*九二共識
1998年，李登輝派蔡英文以發言人的身份跟隨辜振甫率領的「海基會」代表團訪問大陸，自此她的名字開始頻頻出現在新聞媒體。1998年，蔡加入李登輝所謂「強化中華民國主權國家地位小組」，參與「兩國論」的起草，被稱為「兩國論」的「接生婆」。李登輝在卸任前極力向陳水扁推薦蔡英文，蔡得以擔任「陸委會主委」，搖身成為陳水扁兩岸政策的核心幕僚。在4年「陸委會主委」任內，蔡英文拒不承認自己是中國人，否認一個中國原則和「九二共識」，不遺餘力地鼓吹「兩國論」及「一邊一國論」，千方百計地阻撓和破壞兩岸關係，為兩岸「三通」設置重重障礙。
2000年5月23月，時任陸委會主委蔡英文稱「'特殊國與國關係'是開創兩岸新架構的好提議，但遭到中共誤解，未來將不再提兩國論，但不代表事實不存在」。
2000年7月20日，蔡英文表示「'臺獨'是臺灣人民對兩岸關係的選項之一」，公然為「臺獨」主張張目。她曾為所謂「臺灣加入聯合國」造勢，公然鼓吹要「彰顯臺灣為主權獨立國家的存在事實」，還屢屢表示希望美國作為「第三者」插手兩岸事務。陳水扁於2003年下半年拋出「公投制憲」、「2006年催生'臺灣新憲法'及2008年實施'新憲'」的「臺獨時間表」、引起美國的疑慮和不滿後，蔡英文多次赴美「滅火」，借「民主」旗號來掩蓋陳水扁的「臺獨」本質，騙取美國的「諒解」與支持。
2000年8月，時任陸委會主委蔡英文在「立法院」發言稱，「'一個中國'是臺灣必須要面對的問題，臺灣沒有空間與可能性去逃避。因為基於文化與經濟的接近性，臺灣人民無論是要選擇臺獨、統一、或是維持現狀，未來只有一個選項，就是要與大陸建構一個有意義的政治關係，且必須要處理一個中國的問題」。同年12月，蔡英文重申「臺灣無意迴避'一個中國'的問題，而且只有在維持兩岸關係和平與穩定的前提下，這個具有高度爭議的問題才有逐步解決的空間」。她強調「任何兩岸關係處理必須符合民主對等原則，尊重人民自由意志選擇，政府對國家未來走向不能預設立場或結論，必須與臺灣民意同步」。
2011年8月23日，蔡英文第一次參選臺地區領導人時拋出維持臺灣現狀與民主機制是「臺灣共識」的論調，聲稱「臺灣共識」對將來與中國大陸建立和平穩定互動，是「非常關鍵性的條件與過程」。對於作為兩岸交流基礎的「九二共識」，蔡英文公然聲稱「九二共識是一個不存在的東西，沒有所謂承認或不承認或接受不接受問題。」蔡英文談到所謂「主權議題」時稱，「臺灣前途決議文」明確主張民進黨的立場，現在臺灣內部最大的共識就是「維持臺灣現狀」。蔡英文稱，基於內部意見的多元性，必須透過民主機制形成一個「內部共識」，或許可以稱它作「臺灣共識」；將來與中國大陸建立和平穩定的互動，以及可長可久的架構，是「非常關鍵性的條件與過程」。
2015年，蔡英文第二次參選臺地區領導人時表示，民進黨處理兩岸關係的基本原則是「維持兩岸現狀」，並聲稱「該立場與美國立場一致」。「不否認一九九二年兩岸會談的歷史事實，也認同當年雙方都秉持相互諒解精神，求同存異，希望兩岸關係往前推進的這一段協商溝通的經過和事實。這也是兩岸交流累積成果的一部分。」11月，蔡英文公然聲稱「習馬會」「悖離臺灣現狀，看不見'中華民國'的存在」，質疑其「不是穩固的橋」、沒有做到「透明、徵詢人民意見的過程」，是「黑箱作業」，並聲言這場會談的「唯一效果」，是「在國際舞臺用政治框架框限未來在兩岸關係上臺灣人民的選擇」。
