R語言50繪圖|第八期boxplot()展示基因在多組間的差異

Hellow，大家好呀！今天帶來《R語言50繪圖》系列第八期~

今天就和大家分享一下：boxplot()展示基因在多組間的差異~

使用ggboxplot()函數來展示基因在多組間的差異。

在做圖時：

一般需要根據及以表達結果提取三列信息：

① Type: 樣本類型

用作——展示在我們的X軸

用作——展示在我們的顏色填充分組

② Expression：Gene的表達量

      用作——展示在我們的Y軸

例子：根據基因在多組間的差異表達結果，使用箱線圖進行展示。

library(reshape2)library(ggpubr)inputFile="input.txt"       outFile="barplot.pdf"       
rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F)x=colnames(rt)[2]y=colnames(rt)[3]colnames(rt)=c("id","Type","Expression")
group=levels(factor(rt$Type))rt$Type=factor(rt$Type, levels=group)comp=combn(group,2)my_comparisons=list()for(i in 1:ncol(comp)){my_comparisons[[i]]<-comp[,i]}
圖. 比較組設立
注意：這裡設置完比較組後，默認是的兩組間的t-test.


同時：使用ggpubr包添加組間比較的P-value，主要利用兩個函數：
A）compare_means():
可以進行一組或多組間的比較
可以通過??compare_means()查看函數用法哦~
compare_means(formula, data, method = 「wilcox.test」, paired = FALSE,              group.by = NULL, ref.group = NULL, …)
B）stat_compare_mean():
可以自動添加P-value或顯著性標記
可以通過??stat_compare_mean()查看函數用法哦~
stat_compare_means(mapping = NULL, comparisons = NULL hide.ns = FALSE,                   label = NULL, label.x = NULL, label.y = NULL, …)
boxplot=ggboxplot(rt, x="Type", y="Expression", color="Type",              xlab=x,              ylab=y,              legend.title=x,              add = "jitter")+       stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)
pdf(file=outFile, width=5.5, height=5)print(boxplot)dev.off()
boxplot=ggboxplot(rt, x="Type", y="Expression", color="Type",              xlab=x,              ylab=y,              legend.title=x,              add = "jitter")+       stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)
pdf(file=outFile, width=5.5, height=5)print(boxplot)dev.off()
圖. 繪製箱線圖展示基因在多組間的差異結果帶顯著性差異
今天的分享就到這裡啦~
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