一個學科不斷成熟完善的標誌之一便是研究方法的進步，民族教育學是一門相對年輕的學科，要想進一步發展必然需要採用不同學科領域的研究方法。當前，許多學者開始認識到人類學方法對於民族教育學研究的適用性，並不斷引入到相關的研究中。上世紀，馬爾庫斯和費徹爾就提出人類學在今日影響日甚，其文化理念和獨到的研究方法的影響已經貫穿到所有的社會科學領域，它也成為學科與學科之間理論和方法傳播的渠道。
不僅是人類學的方法，民族教育學研究還可以借鑑歷史學、語言學、法學以及自然科學的研究方法，將定性研究與定量研究相結合，避免囿於定性研究的經驗描述和思辨分析，可將實驗法、統計分析、因素分析甚至結合大數據分析的方法，提高民族教育學研究的可讀性和嚴謹性。
當前，我國民族教育研究領域存在明顯不平衡現象，同樣通過中國知網資料庫以民族教育為主題進行文獻檢索顯示，民族教育研究中所佔比例較大的主要是中等教育、成人與特殊教育、教育理論與教育管理等，而民族學前教育和民族職業教育、民族音樂舞蹈教育等處於非常弱勢的地位，研究成果總量相當於民族中等教育研究成果的四分之一。
從橫向領域看，民族教育學的研究集中在民族教育理論、民族教育教學與課程、民族教育史等方面，但在民族教育創新、民族教育評估等方面的研究較為薄弱。此外，民族教育研究主要涉及的是少數民族和民族地區教育的問題，關於新疆地區、西藏地區、寧夏回族地區、西南少數民族地區的研究較多，而中東部、東南部的少數民族地區研究相對較少。
我國的民族教育學應意識到民族教育的一般性與特殊性規律與特徵，平衡民族教育研究的不同領域和方向，促進民族教育學學科體系的發展與完善，從而實現我國民族教育乃至整個教育事業的全面協調發展。