miRWalk:綜合型的miRNA靶基因資料庫

2021-02-08 生信修煉手冊

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miRWalk是一個綜合性的miRNA靶基因資料庫，收錄了人，小鼠等多個物種的miRNA靶基因信息，和mirDIP類似，也是一個整合型資料庫，整合了來自miRDB, TargetScan, miRTarBase等資料庫中的信息，網址如下

http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

該資料庫中共包含以下5個物種的miRNA靶基因信息

human

mouse

rat

dog

cow


官網提供了兩種檢索功能

1. 一次檢索一個miRNA/gene

檢索框如下

對於miRNA, 支持mirBase資料庫中的ID和編號，也支持miRNA family的名字。

對於Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多種格式，也支持輸入對應的轉錄本ID, 比如Refseq和Ensembl資料庫中的轉錄本ID。

檢索結果如下所示

頁面非常簡潔，只有一個結果下載的功能。

2. 一次檢索多個miRNA/gene

檢索框如下

支持一次檢索多個miRNA或者Genes，適用於分析轉錄組數據得到的差異gene/miRNA對應的靶標信息，也支持按照pathways進行檢索，適用於直接從功能角度研究某條通路下的靶標信息。

以Genes為例， 檢索結果如下

最上方的下拉列表，可以對結果進行篩選，即可以篩選多個資料庫中共有的靶基因信息，也支持根據結合區域所在位置和score值進行篩選。

除了結果導出外，還提供了miRNA和靶基因之間的調控網絡可視化功能Graph和基因集富集功能GSEA。

對於Graph而言，結果示意如下

用黃色代表miRNA, 藍色代表gene, 支持導出為SVG, PNG, JPG等格式。
對於GSEA而言，支持以下功能的富集分析

reactome pathway

kegg  pathway

Gene ontology


結果示意如下

相比mirDIP, miRWalk提供的物種更多，而且調控網絡的可視化和GSEA富集功能也非常的實用，但是由於整合的數據集較少，如果只是分析human中的miRNA靶基因信息，用mirDIP會更加全面一些。

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