通識教育課程是實現通識教育理念和目標的關鍵因素。一般而言，通識教育課程是指除專業教育之外的基礎教育課程。如果說專業教育旨在培養學生在某一知識領域的專業技能和謀生手段，那麼通識課程則要通過知識的基礎性、整體性、綜合性、廣博性，使學生拓寬視野、避免褊狹，培養獨立思考與判斷能力、社會責任感和健全人格，也就是教化他們學會做人。
我國大學的本科課程體系主要由「公共基礎課+學科基礎課+專業課」三部分構成，其中，「公共基礎課」部分均應視作「通識課程」，主要包括思想政治理論課（以下簡稱「兩課」）、英語、軍訓與體育、通識教育選修課（有的學校稱作文化素質教育選修課）等，理工科大學一般還包括數理化等自然科學基礎課。
由於種種原因，目前我國高校通識教育課程的建設和發展正在受到三大困境的嚴重製約。
困境一：發展空間受到公共必修課制約
僅從學分比例看，我國大學的通識教育課程佔總學分的比例已經達到1/4~1/2，但具體分析這些課程的內容構成及教學目的，我們不難發現，佔據大部分學分的通識教育必修課突出強調了思想政治教育(「兩課」)、工具技能掌握（外語、計算機），以及服務於專業學習的自然科學基礎教育（數理化），內容及學習形式過於單一，沒有很好地體現通識教育精神。這與長期以來我國過分強調教育的政治功能以及培養專門人才不無關係。
事實上，由於「兩課」、英語、軍訓等都是國家規定的必修課程，甚至有統一的教學大綱和要求，數理化等又是理工科進一步學習專業必不可少的基礎課，因此，各高校很難根據通識教育理念和目標自主設計公共必修課，而是把通識教育的重任交給了「通識教育選修課」。
通選課是我國大學專門為通識教育目標而設的課程，也是各大學有較大自主權的課程，學分修讀要求從6至16分不等。目前，各大學普遍開設了少則幾十門，多則數百門的通識選修課。然而，筆者的調查結果表明，「內容雜、結構亂、質量差、地位低」 目前已經成為我國大學通選課的通病，並因此導致其「邊緣化」、「次等化」，形成了惡性循環，難以贏得教師和學生的尊重。
與必修課的強制性和專業課的有用性相比，通選課的「選修性」和「無用性」直接影響到它在師生心目中的地位。再加上通識教育選修課學分不多，被必修課程擠壓在一個小小的角落，發揮作用的空間十分有限。無論是課程的質量、分量還是地位，僅靠通識選修課都難以擔負起實現通識教育目標的重任。
近幾年，國內一些大學已經意識到此問題，並著力規劃和建設了一批通識教育核心課程，在課程的體系構建、內容設計、教學與管理等方面均加大投入，力爭使其核心化、精品化、規範化，這未嘗不是一個很好的探索 。但無奈學分受限，僅有6至16分的通選課，其影響力能有幾何？因此，在保持學校現有課程結構不變的前提下，關鍵在於將共同必修課「通識化」，釋放出更多學分構建通識課程體系等。如可以適當減少外語學分，增設大學語文課程；可以將現有的「兩課」擴展到更廣闊的歷史、哲學、文化等人文社會科學領域，與現有的通識選修課整合設計等。只有突破了公共必修課的制約瓶頸，通識教育課程才能有更大的發展空間。
在此方面，臺灣的經驗頗值得大陸借鑑。目前大陸高校公共必修課中的「兩課」非常類似於臺灣以前的「黨化」教育課程——即作為共同必修科的三民主義、國父思想、憲法精神等。
臺灣於1984年開始大力提倡通識教育時，也主要是通過讓學生選修6~8學分的通識選修課進行的。但通選課的地位和品質都沒有得到保障，被戲稱為「營養學分」「裝飾課程」，批評之聲不絕於耳。直到1994年，臺灣教育行政部門取消了對黨化課程的硬性規定，許多大學將通識選修課程與共同必修課一起規劃，共同體現通識教育理念，這樣一來，通識教育課程的學分由8分增加到30分左右，質量和地位得到迅速提升。
困境二：師資短缺現象突出
通識課程的「教化」作用使其看似容易，實則對教師的知識結構、學術造詣、人文素養以及教學方法提出了更高的要求。目前，通識課程教學師資短缺具體包含以下三點。
一是目前我國大學教師隊伍的主體，是20世紀五六十年代以及80年代的大學畢業生，他們大都是在前蘇聯的專才教育模式下培養出來的，知識面狹窄，知識結構單一，很難開出跨學科、綜合性、文理滲透的通識教育課程。在教學方式、方法上，也大多習慣於講授知識為主。尤其是頗需要加強人文教育的理工特色大學，人文師資匱乏的矛盾更為突出。
二是僅靠一兩個教師很難開設跨學科、綜合性的通識課程，目前各大學普遍沒有專門機制將分散在不同學科專業的教師整合起來，進行通識課程教學。
