從蒂亞瓦納科擴張時期衰落起，直到印加王朝開始的1438年，在這段時間裡發生過什麼事情,現在只有神話和傳說可以稽考。多數歷史學家同意這樣的說法，艾馬拉語族在蒂亞瓦納科帝國衰亡之後還維持著貌似文明的狀態。有些人認為，艾馬拉語族的一些部落曾北上移居到庫斯科。幾個世紀以後，他們又作為克丘亞語族的徵服者重新出現。不過這種說法似乎不足為信。理由有兩個， 第一庫斯科作為一個小部落的首都，時間是在十一世紀，第二在秘魯說克丘亞語的印第安人侵佔的的喀喀湖，似乎是在公元1200年左右，到1315 年就控制了今天玻利維亞的整個地區。
關於公元1200年一1438年這段時間所發生的事，十七世紀早期的耶穌會歷史學家費爾南多 蒙特西諾斯神甫提出了另一種看法。他寫道，有一個皮魯阿王朝在高原上統治過很多世紀， 但是最後被一些來自巴西和查科的侵略高原的野蠻人所推翻。皮魯阿人只在阿普裡馬克河谷保留下一個小據點。就在這裡，經過多年的無政府狀態之後，出現了新的印加帝國。現在的玻利維亞歷史學家何塞德梅薩和特雷莎希斯維特德梅薩，參照以前的編年史學家們的觀點，提出了一個稍欠生動但較為準確的說法。他們聲稱，在蒂亞瓦納科帝國末期，說艾馬拉語的一些民族成了統治勢力。他們把自己的語言和宗教強加給高原上的查爾卡斯、烏羅、塔帕卡裡和卡蘭加斯等部落。他們的政治機構稱為科拉蘇約，統轄著現在的拉巴斯、科恰班巴、普諾、阿雷基帕和奧魯羅幾個省。
最早定居在的的喀喀湖周圍的艾馬拉人，從未形成為國家，因為他們的社會組織是建立在氏族基礎之上的。這種擴大了的家庭關係叫做艾柳。艾柳還不能成為鞏固王朝政權的強有力的基礎。在艾柳鞏固起來之後所形成的村鎮叫做瑪爾卡。他們居住在高原，或稱科拉。經過一段時間，最早的那位叫做馬爾庫斯 阿普維爾卡斯的科拉國王可能把各個瑪爾卡聯合起來，成了一個新王國的基礎。很明顯，他是蒂亞瓦納科最後一個統治者的後裔，那位最後統治 者過於軟弱無能，以致在歷史上沒有留下任何事 跡。馬爾庫斯阿普維爾卡斯，同以後繼承他的那些早期國王們一樣，與其說是統治者，倒不如說是傳教士。蒂亞瓦納科是他的首都，對他的人民來說很可能也是宗教上的麥加。
馬爾庫卡卡帕拉王朝徵服了馬爾庫斯 阿普維爾卡斯的後裔，並且將其土地奪為己有。 他們的名字的含義是「金髮人」。關於白皮膚金頭髮人的傳說，就是從這支血統的國王們那裡流傳來的。這種傳說在許多印加神話裡可以見到。在馬爾庫卡卡帕拉王朝時期，沒有修建大的建築奇蹟或金字塔。它的國王們似乎是忙於修建堡壘以保衛他們已經佔據的土地。在這類建築物上以及在他們為接力信使修蓋的驛站房屋上，他們抄襲蒂亞瓦納科的裝飾花樣和藝術主題。
在此以後居於統治地位的氏族是伊拉斯。這 一氏族的第一個國王把首都從蒂亞瓦納科遷到卡拉科託，這是德薩瓜德羅河岸的一個小城鎮，位於的的喀喀湖南面大約二十五哩。據說，第二個國王 (可能叫基普伊拉)是結繩記事的發明者，這種記事法稱為「基普」。後來，印加人用這種辦法記帳統計人口，甚至記載他們的歷史傳說。這一家族裡最了不起的人物名叫豪伊拉（有時叫塔庫伊拉)，但是在他戎馬生活的晚年，這個帝國已經衰落。他死後，一個艾馬拉族的部落起來反抗伊拉斯族，弄得他們的文明支離破碎，衰敗不堪。
在很長的時間裡沒有出現新的領袖。後來一 旦出現，那就是眾所周知的卡帕斯王室。這個王室最著名的國王，在馬爾庫卡帕克之前是馬庫裡。他們的傳奇英雄是芒科卡帕克，就是這個人註定要成為印加帝國的創業鼻祖。印加有這樣一個傳說，太陽神憐憫從的的喀喀湖來的移民，吩咐他的兒子芒科卡帕克和女兒瑪瑪奧柳把他們帶到另外一個有發展前途的地方。神仙和凡人來往接觸的題材，在南美洲的神話裡是很普遍的，而且佔很大的份量。在印加時期，這樣的神話常常把宗教教義同歷史傳統聯結在一起。借著太陽神的傳說，印加人也可以宣揚他們自己的神聖來歷。
根據他們的傳說，比拉科查創造了天和地。他用巖石雕刻了許多巨人，這樣，大地便有了人口。但是他不喜歡那個種族，於是，又把他們變成巖石。他用泥土捏制了一個新的種族，讓他們住在山洞裡或湖旁，同時還教他們學農業和藝術，建立 新的社會秩序。太陽神的兒女就是來自山洞裡的人。他們遵照神旨，帶著一根金杖，一直往前走，走到哪裡金杖鑽入地下不見了，就在那裡停下來。這 個奇蹟發生在庫斯科附近，他們也就在這裡定居了。芒科卡帕克教隨行的男人學農事，瑪瑪奧柳教婦女學紡織。
關於印加人的來歷，還有另外一個故事。許多早期的西班牙編年史學家曾經記述過，不過只是彼此重複而已。普雷斯科特在其《秘魯的徵服》一書中簡要地提到：「從的的喀喀湖岸來了一些白色皮膚、滿臉鬍鬚的人(可能指馬爾庫卡卡帕拉王室)，他們在土著人中取得優勢，並賜給他們文明和幸福。」普雷斯科特在書裡還提醒讀者注意,這個傳說同阿茲臺克傳說有相似之處。後者說，奎查爾柯脫爾也是個善良的神，它完成了同樣的使命。普雷斯科特指出，兩個傳說如此相似特別令人注目，因為在兩個帝國之間並沒有過來往接觸。
印加人力圖讓那些被他們徵服了的民族相信，芒科卡帕克和他的妹妻是在公元1200年左右出現在高原上的。就象普雷斯科特所寫的那樣，果真如此的話，「那就同他們以後的歷史顯然不相符合了。」沒有任何記載說明，在西班牙徵服以前，印加王朝的王子曾經多於十三代。如果說前後有十三個國王，那只能把這個王國的建立時間提早兩個半世紀。在這樣一個古老的年代建國，並不是不可信的，並且還應該指出，這個年代是在阿茲臺克人在墨西哥建都後五十年之內的年代。