臺灣與莆田淵源很深，雖隔一灣海峽，仍阻斷不了兩岸人民的密切往來，在海對面寶島臺灣，不僅繁衍著眾多的興化裔，而且在臺灣的高山族中今還有幾個社通用興化話作為口語。
餘文以《續修臺灣府志》卷十五（番社風俗）中指明，福建興化府漢人渡海到臺灣後，娶高山族婦女為妻，隨後「令其子孫婚配，皆由父母主婚，不與別番同」。有關這方面的記載在周璽的《彰化縣誌》也有，此志卷十一有記載：「貓兒幹、南社番，有說興化話者，想系興化人入社所傳。」相習到今，「語未嘗考」。由於可知閩臺親緣關係之深厚。
人稱為海峽女神的媽祖，自宋代以後百姓對她的賢德極其崇敬，立廟奉祀。隨之歷代帝皇逐步敕封為「天妃」「天后」「天上聖母」。在碧波環繞的臺灣島，隨處可見媽祖廟，計有四百多座之多。這裡介紹一些比較著名的媽祖廟，從中可知媽祖在臺灣人民心中的地位。
「興化媽祖」天后宮
臺灣鹿港有十分重要的古蹟、興化媽祖天后宮。此宮系旅居鹿港的興化籍人捐資興建的，時約在清康熙二十四年（1685年）。原名「興寧宮」又稱「興化媽祖宮」。由於建築宏偉，規模浩大，殿宇壯麗，與臺南、京港、彰化的媽祖廟並稱為「四大媽廟」。
天后宮分前後兩進，都供奉媽祖神像。殿宇兩側建築有雙層廂樓，殿後亦建二層樓，均供香客住宿，可容千人左右。「興化媽祖」天后宮保存古物甚多。大殿懸有乾隆皇帝的御筆大書，並蓋有玉璽的橫匾兩專項，題為：「佑濟昭靈」，「神昭海表」，光緒皇帝也曾親筆頒賜「與天同功」一方匾並懸在殿上。
鹿港的「興化媽祖天后宮」在臺灣諸媽祖中地位較高，原因之一是該廟所供奉的媽祖神像是清康熙二十二年（1683年）由福建水師提督靖海侯施琅從莆田湄洲天后宮恭迎來臺的，而臺灣的各媽祖廟則是從這廟分身而出的。據該廟廟志記載，湄洲媽祖神像總共分出三尊，鹿港天后宮媽祖是臺灣全省唯一的由湄洲而來的神像，人稱為「祖神」。由於香火鼎盛，這尊媽祖神像原系粉紅色的臉竟被薰染成為烏黑，所以信徒們稱之為「烏面媽」。每逢農曆三月二十三日媽祖誕辰，全臺七十多座由鹿港媽祖分出香火的廟宇必全副鑾駕來謁祖廟。屆時，酬神演劇，人山人海，熱鬧非凡。
雲林北港朝天宮
位於彰化縣與嘉義縣之間的雲林縣，南部有一個海港稱並港，舊名笨港，是臺灣古老的港口之一。岸上的街市是臺灣西南部沿海平原的中心，北港鎮上有一座臺灣省規模最大、香火最盛的媽祖廟，也是全臺媽祖信徒的聖地，每年有百萬眾香客前來朝聖。
這座媽祖廟正為「朝天宮」是全臺媽祖廟的總廟。康熙三十三年（1694年）莆田湄洲島的朝天閣樹壁和尚，奉「天上聖母」神像來臺灣。（這尊神像雖不是從湄洲天后宮分身而來的，但來自湄洲島媽祖的升天處。）當地閩籍人崇拜媽祖者極多，倡建小祠供奉這神像，最初僅搭蓋茅屋石祠，雍正八年（1730年）才「易茅石瓦」。乾隆、鹹豐年間兩度擴建。光緒二十一年（1895年），一場大火燒掉了拜殿。光緒三十年（1904年）大地辰全廟傾壞。於是當地人士發起募捐，集資重建，宣統三年（1911年）竣工。這次重修的工程十分浩大，整個建築群佔地達二千平方米，除正殿外，前有毓麟宮，後為雙公廟，還有聚奎閣，凌虛殿，文昌廟，三界公祠等，形成龐大而嚴整的廟宇，稱冠全臺。
