《條例》在總體框架的構思上，創新主體是科創中心建設的核心力量，創新能力是科創中心建設的核心內容，創新人才、承載區和科技金融是科創中心建設的核心要素，同時，科創中心建設也需要智慧財產權保護、創新文化、誠信與倫理監督、鼓勵創新寬容失敗的社會氛圍等軟環境支持。為此，《條例》按照「明確建設主體、明晰建設內容、突出核心要素支撐、推動形成創新生態」的邏輯主線，作了相應的內容排布。
《條例》共9章59條，其中，總則和附則兩章明確了科技創新中心建設的目標、實施主體和時間（共11條）；第二章、第三章體現了創新主體建設和創新能力建設的制度需求（共18條）；第四章明確了聚焦張江，打造上海科技創新中心的核心載體和引領性力量（共5條）；第五章重在激發創新人才動力和活力（共6條）；第六章、第七章、第八章提出了金融支持、智慧財產權保護和環境建設的保障（19條）。《條例 》突出以下重點內容：
（一）充分激發各類創新主體的活力和動力。
一是助力企業科技創新，通過實施高新技術企業培育，提供研發資助，落實研發設備加速折舊、研發費用加計扣除和高新技術企業所得稅優惠政策，對企業的科技創新活動給予公平普惠的支持。
二是為科研事業單位放權鬆綁，擴大科研事業單位選人用人、編制使用、職稱評審、薪酬分配、機構設置、科研立項、設備採購、成果處置等方面的自主權。
三是培育新型研發機構，在設立登記、項目申報、職稱評審、人才培養、經費支持等方面創新管理方式，支持投資主體多元化、運行機制市場化、管理機制現代化的新型研發機構發展。
四是促進各類主體協同創新，推動各類創新主體開展聯合攻關，發揮科技服務機構和科技類社會組織在協同創新中的協調和服務作用。
（二）面向世界科技前沿、面向國家重大需求、面向國民經濟主戰場，全面提升科技創新策源能力。
一是提升原始創新能力，統籌加強基礎研究、應用基礎研究和技術創新；健全科研項目分類管理機制，支持非共識項目研究；建設重大科技基礎設施，支持國家實驗室發展，打造戰略科技力量。
二是提升科技成果轉化能力，賦予科研人員科技成果所有權或長期使用權，建立健全國有技術類無形資產監管機制，建設研發與轉化功能型平臺，提升科技成果轉化效率。
三是提升產業創新能力，完善產業布局，促進新興產業集聚發展，採用首購、訂購以及政府購買服務等方式，促進創新產品的規模化應用。
四是提升創新開放合作能力，加強全方位、多層次、寬領域的國內外科技創新交流合作，構建長三角區域創新共同體，鼓勵相關創新主體組織或者參與國際大科學計劃和大科學工程，積極融入全球科技創新網絡。
（三）促進創新要素集聚、強化創新資源配置，形成對科創中心建設的全方位支持。
一是完善科創中心建設空間布局，建設創新要素集聚、綜合服務功能完善、適宜創新創業、各具特色的科創中心承載區；著力打造張江品牌，形成具有國際影響力的區域創新極。
二是打造科技創新人才高地，建立健全人才培養、引進、使用、評價、激勵、流動機制，實行以增加知識價值為導向的收入分配機制，為各類科技創新人才提供創新創業的條件和平臺，營造近悅遠來、人盡其才的發展環境。
三是促進科創中心與金融中心聯動，鼓勵商業銀行等金融機構服務企業，鼓勵各類資本參與投資、促進多層次資本市場發展，設立中小微企業政策性融資擔保基金，發揮金融對科技創新的促進作用。
（四）營造良好的科技創新生態環境。
一是加強智慧財產權保護，完善智慧財產權綜合管理體制，健全評議和預警制度，加強行政和司法保護，促進智慧財產權與科技創新工作的融合。
二是弘揚科學精神、傳播科學思想、倡導科學方法、普及科學知識，推動創新文化、創新精神、創新價值融入城市精神。
三是強化科研信用管理與科技倫理監督，健全科技創新守信激勵和失信懲戒機制，構建科技倫理治理體系，明確科技工作者及其共同體應恪守的價值觀念、社會責任和行為規範。
四是營造鼓勵創新的社會氛圍，對新技術、新產業、新業態、新模式實施包容審慎監管，對推進科技創新過程中勤勉盡責，未牟取非法利益、未違反科研誠信的單位和個人，依法免除相關責任。