壤的營養元素、增強土壤保肥保水能力、調節土壤酸鹼度、促進土壤微生物活動、提高土壤養分有效性等都具有良好的作用。
缺點是它的養分濃度低，提供土壤營養元素非常的緩慢，因此對增產效果不是那麼的明顯。
施用生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤養分的利用效果。生物菌肥可在植物微生物代謝循環中起催化作用，能促進土壤團粒結構的形成，改善土壤內部空隙空間，增加土壤生物活性，增強速效性養分的釋放，有利於根系生長，提高植物的抗逆性。生物菌肥與有機肥配合使用效果最好，有機肥提供有機質，生物肥提供有益微生物，另外有機質是微生物的食物，土壤中有機質越多微生物才能活的更好！
1、優點是可以改善土壤中的一些固定的營養元素，刺激根部的生長和吸收，也可以減少相應營養元素的施肥量。
2、缺點是它沒有任何的營養元素，它也不能長時間的提供農作物的營養元素。由於菌肥是由活菌結構成的，通常它是忌陽光直射的也不能和農藥混施，對土壤溫度、溼度、酸鹼度、有機質含量等環境條件的要求亦較為嚴格。
有機物為有益微生物提供大量食物，有益微生物促進有機肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促進，取長補短，相互利用，可以改良疏鬆土壤，提高土壤的透氣性、保水性，增強根系的吸收能力，提高肥料利用率，從而降低化肥的施用量。
隨著有機物的增加，作物的抗逆能力也隨之增強，同時把土壤中殘留下來的無效磷、無效鉀變為有效磷和有效鉀，供作物吸收利用，這樣可減少化學肥的用量，提高肥效，降低成本。
化肥和有機肥、配合施用效果最好！但要想達到最佳的施肥效果，但是配合施用時就應注意以下幾個問題。
一：注意施用時間
1、有機肥見效慢，應該提前施用，一般要在播種前或者在定植之前一次性的底施，使用之前最好選擇完全發酵腐熟的有機肥，後期在追施效果就不如作底肥明顯。
2、化肥它見效快，作基肥時提前一周左右施入，追肥時應在作物營養臨界期或吸收營養高峰期前施入，以滿足其所需。
3、生物菌肥在土壤中經大量繁殖後才能發揮以菌抑菌的作用，故要在定植前提早施入，使其有繁殖壯大的時間，可隨有機肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植時穴施。
二、注意施用方法
1、有機肥主要作用是改善土壤，同時也可以提供養分，一般是要在農作物之前把有機肥施入土壤，所以要結合深耕，使有機肥和土壤完全混合在一起，使達到改善土壤的目的，土壤問題嚴重時要使用帶腐殖質有機肥，它可以改善土壤重金屬可更好的改善土壤環境，均衡營養，增加土壤團粒結構等。
2、基肥中，因為有機肥中的養分以磷、鉀、氮為主，要與有機肥搭配用化肥少施。磷肥和鉀肥可以作底肥一次施入，磷肥因移動性差，後期追施效果很差，所以磷肥應作底肥施入土壤。
3、追施的化肥最好用全溶性速效肥為主，這樣的肥料分解後可被蔬菜迅速吸收，對土壤影響較小。
4、生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴內或隨有機肥底施。後期可多次追施同一種生物菌肥，以壯大菌群，以提高解磷解鉀能力和防病效果。
三、注意施用量
不同的農作物不同的生育期，它們所需要的肥量也不同，不能多施也不能少施。應該根據它們所需要的肥比例去施肥，同時還要注意一點，要考慮到土壤中的營養元素，要做好全盤考慮。最好進行一次測土，按照測土配方進行施肥。
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