日本是一個很重視教育的國家，從小學到大學都分別有國立、公立和私立學校。日本的教育法規定：國家、地方公共團體和學校法人，都可以設置學校。國家設置的學校稱國立學校，如橫濱國立大學；地方設置的學校稱地方公立學校，如橫濱市立大學。學校法人所設置的學校叫私立學校，如早稻田大學。不論國立、公立和私立的學校，都需經國家教育主管部門批准，都要接受國家主管教育部門的領導是監督。
與我國教育體系下的學校設置不同，日本學校制度的特色是中小學以公立為主，而到了高中私立學校的比例增大，大學階段私立的更多。概括來說就是：中小學階段日本公立學校數量多，從高中到大學的私立學校比例逐漸增多，這是日本學校的顯著特點。從教育階段上來說，就是公立學校主要承擔義務教育，而私立學校則在高層次的教育上扮演重要角色並發揮重要作用。
在義務教育階段，公立與私立學校之間，學生的學業水平是否存在差距呢？
從2007年至2009年，以日本的中小學生為對象實施了「學業水平測試」。從測試中可以明顯看出，私立小學初中的學生成績要比公立的要高出許多。特別是到了初中，私立學校學生在成績上的優勢更加明顯。
要說明私立學校學生的學業水平高於公立學校的原因並不難。
私立學校通過考試來選拔學生，而公立學校只要是居住在所屬學區就都可以入學。家庭收入的差距對孩子的學業水平也會產生影響，上學費昂貴的私立學校，說明學生的家庭經濟條件優越，結果是私立學校學生的學業水平較高，特別是上設有初高中的學校的初中生，他們的學習能力本身就比較強，另外許多學生還上補習班或者請家庭教師，因此其學業水平比較高。或許是那些學業水平較高的學生把私立初中的平均分數拉高了。
但到了高中階段，情形就完全不一樣了，公立高中學生的學業水平要高於私立的。依據PISA（針對OECD加盟國學生學業水平所進行的調查）就閱讀、數學、理科3科目，將日本與其他OECD加盟國的公立、私立學校學生的成績進行對比，可以看出饒有趣味的問題。
就日本而言，3科目都是公立高中學生的分數高於私立的，但差距並不是太大，與小學初中的公立、私立的差距相比要小得多。在絕大部分地區，公立高中採取的不是小學區制，而是中學區或者大學區制。高中之間存在差距，學習成績好的學生聚集到名校。初中生希望升入公立高中的比較多，設有初高中的私立中學集中在東京以及關西地區。
學費：
公立高中的學費比私立高中要便宜，許多初中生都希望上公立高中，但公立高中的招生名額有限，不少沒考上公立高中的學生流向私立高中，因此私立高中學生的學業水平要比公立的低一些。
排除學費以外，從另外的角度來看，到了高中階段，不立還是私立，其實學校之間的差距都比較明顯。生源好的高中既有公立的，也有私立的。反之，也存在生源一般的公立、私立高中。
究其原因，除了一部分府縣，大部分公立高中都取消了小學區制，雖說高中升學率超過95%，但那畢竟不是義務教育，因此可以實施入學考試。而且，公立也好，私立也好，高水平高中的目的是儘量讓更多的學生考上好的大學。
另外，日本的國、公立大學和私立大學都對外國留學生設有學費減免制度。以私立帝京大學為例，對就讀經濟、法律、文學等專業的外國留學生，學費減免後的第一年學費為925.200~1.003.200日元（折合人民幣71.000~77.000元）。目前，日本國、公立大學只佔日本大學總數的四分之一。由於國、公立大學的教育水準普遍較高，特別是學費低廉，因此，報考人數多，入學門檻高，入學競爭相當激烈。拒日本有關資料顯示-目前約有23%的日本學生在國、公立大學就讀，77%在私立大學學習。
需要說明的是，下列清單顯示的是日本學生在進入日本大學第一年繳納金的平均額，針對留學生群體，日本大學有各種獎學金以及學費減免制度，因此數據或許會有出入，但不會有太大差距。
關於第一年繳納金，則包括了入學金、學費、設施設備使用費和各類雜費。
一、學部生第一年平均繳納金：
國立：817,800日元
公立：936,435日元
私立醫學：5,164,096日元
私立牙科學：4,953,511日元
私立藥學：2,125,308日元
私立藝術：1,698,041日元
私立保健：1,547,292日元
私立理工：1,376,076日元
私立農學、獸醫：1,361,705日元
私立體育：1,290,065日元
私立家政：1,213,298日元
私立文學、教育：1,177,924日元
私立社會福利：1,140,801日元
私立神學、佛教：1,121,026日元
私立法學、商學、經濟：1,106,493日元
私立別科：638,356日元
二、大學院修士第一年平均繳納金：
國立：817,800日元
公立：903,342日元
私立人文科：學882,030日元
私立社會科學：927,487日元
私立教養：971,347日元
私立理學：1,070,950日元
私立工學：1,201,641日元
私立農學、獸醫學：1,014,753日元
私立保健：1,118,232日元
私立醫學：937,369日元
私立藥學：1,006,944日元
私立家政：990,550日元
私立藝術：1,473,741日元