公元10世紀至12世紀，是藏傳佛教形成與發展時期。這個時期，藏傳佛教的寧瑪派、噶當派、薩迦派、噶舉派相繼產生，並形成和發展了各具特色的教規教法和師徒傳承關係。到14世紀，藏傳佛教的最後一個教派——格魯派產生了。格魯派的產生，對藏傳佛教和藏族社會產生了深刻和深遠的影響。
公元10世紀至13世紀初，藏傳佛教隨著西藏封建制度的確立和鞏固，在各地方勢力的鼎力支持下，發展較快。
13世紀中期，元朝統一了西藏，元世祖忽必烈為了加強對西藏的管轄，封薩迦五祖八思巴為大寶法王、帝師，並將西藏的13萬戶封賜給八思巴，作為他的供養。佛教在元朝政權的支持下，迅速傳播到了蒙藏各地。到14世紀後期，薩迦勢力漸衰，被興起的帕竹政權所取代。
在薩迦王朝時期，由於受元廷的推崇支持，薩迦的一些上層僧人利用手中的政治特權，沉湎與歌舞宴飲中。到元末明初時，寧瑪、噶舉僧侶也日趨腐化，呈現出戒律廢弛，僧人墮落的一派頹萎之象。佛教在人們的心中變得黯然無光。
藏傳佛教格魯派就是在這樣一種嚴峻的歷史背景下產生了。格魯派自其創始人宗喀巴創立之後，發起了整頓宗風、重振正法的宗教改革運動。他提倡以戒律範行，以教義治心，使僧俗人等同皈佛門。
宗喀巴致力於創建甘丹寺，舉行萬人祈願法會，創辦辯經法會和修復彌勒佛像等一系列重大社會宗教活動。同時，還為格魯派寺僧制定了一整套生活準則、學經規程及答辯升遷等制度。這些組織制度和教育制度的建立，對後來格魯派寺院教育的規範化，起到了積極的作用。
格魯派在西藏興起後，迅速發展成為全藏信奉的宗教勢力，並遠播川藏、甘青各地。入清後，請廷對藏區採取以教固政的策略，利用格魯派的勢力和影響，安撫邊民。1658年，五世達賴入京覲見了清順治皇帝，順治賜封達賴為西天大善自在佛所統領天釋教普通瓦喇怛喇達賴喇嘛。
五世達賴受封后，他利用政治上的地位擴大格魯派的勢力。在川康、甘青各地廣建寺院，在甘青相繼建立了拉卜楞寺和塔爾寺。在寺院發展的過程中，其逐漸形成了一套完整的寺院教育的體系，規模之大、影響之深、寺規之嚴，是遠近各寺無法相比的。寺院設有天文歷算、藏醫藏藥、文學藝術、佛教哲學等，控制了當地文化教育的命脈。因此，寺院不僅成了當地的宗教中心，而且也成為政治中心、文化教育中心，廣大的僧侶就是藏族的知識分子。