莎士比亞的悲劇被看作是他成就的頂峰。他的悲劇多半產生在第二個創作時期，因此這一時期又稱之為悲劇時期。莎士比亞共創作了10部悲劇，它們是：《泰特斯·安德洛尼克斯》（1593）、《羅密歐與朱麗葉》（1594）、《裘力斯·愷撒》（1599）、《哈姆雷特》（1601）、《奧塞羅》（1604）、《李爾王》（1605）、《麥克白》（1606）、《安東尼與克莉奧佩特拉》（1606）、《科利奧蘭納斯》（1607）和《雅典的泰門》（1607）。其中最享盛譽者當推四大悲劇：《哈姆雷特》、《奧塞羅》、《李爾王》、《麥克白》。此外，《羅密歐與朱麗葉》也是廣受觀眾歡迎的劇本。
十七世紀初，伊莉莎白女王統治的末年，英國社會的各種矛盾都尖銳化起來。農村的圈地運動在加速進行，失地農民四處流浪，城市平民的情況不斷惡化。同時，資產階級、新貴族的力量更加強大，深感專制王朝已成為他們經濟發展的障礙，特別是女王把許多重要商品的專賣特權無限制地賞給親信貴族，更嚴重地損害了他們的利益。資產階級、新貴族同王室之間的暫時聯盟在開始瓦解。1603年，詹姆斯一世繼位，執行更加反動的內外政策，恢復封建貴族和天主教會的特權，宣揚「君權神授」，宮廷揮霍浪費，官吏貪汙成風。資產階級、新貴族之間的鬥爭開始公開化。政治的腐敗和繁重的剝削引起城鄉廣大人民的不滿。1607年，英格蘭中部和倫敦附近各郡都發生過大規模的農民起義。一時間，舉國鼎沸、哀鴻遍野。
正是在這一時期，隨著對現實認識的加深，莎士比亞深深地感覺到，現實的發展與自己的人文主義理想之間的矛盾越來越大。因而這一時期的作品中，揭露批判的力量加強了，劇作的情調和風格也發生了一定程度上的變化，帶上了悲憤沉鬱的色彩。這一時期莎士比亞主要寫的是悲劇，其中著名的除《哈姆雷特》之外，還有《奧塞羅》、《李爾王》、《麥克白》、《雅典的泰門》等。
莎士比亞的悲劇具有如下基本特點。首先，莎士比亞悲劇一開始就具有鮮明的民族性。它雖然深受古希臘、羅馬悲劇，尤其是羅馬戲劇家塞內加的復仇劇的影響，但由於塞內加的悲劇不適合舞臺演出，迫使英國悲劇在藝術上闖出自己的道路。莎士比亞之前，「大學才子」馬洛等戲劇家已寫出了相當水平的悲劇，這無疑為莎士比亞的悲劇創作打下了基礎。其次，莎士比亞的悲劇在對社會的批判上具有空前的深度和廣度，它是一面生活的鏡子，照出封建社會的種種醜惡和弊端，尤其是批判了西方世界資本原始積累時期的道德觀和價值觀。莎士比亞的悲劇主人公多數是帝王將相，而且多數以死亡告終。莎士比亞在塑造這些人物時，常常注意社會環境等因素對其性格的交叉影響。他描寫了悲劇性格與環境的衝突，更側重描寫悲劇人物內心世界的衝突。此外，莎士比亞悲劇的情節一般具有兩條或兩條以上的發展線索，形成一種復調結構。不僅如此，莎士比亞還常常在悲劇之中加入喜劇的因素，從而進一步陪襯出更強的悲劇性。
《泰特斯·安德洛尼克斯》是莎士比亞的第一部悲劇，部分內容可能取自古羅馬悲劇家塞內加的劇本以及古羅馬詩人奧維德的《變形記》。該劇描寫哥特女王塔摩拉復仇和羅馬統帥泰特斯·安德洛尼克斯的反覆仇。這是一出典型的復仇流血悲劇，強姦、暗殺、斷舌、肢解、14起暴力行為和34具屍體，一段截殘的舌頭及人肉餡餅。難怪初次上演時，會場中的女觀眾驚倒在地。全劇動作緊湊有力，但整個場面充滿恐怖，人物的行為雖有表面的緊張，其實缺乏內在的衝動。所以不是莎士比亞戲劇中的上乘之作。
