中央大學從南京西遷重慶，羅家倫當時是校長。
中央大學校長羅家倫辭職
儘管學校遷到了大後方，可是還時常受到轟炸，羅校長多次呈文教育部，後來心累了，1941年6月辭職不幹了，羅擔任中央大學校長已經十年之久。
顧孟餘接任中央大學校長
接著上來了個顧孟餘(第六任)，中央大學校長一直都是特任官，顧孟餘一直擔任部長以上特任官，但是到中央大學任職被降為簡任官，蔣命令重慶的所有大學校長開會，顧校長不去，派個訓導長就去了，蔣就有意見了，加上食堂虧損，顧就索性甩袖子不幹了(其實這個校長還是很為學生考慮的)。
乾脆自己來當大學校長
上面要派一吳校長來，學生抵制，教育部長陳立夫想來擔任校長，又被學生驅逐，不歡迎啊！
無奈1943年2月，蔣親自兼任中央大學校長(第七任)，不是派誰去你們都不歡迎嗎？我親自來，又不是第一次當校長，這個結果誰都沒料到。
當然了，名義上是校長，校務不管，交給手下。這個手下沒威望，資歷淺，在中央大學還要聽比他級別低的人的意見。
蔣當校長不比一般人，中央大學校警直接換憲兵警衛隊，慢慢學校就差不多軍事化了，經常訓話，老師學生們都得老實站著，不準拿凳子。學生們站不住啊，經常就曠會，連中央大學校慶都有一大半人不來，蔣本來要點名，一看，就沒幾個人，就勃然大怒。
蔣是用黃埔的風格來管理中央大學，一次走過操場看到一群學生打籃球，自己都看一會了，還沒發現，就用手杖敲了幾下地面，大喝「校長來了」，學生一下子突然被嚇懵逼了，也不知道敬禮，蔣笑了笑，繼續玩吧(看到我就行)。
蔣出任中央大學校長，是為了控制國家精英，軍事領域(黃埔)幹過，還想涉足教育文化領域(中央大學)。雖說軍事化管理不太適合大學，但是當時嚴格的校風和高要求，使得中央大學學風很好。
後來，1944年8月，蔣辭去了中央大學校長職務，代之以「名譽校長」，具體原因不明。
帶領中央大學復校
第八任由教育部政務次長顧毓琇擔任，是他陪伴中央大學復校回到南京。
中央大學的辦學可謂是歷經千辛萬苦，在重慶待了八年之久，終於回到南京復校。1949年國立中央大學」正式更名為國立南京大學，翌年更名南京大學，1952年，南京大學調整出工學、農學、師範等部分院系後與金陵大學合併，校址從四牌樓遷至鼓樓金大原址。