廟中有30多尊媽祖分身像，居中「天上聖母」兩側有千裡眼、順風耳二神像，襄助媽祖神「眼觀四海」、「耳聽重洋」。北港朝天宮後殿很有特色。該殿主祀媽祖的父母兄姐，一家皆神，集聚一堂。殿前石柱有副對聯：
朝感聖母封贈父母；
天嘉後德榮及姐兄。
每年媽祖誕辰，這裡是全臺祭典的中心。從正月十五日起，便有香客自各縣市遠道而來，直至三月底達到最高潮，這期間擁入北港的香客多達50多萬人，年年如此。媽祖誕辰前數日，民間祭神隊伍遊行不斷，鑼鼓喧天，整個北港，瀰漫著香火煙霧。各地來向媽祖拜壽的大大小小神佛坐在神轎裡，由信徒扛著擠向朝天宮，到處都是持香禱拜的人們，人稱為臺灣最大的祭神奇觀。
澎湖馬公古廟天后宮
馬公島原名彭潮島，是澎湖列島中面積最大、人口最多的海島，馬公是馬宮的訛音。澎湖島世居漁民最多，因媽祖是海上保護神，故島上建有天后宮奉祀。
現在馬公鎮上的天后宮，是臺灣最古老的媽祖廟，也是全台歷史最悠久的古蹟。據考，該廟當建於明萬曆二十年（1592年）。萬曆三十一年（1603年），荷蘭侵略者韋麻郎率艦侵入澎湖，以馬公島登陸，佔領了媽祖宮。當時福建金門守將沈有容率艦，諭荷蘭侵略軍退出。這是中國政府第一次向國際表明澎湖和臺灣是中國神聖的領土，不容侵犯。後來，鄭成功東徵逐荷，施琅收復臺灣，都曾在媽祖宮附近駐軍，清廷統一中國後，曾賜「神昭海表」匾額，並遣禮部郎中雅虎前來致祭，重修了廟宇。
馬公島的天后宮後進是「清風閣」，右壁嵌有一方石碑。碑高198公分，寬28.7公分，正面刻「沈有容諭退紅毛番韋麻郎」十一個字。就是紀念沈有容驅逐荷蘭侵略者這一重大事件而立的，是臺灣現存最古老的石碑。天后宮對面是施公祠，奉祀靖海侯施琅，紀念他為祖國統一立下的功績。
臺南大天后宮
康熙二十二年（1683年），施琅出師徵臺灣，直入安平鹿耳門，曾宣揚媽祖神力相助，事後上表清廷，奏請改建明寧靖王府為大天宮。這是全臺最早的「官建」媽祖廟。廟建成之日，康熙皇帝還特地委派禮部官員來臺致祭，加封媽祖為天后。所以說臺南的大天后宮是我國第一座以「天后」冠稱馬祖的廟。
由於是官方所建，大天后宮規模宏大，廟宇巍峨，藝雕精品極多。此外廟中古匾古聯之多，也是全臺所罕見的。現有鹹豐御筆「德侔厚載」與光緒御筆「與天同功」匾客最為珍貴。
此外比較著名的媽祖廟還有臺北的古剎龍山寺。龍山寺位於臺北龍山區廣州街，坐北朝南，廟宇宏闊，雕飾尤精。臺北龍山寺是晉江縣安海龍山寺的分身。大殿供奉觀間菩薩，後殿祀海神媽祖。由於信徒之眾，香火之盛，該寺列為臺灣省重要古蹟，是中外遊人必到之處。
儘管臺灣省有眾多的媽祖廟，臺灣同胞都以能到莆田湄洲島謁拜媽祖祖廟，傾聽湄嶼潮音為終生一大幸事。待到祖國統一，海峽女神將迎來骨肉同胞團聚一堂。（詹滄）