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臺中二中畢業後，王曉波考入臺灣大學哲學系，成為著名邏輯學家、哲學家殷海光門下弟子。上世紀70年代日本在美國操縱下恣意侵佔釣魚島，引發全球各地華人抗議，當年10月，王曉波在《中華雜誌》寫下「保衛釣魚臺」文章，催生了臺灣的保釣運動。馬英九表示，臺灣保釣運動就是從王曉波開始，他是大家的精神領袖。
馬英九：他（王曉波）對臺灣有非常大的貢獻。臺灣的保釣運動，可以說就是他開始的。也因為這樣的關係，他成為大家一個精神的領袖。
馬英九
1971年，王曉波獲得碩士學位，留在臺大哲學系擔任講師。因在臺大校園宣傳自由主義、介紹保釣運動，王曉波捲入「臺大哲學系事件」，被國民黨當局以所謂「為匪宣傳」的罪名拘留問訊，不得不在1974年離開臺大。直到一九九七年，哲學系事件獲平反後，王曉波才復職重返臺大授課。
王曉波的政治立場鮮明，1976年後，先後參與創辦以反對所謂「臺灣獨立」、促進中國民族統一等為宗旨的《夏潮》雜誌、夏潮聯誼會，曾與已故作家陳映真創立「中國統一聯盟」，並擔任副主席，強力主張「中國統一」。
王曉波生前受訪（2015）：中國是臺灣人民的血脈淵源，中國是臺灣人民不可侮辱的尊嚴。兩岸統一在我們看來，其實是臺灣最大的政治利益。
身為著名的哲學及歷史學者，幾十年來，王曉波深入研究中國哲學與臺灣史，尤其是臺灣近代史，著有《臺灣史論集》、《臺灣抗日五十年》、《臺灣史與臺灣人》、《臺灣意識的歷史考察》等，不斷挖掘、弘揚臺灣人民的抗日事跡和愛國愛鄉土的光榮傳統，一生都在推動臺灣與中國文化的連結，強化中華文化在臺灣的傳承發展。1991年，王曉波創立《海峽評論》雜誌並擔任總編輯，長期旗幟鮮明反對「臺獨」，反對島內「去中國化」歷史教育，積極推動兩岸和平統一，被各界視為「臺灣統派的一面旗幟」。
王曉波生前受訪（2017）：我們臺灣統派就是這樣，我們臺灣的愛國主義者，我們在這個時候，我們是一向希望兩岸能夠和平統一，中國能夠民族復興。我們在臺灣苦心孤詣守著時間，看著中國（大陸）的崛起。到今天我們也可以這麼說，祖國沒有辜負我們。
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