《羅密歐與朱麗葉》（1594）是莎士比亞早期創作中的一部悲劇，但無論主題思想還是藝術風格，都和這一時期的喜劇接近。該劇來源於1554年義大利作家班戴洛的一個故事，是一出關於浪漫愛情的悲劇。劇中寫蒙太古之子羅密歐和凱普萊特之女朱麗葉一見鍾情，卻由於雙方家族是世仇，無法結合，終於犧牲。悲劇以兩家的械鬥開場，以主人公之死換來的兩家和好為結束，作者以此譴責了封建家族的內訌和封建的包辦婚姻。羅密歐與朱麗葉為了對自由愛情的追求，敢於不顧家族的世仇，敢於違抗父命，甚至以死殉情，這在封建社會末期，不能不說是一種反封建的進步行為，對當時和後來的反封建鬥爭起了一定的促進作用。莎士比亞的這部劇作在人物性格的塑造方面已比《泰特斯·安德洛尼克斯》有了明顯進步。此劇的詩風特別優美，精雕細刻，頗適合那種浪漫悲愴氣氛。羅密歐與朱麗葉這兩個悲劇人物與莎士比亞此後創作的悲劇人物有一個關鍵的不同點：他們的衝突不是來源於內心情感的矛盾和性格本身，而是來源於外部環境：例如戀人雙方的世仇因素、捎信的約翰神父於途中受阻，而未將性命攸關的信帶到曼多亞，致使這對情人死於非命。《羅密歐與朱麗葉》是莎士比亞悲劇中浪漫主義抒情色彩最濃的一部悲劇，也是一曲反對封建主義，倡導自由平等、個性解放、婚姻自主的頌歌。
《裘力斯·愷撒》標誌著莎士比亞處理悲劇人物的技巧已相當嫻熟。此劇題材來源於古羅馬作家普魯塔克的《希臘、羅馬名人傳》。劇本寫布魯託斯和凱歇斯等人為反對羅馬獨裁者裘力斯·愷撒稱帝而合謀將其刺死。但愷撒的親信安東尼卻巧妙地利用布魯託斯給他的當眾演講機會煽起民眾對刺殺愷撒的仇恨情緒，使布魯託斯等人失掉了民心，最後戰敗而身亡。安東尼等攫取了羅馬統治大權，開始了繼愷撒之後的專制統治。該劇以生動簡練的筆觸描寫了獨裁勢力和反獨裁勢力之間的生死搏鬥，形象地展示了共和主義理想在與專制強權之間的巨大衝突中遭到毀滅的悲劇。劇中的主要人物布魯託斯是一個高尚的理想主義者，卻死於自己對敵人的過分仁慈與寬大。安東尼陰險狡詐、能言善辯，是一個典型的政客。凱歇斯雖站在反獨裁勢力一邊，但有跡象表明，他似乎動機不純，遠不如布魯託斯光明正大，無私無畏。《裘力斯·愷撒》情節單純、緊湊，無多餘的事件。兩位政治家的當眾演講妙言警語、連翩疊出，非常精彩。從此劇起，莎士比亞駕馭悲劇題材的技巧和能力已經相當成熟，這就為他後來編寫四大悲劇打下了堅實的基礎。
《奧塞羅》（1604）是莎士比亞的另一主要悲劇，題材來自義大利作家欽齊奧所寫的《百篇故事》中的短篇小說《威尼斯的摩爾人》。敘述摩爾人貴族奧塞羅由於聽信手下旗官伊阿古的讒言，被嫉妒所壓倒，掐死了無辜妻子苔絲狄蒙娜，隨後自己也悔恨自殺。奧塞羅是一個襟懷坦白、英勇豪爽的戰士，苔絲狄蒙娜天真痴情，不顧家庭的反對和社會的歧視，毅然愛上了他，卻沒有逃脫伊阿古的陰謀陷害。伊阿古偽裝忠誠，心地奸詐，由於升不上副將，就對奧塞羅懷恨在心，千方百計害死奧塞羅夫婦，最後自己也得到了應有的懲罰。通過這個形象，莎士比亞對原始積累時期新興資產階級中的極端利己主義進行了深刻的揭露和批判。與此同時，他在奧塞羅和苔絲狄蒙娜身上寄託了人文主義的理想。