2016年當選臺灣地區領導人後，蔡英文表示會建立具有一致性的、可持續的兩岸關係，5月就職之後，在「現行體制」下推動兩岸協商交流，以民主原則作為推動兩岸關係的基礎，致力於確保海峽兩岸關係維持和平穩定的現狀，創造臺灣人民最大利益和福祉。她表示「兩岸有責任盡最大努力，以彼此都能接受的方式，確保兩岸無挑釁無意外，這是臺灣民意的展現。」「在1992年，兩岸兩會秉持相互諒解、求同存異的政治思維進行溝通協商，達成了若干的共同認知與諒解，我理解和尊重這個歷史事實」，「1992年之後20多年雙方交流、協商所累積形成的現狀及成果，兩岸都應該共同去珍惜與維護，在這個基本事實與既有政治基礎上，持續推動兩岸關係的和平穩定與發展。」但她也表示「這些（有關對」九二共識「核心內涵表態的）問題都是衍生自陸方近來的說法，但陸方說法有很多不同的詮釋，這些詮釋會影響我們的判讀」，甚至認為大陸方面「可以運用這個機會再展現一些善意」、「不需要我們去指點他什麼」，並以「民主」為藉口拒絕正面回應「九二共識」。自2016年5月20日蔡英文就任臺灣當局領導人後，因蔡英文當局未能確認「九二共識」這一體現一個中國原則的共同政治基礎，兩岸聯繫溝通機制進入停擺狀態。
2016年7月，蔡英文接受《華盛頓郵報》專訪時明確聲稱「臺灣'政府'不太可能違反民意，去接受對方設的（承認」九二共識「的）期限。」她同時提出所謂「不同的中國觀」，批評美國政府自1979年後「不公平地」將臺灣定義為「政治實體」，宣稱臺灣「是一個'國家'，一個'民主國家'」。
2016年9月29日，蔡英文在公開信《給民進黨黨員的信》中公開叫囂要「力抗中國的壓力，發展與其他國家的關係」和「擺脫對於中國的過度依賴，形塑一個健康的、正常的經濟關係」。
2016年10月4日，蔡英文接受《華爾街日報》專訪時再次明確拒絕承認「九二共識」，宣稱「臺灣政府不太可能違反民意，去接受對方設置的承認九二共識的期限」，海峽兩岸領導人會面「不應預設（包括'九二共識'在內的）條件」。這是蔡英文首度正式拒絕九二共識。
2018年6月23日，蔡辦秘書長陳菊在民進黨籍臺北市長參選人姚文智造勢晚會上聲稱，蔡英文堅持「九二無共識」，臺灣一定要用所謂「自由民主的方式」，來確保臺灣可「多元發展」。
*釣魚島問題
2015年7月30日，蔡英文受訪稱，「釣魚島是屬於臺灣的」。
2015年10月9日，蔡英文拜訪日本執政黨自由民主黨期間表示，「希望在釣魚島主權的爭議之餘，臺灣跟日本可以坐下來好好的談，漁業協議是一個好的開始，雖然有'主權'的爭議，雙方可以坐下來找出相互可以獲利的安排。」
2016年2月17日，針對李登輝「新書」中「釣魚島列嶼（註：即釣魚島及其附屬島嶼）不歸屬臺灣」的言論，蔡英文回應稱「這件事情民進黨的立場一向很清楚，也就是釣魚島是屬於臺灣的。」由於曾有人用「政治父女」來形容李登輝與蔡英文的趨近立場與特殊聯繫，此事也被臺灣輿論諷為「蔡英文打臉李登輝」。
*南海問題
2015年7月30日，蔡英文稱民進黨從來沒有放棄南海「主權」。
2016年1月16日，蔡英文當選臺灣當局領導人後在「國際記者會」上談及南海問題，聲稱「南海方面有些島嶼，我們主張有'主權'，但反對任何緊張升高的行為」。
2016年1月27日，蔡英文方面拒絕了馬英九對蔡英文團隊發出的共同登上太平島的邀請。
2016年7月，蔡英文當局拒絕接受「南海仲裁案」的「仲裁結果」。
責任編輯：許嬑