三是由於種種原因，教師講授通識教育課程的積極性普遍不高。筆者在北京某大學所作的問卷調查表明，當問到教師「在基礎課、通識選修課、專業課之間，更喜歡講授哪類課程」時，喜歡基礎課和通選課的教師分別只有20%左右；在通選課任課教師中，也僅有23%的人表示因為「喜歡講授通識課」才開設的。事實也表明，各大學中高水平的名師、大師講授通選課者很少，多是工作量不滿的青年教師把通選課當做「練手」的機會，一旦有了專業教學和科研任務，就會放棄通選課。
當然，教師不喜歡通識課甚至不喜歡從事本科教學，與當前大學普遍存在的重科研輕教學、重專業輕基礎的氛圍有很大關係，承擔通識教育課程對教師的科學研究、職級晉升、同行承認、經濟收入等都很難帶來益處。因此，要想走出通識教育課程教學面臨的師資瓶頸，除了加強對教師隊伍的繼續教育和培訓外，還必須在政策激勵和引導、制度保障上下功夫。
困境三：建設與管理受到現行大學組織制度制約
現代大學普遍形成了按照學科專業劃分院系的組織機構，學科專業教育在其中佔有主導地位。沒有學科歸屬的通識教育如何在大學中佔有一席之地？通識教育何以得到重視和發展？這恐怕是通識教育面臨的根本制度困境。
以課程的組織和管理為例，在本科課程體系的三大類課程中，學科基礎課和專業教育主要由各專業院系組織和管理，並為「自己的學生」講授；而公共基礎課（通識課程）則由專業院係為全校各個院系的學生提供，一般由教務處進行組織和協調，並根據各院系承擔的教學工作量核算編制或經費。在這樣的課程管理機制中，顯然親疏有分，內外有別。更何況在學科、專業佔主導地位的大學裡，教師首先追求的是在專業研究領域的成就和同行認可，院系也更重視自身的學科專業建設，很少花大量的精力和資源來精心規劃和執行通識教育課程。
那麼，如何在專業教育佔主導地位的大學裡加強通識課程？成立通識教育專門機構、給予相應的激勵政策和經費投入不失為一條捷徑。目前，美國以及我國臺灣、香港等地的大學大多設立有通識教育中心，作為與院系平行的教學組織，專門進行通識課程的規劃、實施、組織、管理等，對提升課程的地位和品質有很大促進。如臺灣清華大學1989年成立了通識教育中心，專門從事通識教育規劃、管理、部分課程教學以及組織有關講座活動等；同時還設有共同（通識）教育委員會來統籌、協調各院系開設通識課程事宜。
目前，國內有的大學也建立了類似組織，如清華大學的文化素質教育基地、復旦大學的復旦學院等。但如果讓它們真正負起規劃和統籌通識教育課程的重任，既要賦予它們一定的課程規劃和管理權限，也要提供足夠的課程建設經費，以保證它們吸引到各專業院系的優秀師資開設高品質的通識課程。即便如此，在專業院系林立的大學裡，沒有學科專業歸屬的通識教育機構還常常處於「無權無勢」的尷尬地位。
通識教育需變革大學組織結構
要從根本上提高通識教育的地位，還需要更深層次的組織制度變革。實際上，大學的院系既是一級行政機構，也是將某一類學科、專業連接起來的機構。也就是說，院系這一組織形式將不同學科專業的人員維繫在一起，使不同學科之間的界限進一步明晰化，並以行政機構的方式形成學科壁壘。那麼，與之相適應，課程與教學體系也是以學科為中心組織進行的，由此又實現著專業化的人才培養目標。實施通識教育，表面看需要改革課程設置，實際上將涉及到大學的教學制度乃至組織制度變革。
大學的組織結構是與大學的理念和功能密切相關的。一般認為大學的功能有三，即教學、科研、社會服務。目前我國大學的各個院系大都包攬了從本科生、碩士生到博士生各個層次的教育，教育、科研、社會服務三大功能混為一體，毫無疑問，科研和社會服務具有十分誘惑的經濟效益，所以與之相關的專業教育必然佔據主導地位，而本科生培養則不受重視，本科階段的通識教育更處於弱中之弱的地位。
因此，要從根本上加強本科階段的通識教育，也應該通過某種組織制度的安排，保障通識教育和專業教育都能夠得到應有的重視。如有條件的大學，是否可以將目前的本科教育從各專業學院中剝離出來，成立本科文理學院，專門從事本科生教育以及基礎科學研究。這樣，一來有專門的學院從事本科教育，可以使本科教育得到重視；二來可以避免本科生較早地固定在某一專業，使他們在接受較好的文理通識教育的基礎上再進行專業學習；三則通過文理學院的基礎研究保證其在學科林立的大學中的地位，有研究作支撐也利於為本科生提供高水平的教學。
我國的通識教育要想走遠，還有很多的困境需要逾越，路途免不了漫長而艱辛。
(2009-7-7)