有機肥專指以各種動物廢棄物(包括動物糞便;動物加工廢棄物)和植物殘體(餅肥類；作物秸稈；落葉；枯枝；草炭等)，採用物理、化學、生物或三者兼有的處理技術，經過一定的加工工藝(包括但不限於堆制；高溫；厭氧等)，消除其中的有害物質(病原菌、病蟲卵害、雜草種籽等)達到無害化標準而形成的，符合國家相關標準(NY 525-2012)及法規的一類肥料。
有機肥與化肥的區別在於生物有機肥做為新型環保型肥料，營養元素齊全，能夠改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板結，能提高土壤肥力，使糧食作物、經濟作物、蔬菜類、瓜果類大幅度增產，應用前景非常廣闊。
（1）有機肥料含有大量的有機質，具有明顯的改土培肥作用；化學肥料只能提供作物無機養分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤「越種越饞」。
（2）有機肥料含有多種養分，所含養分全面平衡；而化肥所含養分種類單一，長期施用容易造成土壤和食品中的養分不平衡。
（3）有機肥料養分含量低，需要大量施用，而化學肥料養分含量高，施用量少。
（4）有機肥料肥效時間長；化學肥料肥效期短而猛，容易造成養分流失，汙染環境。
（5）有機肥料來源於自然，肥料中沒有任何化學合成物質，長期施用可以改善農產品品質；化學肥料屬純化學合成物質，施用不當能降低農產品品質。
（6）有機肥料在生產加工過程中，只要經過充分的腐熟處理，施用後便可提高作物的抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農藥的使用量；長期施用化肥，由於降低了植物的免疫力，往往需要大量的化學農藥維持作物生長，容易造成食品中有害物質增加。
（7）有機肥料中含有大量的有益微生物，可以促進土壤中的生物轉化過程，有利於土壤肥力的不斷提高；長期大量施用化學肥料可抑制土壤微生物的活動，導致土壤的自動調節能力下降。PK結果，有機肥勝出綜合比較上面的七條，有機肥除了第三條有機肥養分含量和化肥相比低一些，別的方面完勝化肥，因此我的建議是農田施肥可以選擇有機肥。
生物有機肥與化肥的區別顯著，但亦可搭配使用。隨著科學技術的不斷發展，生物有機肥將是農業發展的主要流行趨勢。通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養技術，將有益菌群接入無害化處理後有機肥中，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥 。也可謂是好處多多。
1. 提高化肥的肥效
如過磷酸鈣等施入土壤後易被土壤固定而失效，與生物有機肥混合後施用，減少了化肥與土壤的接觸面，減少養分的固定，同時化肥也可以被生物有機肥吸收保蓄，減少養分流失。有機肥與化肥混用可取長補短，滿足作物各個生長期對養分的需要。
2. 減少化肥施用後可能產生的副作用
單獨施用較大量化肥或化肥施用不均勻時，容易對作物產生毒副作用，如長期施用生理酸性肥料，會使土壤變酸，產生過多的活性鐵、活性鋁等有毒物質，如過多游離的過磷酸鈣，作種肥時會影響種子發芽和幼苗生長，若與生物有機肥混合後施用，則不會發生此類問題。
3. 增加作物養分
化肥只能為作物提供一種或幾種養分，長期施用，作物會產生缺素症。生物有機肥所含養分全面，肥效穩而長，含有大量的有益微生物和有機質，能夠改善土壤理化性質和微生物區系，增強土壤中酶的活性，有利於養分轉化。
4. 克服肥料滲透壓
一般化肥溶解度大，施用後對土壤造成較高的滲透壓，影響作物對養份和水份的吸收，增加養份流失的機會。如與有機肥搭配混用，能克服這個弊端，促進作物對養份和水份的吸收。
5. 調節土壤酸鹼度
如果鹼性土壤單一施酸性化肥，銨被植物吸收後，剩下的酸根與土壤中氫離子結合生成酸，會導致酸性增強，土壤板結加劇。如與有機肥搭配混用，能提高土壤的緩衝能力，有效地調節酸鹼度，使土壤酸性不至增高。
6. 提高土壤活力
因為有機肥是微生物生活的能源，化肥是供給微生物生長發育的無機營養。兩者混用能促進微生物的活力，進而促進有機肥的分解。土壤微生物的活動還能產生維生素，生物素，菸鹼酸等，增加土壤養份，提高土壤活力，促進作物的生長。