R語言50繪圖|第六期boxplot()展示組間差異

2021-12-10 科研生信充電寶

Hellow，大家好呀！今天帶來《R語言50繪圖》系列第六期~

今天就和大家分享一下：boxplot()展示組間差異~

使用ggboxplot()函數來展示組間差異。

在做圖時：

一般需要根據及以表達結果提取三列信息：

① Type: 樣本類型

      用作——展示在我們的X軸

用作——展示在我們的顏色填充分組

② Gene,此處為：SEMA3D: 基因表達量

      用作——展示在我們的Y軸

例子：根據基因在兩組中的表達結果，使用箱線圖進行展示。

library(ggpubr)inputFile="input.txt"       outFile="barplot.pdf"       rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F)x=colnames(rt)[2]y=colnames(rt)[3]colnames(rt)=c("id","Type","Expression")
group=levels(factor(rt$Type))rt$Type=factor(rt$Type, levels=group)comp=combn(group,2)my_comparisons=list()for(i in 1:ncol(comp)){my_comparisons[[i]]<-comp[,i]}
boxplot=ggboxplot(rt, x="Type", y="Expression", color="Type",              xlab=x,              ylab=y,              legend.title=x,              palette = c("blue","red"),              add = "jitter")+       stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)
pdf(file=outFile,width=5,height=4.5)print(boxplot)dev.off()

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