五歲那年，棣花鎮的小學在報名，賈平凹知道後也要報名上學。母親帶他去學校，報名的老師說他年齡太小不能收，他一聽就傷心地抱住報名室的桌子腿哭，老師們見他上學之心如此，都圍著他笑，並破例接收了他。不過，賈平凹不是學校的正式學生，是一年級的「見習生」。賈平凹雖然年紀小，但學習成績優異，被破格允許升級。
當時的棣花鎮初小教室設在寺廟裡，四壁上方畫滿了山水、神鬼、人物。一年級教室在賈家祠堂，這些地方獨特的民間文化遺留，對日後賈平凹的創作形成了潛移默化的影響。
小學時的賈平凹喜歡語文課，喜歡造很長的句子，作業本用完後常常跑到墳地裡撿人死後掛的白紙條兒，回來訂成細長的本子。當時他好多字不會寫，就用白字或別字替代，同學們都叫他錯別字大王，老師卻表揚他，並將錯別字一一划出，讓他連寫三遍。小學時的賈平凹最喜歡上書法課，他沒有毛筆，偷偷剪了伯父羊皮褥子上的毛扎到柳棍上當筆。老師知道後，就送給他一枝毛筆。受到鼓勵的他越發愛起寫大字，別人寫一張，他寫兩張三張。老師將他的大字貼在教室的牆上，後來還在學校的高年級教室展覽過。
一年級第二學期，賈平凹開始給在外地的父親寫信，第一封信花了三天才寫好，老師幫他改了好多錯字，說：「以後到高年級做作文，或者長大寫文章，你就按這路子寫，不要被什麼格式套住你，想寫什麼就寫什麼，熟悉什麼就寫什麼，寫清、寫具體就好了。」賈平凹把這些話深深記在腦海，多年後，他說：「之所以如今我還能寫些小說、散文，老師當時的話對我影響很大。」賈平凹上小學時喜歡看戲，遠近都隨大人去。還在村上的劇團裡飾演過《窮人恨》中的狗娃。
上學以後，賈平凹的學習成績非常好，卻喜歡獨處。老師和家長卻一直擔心他的「生活不活躍」。兒時的賈平凹很瘦，腦袋卻很大。他讀書中的「小蘿蔔頭」，老覺得那是他自己。有段時間，賈平凹愛上出走，背了背簍去山裡打柴割草。商州的山水豐富而美麗，每一處山岔的風景都不一樣，那些陌生的山岔讓少年賈平凹害怕而又極大滿足，他只覺一種無法形容的美。比如，有一朵山花突然之間開在崖壁上，他就坐下來久久地看。比如，空空的山谷裡突然走過一位和他年齡相仿，甚至還比他小的女孩兒，他總感覺人家周身有一圈光暈，就輕輕地在心裡叫她「姐姐!」，他希望她能拉自己的手，撫摸他的頭髮，然後長長久久地在山谷裡住下去。少年賈平凹往往在這天夜裡，夢見白天遇見的這個小女孩。
到了夏天，棣花的學校裡要睡午覺，賈平凹卻總是等大家伏在桌上睡著以後，約幾個小夥伴偷偷到荷花塘裡去玩水。這是學校不允許的，賈平凹為此常常挨打。但是水給了賈平凹一種柔韌的品質，他日後的寫作與水有很重要的關係。
1964年秋，賈平凹以優異的成績考上了離家十五裡地的商洛初級中學，卻開始了更加孤獨的生活。中學留給他印象最深的是吃不飽，一放學就拿著瓷碗排隊打飯。班上有一些幹部子弟，他們比較高傲，常常用一種鄙夷的目光看著賈平凹。農家的孩子願意和賈平凹在一起，但是他們的鬧騰和瘋狂讓賈平凹反感，他們因為賈平凹身體不好，打籃球不給他傳球，拔河不讓他參加。此間還留下一個噩夢般的記憶：冬天課間休息，學生們在向陽的牆根下「搖鈴」取暖，每次被當作「鈴胡兒」推來推去的，往往是賈平凹。
期間，他的祖母和外祖母相繼離開人世，棣花鎮一些極熟的人也死了，這讓他受到很大打擊。他常常在操場一角獨自呆坐，那時的賈平凹是羞怯的，見人走來就慌亂看腳邊的螞蟻。他喜歡做的事情，就是在河堤上抓一堆沙窩裡的落葉點燃，看那煙和火的可愛。
中學生活剛剛一年，「文化大革命」爆發，賈平凹與同學們一起去西安「串連」，這是他第一次離開家鄉，離開大秦嶺。「串連」歸來，武鬥開始了，他回到了棣花鎮，成了一名公社社員，被隊長分配到婦女組裡幹活。
不能上學的日子讓他極為痛苦。他在家鄉讀一些沒頭沒尾的古書，也讀魯迅。一個陰雨的秋天，賈平凹趴在窗臺上讀魯迅的書，讀到「窗外有兩棵樹，一棵是棗樹，另一棵也是棗樹」一句時，眼裡噙滿了淚水。他盼望「文化大革命」快些結束，盼望父親從單位回來，更盼望自己能重新回到學校，考取一個好的大學。然而，此時的母親了重病，父親被誣陷為歷史反革命分子開除公職遣送回家勞動改造。一系列的打擊讓賈平凹一家墜入了黑暗的深淵。賈平凹越發孱弱和敏感，他愛上了同村的一個姑娘，但是從未表白，只是偷偷在心裡養育著這份感情。其時棣花青年結婚早，賈平凹十六歲時，他母親認為兒子相貌平平，就託人給賈平凹做媒，他不讓母親這樣做，還用石墨在山牆上刻了一句「天生我材必有用」，以明心志。