《奧塞羅》的情節編織得非常緊湊、嚴密、完整。各場之間環環相扣、無多餘筆墨。從開場到結局，懸念迭起、情節十分感人。莎士比亞在此劇中不再使用插科打諢的技巧，也不用數條線交叉發展，而是以單線進行，重墨寫奧塞羅與伊阿古之間的矛盾鬥爭，使高潮的產生合情合理，使觀眾在藝術享受上得到充分的滿足感。劇中的三個人物頗具典型性。奧塞羅雖是黑人，卻能贏得白人貴族之女苔絲狄蒙娜的愛情，這本身就是奇蹟。奧塞羅在戰場上能叱吒風雲，所向披靡，在情場上卻顯得遲鈍呆板，動輒得咎。考慮到異族通婚的種種先天不利條件，他的愛情似乎從最初起就註定要成為悲劇。有人認為是他的嫉妒性格造成他的悲劇，甚至經常有人稱他為「嫉妒鬼奧塞羅」，這種看法是不恰當的。恰恰相反，奧塞羅在天性上並不是嫉妒的人，他的主要特點是不太世故，且過分輕信他人。劇中真正的嫉妒鬼實際上是伊阿古。他嫉妒凱西奧的升遷，嫉妒摩爾人得到高官和美女，甚至懷疑奧塞羅與他自己的妻子有曖昧關係。從這個意義上來講，認為《奧塞羅》側重描寫的是嫉妒鬼如何造成悲劇，也有一定的道理。苔絲狄蒙娜是一個真正純潔、美好、善良、真誠的人。她臨死前仍處處為奧塞羅著想，不惜殉命而保全自己的丈夫，她的光輝形象使千百萬觀眾為之落淚。該劇對18世紀的歐洲啟蒙主義戲劇起了積極作用，例如伏爾泰的悲劇《薩伊》和席勒的悲劇《陰謀與愛情》都曾從此劇得到啟發。
《李爾王》（1605）是莎士比亞的第三部主要悲劇。霍林西德《編年史》中有關於李爾的記載，1594年有佚名作者編寫了《李爾王及其三女的悲劇》。故事寫統治英倫三島的君王李爾老年時苦於政務，想將國土平分給三個女兒，他自己則享無冕之王的清福。在舉行分土儀式時，李爾試探了一下三個女兒的孝心。大女兒和二女兒都儘量說些奉承話，遂各償其願，唯小女兒說話實事求是，反而激怒李爾，被剝奪份地，遠嫁給了法國國王。之後說盡漂亮話的大女兒高納裡爾和二女兒裡根輪番惡待其父，致使李爾無家可歸，精神失常，流落荒野。小女兒考狄利婭知情後，對兩個姐姐興師問罪，卻不幸敗北，與其父李爾均死於獄中。高納裡爾和裡根互相火併，同歸於盡。
劇本的另一條線索則寫重臣葛羅斯特伯爵的長子埃德伽與次子愛德蒙之間的鬥爭。愛德蒙無比邪惡，蓄意陷害其兄，私吞家產，迫使埃德伽蒙受不白之冤潛逃野外。葛羅斯特後來知道了真相，不幸已被剜掉雙目。愛德蒙作惡多端，最後死於埃德伽劍下。
《李爾王》是莎士比亞戲劇中悲劇效果最強烈的劇作之一。劇本由若干相互對立的因素構成。例如兩個邪惡的姐姐與善良的妹妹相對照，邪惡的弟弟與善良的哥哥相對照，李爾王與葛羅斯特則是兩種父親的對照。所以我們可以說這齣劇在安排處理善與惡兩大勢力的衝突與較量方面頗具匠心。
李爾王的轉變是全劇的中心。李爾本是一個盲目自信的暴君，由於自身不幸的遭遇，開始對於周圍世界有了比較清楚的認識。在暴風雨的襲擊下，他開始感受到窮人的痛苦，並產生了自責的心情。在雷電交加中，李爾對窮苦的人們喊道：「衣不蔽體的不幸的人們，無論你們在什麼地方，都得忍受著這樣無情的暴風雨的襲擊，你們的頭上沒有片瓦遮身，你們的腹中飢腸雷動，你們的衣服千瘡百孔，怎麼抵擋得了這樣的氣候呢？啊！我一向太沒有想到這種事情了。安享榮華的人們啊，睜開你們的眼睛來，到外面來體味一下窮人所忍受的苦，分一些你們享用不了的福澤給他們，讓上天知道你們不是全無心肝的人吧！」關於李爾王性格的變化和發展，俄國革命民主主義批評家杜勃羅留波夫曾深刻地分析說：「當觀察他（李爾）的時候，我們起初會對這個一意孤行的專制暴君感到痛恨，可是，跟著劇情的發展，我們卻越來越會把他當作一個人而加以諒解，而到了最後，我們就已經不是對他，而是為了他、為了整個世界——對那種甚至能使李爾這樣的人也變得一意孤行的野蠻而無人性的環境，充滿著不滿和熾烈的憎惡了。」
