單位對遲到和早退的扣款，應該在個稅前扣除，還是應該在個稅後扣除？【答】個人所得稅的計稅依據是「個人所得」。一個單位的考勤管理制度，其實也是一個單位薪酬制度的重要組成部分。員工因為遲到或早退被扣款，實際上就是減少了對該員工的薪酬支付，也就是減少了員工的「個人所得」，因此，對於遲到和早退的扣款，應該在個人所得稅前扣除。同樣道理，有些單位對於員工出勤有獎勵，有所謂的「全勤獎」。對於「全勤獎」，其實也是薪酬的一部分，也是需要併入工資薪金中去一併計算個人所得稅。所以，作為單位的HR或財務人員，一定要好好學習稅法，既不多扣員工的稅金，也不能少扣稅金。還在稅後扣除員工的遲到和早退的扣款，以及單位內部的所謂「罰款」的，請立即糾正。
對於工資條上的基本工資、崗位工資、加班工資、績效工資或獎金等，要計算個人所得稅，大家都清楚，大家也不會犯錯。
但是，上了工資條的補貼不全都是要交個人所得稅的；上了個人所得稅的扣款也不是全部都是可以稅前扣，但不是只有社保才能稅前扣除。
因此，釐清那些補貼不用交個稅、那些扣款可以稅前扣除便成了工資條上個人所得稅計算的難點和重點。
上了工資條但可以不用繳納個人所得稅的補貼
1、稅法明確規定了不徵稅的補貼
①獨生子女補貼；
②執行公務員工資制度未納入基本工資總額的補貼、津貼差額和家屬成員的副食品補貼；——此條企業不適用！
③託兒補助費；
④差旅費津貼、誤餐補貼。——此條實務中一般不會做進工資條！且稅法還有限制。
以上規定出自《徵收個人所得稅若干問題的規定》（國稅發（1994）089號）。對於獨生子女補貼和託兒補助費的標準按當地標準執行，不是企業自定標準就行。
對於④差旅費津貼、誤餐補貼限制規定：《關於誤餐補助範圍確定問題的通知》（財稅字(1995)82號）。
國稅發(1994)089號文件規定不徵稅的誤餐補助，是指按財政部門規定，個人因公在城區、郊區工作，不能在工作單位或返回就餐，確實需要在外就餐的，根據實際就餐頓數，按規定的標準領取的誤餐費。一些單位以誤餐補助名義發給職工的補貼、津貼，應當併入工資、薪金所得計徵個人所得稅。
2、個別地區可以不徵稅的補貼
①通訊費補貼。關於通訊費補貼，如果所在省市地方稅務局報經省級人民政府批准後，規定了通訊費免稅標準的，可以不徵收個人所得稅。如果所在省市未規定通訊費免稅標準，單位發放此項津貼，應予以徵收個人所得稅。（國稅發[1999]58號）
②公務用車補貼（或稱交通補貼等）。與通訊費補貼類似，也要求省級人民政府給出免稅標準，如果無省級人民政府的標準則交稅。（國稅發[1999]58號、國稅函[2009]245號）.
可是對於這關係到眾多納稅人的標準，國家稅務總局很大方地把權利到省，而全國各地的省地稅局和省級人民政府似乎忘記他們還有這個權利，千呼萬喚不出來。目前僅見到少數省份有這個標準，最新的陝西省公務用車補貼標準（上限）：
企業董事、總經理、副總經理等企業高層管理者每人每月1690元；企業各部門經理等中層管理者每人每月1040元；其他人員每人每月650元。（陝財稅[2015]10號）
其餘各種補貼，無論叫什麼基本上都是要交個人所得稅的，對於一些特殊補貼不交個稅的一般也不會做進工資條，因為不是人人有份或大多數有份的。
（二）扣款項目的稅前和稅後的區分
對於扣款，稅前扣還是稅後扣，不但涉及員工切身利益，也關乎對稅法的遵從。
社保個人部分稅前扣除幾乎是人人皆知的，但是對員工的罰款、房租、水電費等扣款是稅前扣還是稅後就有人傻傻地分不清，因為稅法沒有明確規定。
企業對於員工罰款，理由千奇百怪，但是藉口不外乎遲到早退、違反公司規定、沒有完成工作任務（業績）等這些。如果把獎金視為一種正績效考核，那麼罰款不就是一種負績效考核嗎？還有，何謂「個人所得稅」，員工有「所得」才有稅啊，無「所得」哪來的稅呢？因此，企業對員工的罰款理應在個稅前扣除。
對於員工使用公司宿舍，公司按規定扣房租、水電費，應在稅後扣除。原因很簡單，稅法沒有允許個人消費在稅