《李爾王》這齣劇探討了惡性權欲如何毀滅人性，毀滅生活中美好的東西，探討了家庭倫理規範，探討了人們認識自我、走向真理的途徑。這是一出家庭悲劇，更是一出社會悲劇。莎士比亞通過李爾的悲劇指出，在早期資本主義關係中，封建的人倫關係被無情地摧毀了。他對當時英國社會的那種見利忘義的現實進行了無情的揭露和批判，同時，他提出同情、仁愛、真誠等人文主義原則來同醜惡的現實相對立，表達出他對人文主義理想的信念。
《麥克白》（1606）也是莎士比亞的四大悲劇之一，其題材主要來源於霍林西德《編年史》。劇本寫蘇格蘭貴族麥克白為國平息叛亂、凱旋而歸，路遇三女巫預言他本人和班柯的後代將先後成為蘇格蘭國王。女巫的預言、麥克白自己的野心和麥克白夫人的慫恿，促使麥克白謀殺了國王鄧肯，登上了王位。為了防止班柯及其後代成為蘇格蘭國王，麥克白又派人殺死了班柯，但班柯的兒子脫逃，成為麥克白的一塊心病。在大宴群臣的時候，班柯的靈魂出現，麥克白一反常態，幾乎全盤說出自己的罪行，這一切引起群臣的猜疑。鞏固流血得來的王位必須付出更多的血的代價。麥克白從女巫嘴裡得知他必須留心另一個蘇格蘭貴族將軍麥克德夫，同時知道沒有一個由婦人生的人可以殺死他。麥克白有恃無恐，大開殺戒，屠殺了麥克德夫的妻兒。後來鄧肯的兒子馬爾康得到英格蘭國王的援助，進軍麥克白所在的鄧西嫩。麥克白眾叛親離。麥克白夫人因心理負擔過重，發瘋致死。麥克白在戰場上與麥克德夫狹路相逢，最後被麥克德夫殺死，因為麥克德夫出生不是自然分娩，而是未足月就剖腹取出的。鄧西嫩被佔領，馬爾康加冕登基。
該劇是莎士比亞悲劇中最陰沉可怕的一部。全劇劇情非常單一，戲劇動作發展極為迅速。它的線索不像《哈姆雷特》或《李爾王》那樣枝蔓糾纏。莎士比亞筆酣墨飽地描寫了一個具有巨人性格的英雄人物如何在短暫時期內為過度的權欲所控制，以罪惡的手段，迅速實現自己的野心，鞏固自己的王權，然後又勢不可免地成為自己權欲的犧牲品。
《麥克白》一劇批判了存在於現實世界的惡性權欲，肯定了人文主義者的仁愛原則，肯定了良知，指出野心和仁愛是勢不兩立的。仁愛是人的天性，殘暴則是違反人性的。此劇使用了若干超自然因素，如女巫的預言，鬼魂的出現等。它們對劇情的發展起著重要作用，同時也使全劇籠罩在一種陰森的氣氛中。從某種意義上來看，女巫顯靈象徵著麥克白自己內心的種種野心和欲望。
《雅典的泰門》（1607）這部悲劇通過一個慷慨好客的富豪，由於錢財散盡，親友紛紛散去的情節，對資本主義社會中金錢的作用做了深刻的揭露。劇中的泰門面對黃金曾說過這樣一段有名的獨白：「金子！黃黃的、發光的、寶貴的金子！……這東西，只這一點點兒，就可以使黑的變成白的，醜的變成美的，錯的變成對的，卑賤變成尊貴，老人變成少年，懦夫變成勇士。」馬克思曾在《資本論》等輝煌著作裡引用過這段獨白來說明貨幣的本質。
總起來說，這時期莎士比亞的創作無論在思想上還是藝術上都更趨成熟。從思想上看，這些悲劇對英國當時的社會生活和矛盾有了更廣泛的反映，不僅對封建宮廷的揭露加深了，而且對「金錢萬能」和資產階級的極端個人主義也進行了批判，還在一定程度上反映出當時兩種敵對的社會力量之間的衝突。從藝術上看，他把悲劇主人公放到這種社會力量的衝突和鬥爭之中，讓他們經受尖銳的內心鬥爭。這樣，就使得他們的性格不但具有鮮明的特徵，而且隨同外部世界的衝突而有所發展。此外，在情節的安排和語言的運用上，這些悲劇都達到了更高水平。