明治時期，日本社會各界積極創辦女子學校，為女子提供教育機會，如橫濱女校、橫濱共立女校、女子學院、神戶女學院、京都同志社女校、東京立教女校等。這些學校的設立對普及女性教育、向女性傳播西方文化理念作出了突出的貢獻。
明治女學校於1885年（明治18年）由牧師木村熊二創立，島田三郎、田口卯吉、植村正久、巖本善治為發起人。巖本長期主持明治女學校，他吸收思想家森有禮的教育理念，將 「要讓諸位學子自由發展，而達於各自所好之途，伸展天賦之個性，成就完美之女性」作為辦學宗旨。他同時主辦《女學雜誌》，主張通過傳統美德和西方教養的融合來提高日本女性的社會地位。
巖本善治主持的明治女學校，以基督教自由氛圍及培養進步女性而出名，像三宅花圃（女作家）、野上彌生子（女作家）、相馬黑光、羽仁元子（教育家）、石井筆子（教育家）、大塚楠緒子等傑出女性都畢業於該校。當時，北村透谷、星野天知、島崎藤村等年輕作家在明治女校任教，文壇名人云集，學校一時聲名遠播。透谷、藤村等在《女學雜誌》旗下的副刊創辦了文學雜誌《文學界》，同仁還有平田禿木、馬場孤蝶、戶川秋骨等，當時尚未成名的田山花袋、柳田國男、上田敏、樋口一葉等也在該文學雜誌刊發作品。
明治20年代的《女學雜誌》以巖本善治與北村透谷為中心，二人旗幟鮮明地發表近代戀愛論。巖本認為靈魂是戀愛不可缺少的要素，這與他信仰基督教有系。北村透谷「靈肉分離二元論」和精神高於肉體的觀點，與巖本善治宣揚的觀點相一致。二人好似車之兩輪，為形成和普及重視精神性的近代神聖戀愛觀而勇往直前，影響了眾多風華正茂的青少年。
明治女子學校的理想主義，催生了很多師生之間愛的羅曼史。這在當時日本社會被認為是戀愛至上主義而引起爭議，但實際上這些戀情多以柏拉圖式的戀愛告終。島崎藤村和佐藤輔子的校園戀愛，便是其中突出的典型。
生於今中津岐阜縣，幼時長在木曾郡籠宿的藤村，九歲時被父親送至東京求學，開始寄宿生涯。他十四歲師從木村熊二學習英語，同年，其父正樹在故鄉的禁閉室發狂而死。此事令藤村養成孤獨、沉潛的憂鬱性格。明治20年，藤村進入明治學院普通學部本科學習。明治學院是一個文學氛圍很濃厚的學院，藤村在那裡受到了文學的薰陶，這為他後來成為作家奠定了基礎。明治24年藤村畢業，他向《女學雜誌》投寄翻譯稿件，成為明治女學校一名教師，並且認識了北村透谷等作家。
明治26年創刊的《文學界》聚集了一群二十剛出頭的青年作家。懷著對美的憧憬，他們效法但丁和歌德，各自在心中刻畫著自己的比亞德裡斯和綠蒂。這種氛圍也籠罩著明治女子學校，學生相馬黑光稱之為「青春的道場」。
藤村授課時，寧靜中隱含著清新的激情，讓女生們讚嘆不已。但黑光等人跟隨藤村學習英語時，藤村已經燃盡對輔子的愛火，蹉跎度日。藤村的課讓黑光等人很失望，充滿激情的發問，只換來他一句心不在焉的：「那樣也行。」並且一到下課時間，他就會匆匆離開教室。「呃，老師已經成了灰燼，沒辦法啊。」不知不覺間，藤村被起了一個叫做「碳渣」的外號。
那個讓藤村傾注了所有激情的戀人輔子，在藤村的小說《春》裡，以勝子之名登場。 1871年（明治4年）生於花卷一個富裕家庭的輔子，皮膚白皙、明眸善睞，因貌美被青年作家們稱為「奧菲利婭」。
這場師生戀發生在1892年秋天。輔子是柔弱的，而藤村在女孩面前逡巡不前。與兩人相互間日漸高漲的愛相比，現實卻無法隨心所欲。 輔子有自幼許配的婚事，夾在此事與藤村的戀情之間，輔子並不具有反抗家人的勇氣和力量。在苦苦思索了一段時間以後，藤村獨自一人踏上了漫長的旅程。1894年（明治二十七年）春，輔子畢業回鄉，次年五月嫁給了札幌農學校講師鹿討豐太郎。明治青年的青春大多是如此結局。黑光等人受教於「碳渣老師」藤村，應是在輔子畢業後藤村重回講壇那一年。一時放棄了輔子出門遠行的藤村，實際上在輔子出嫁前曾短暫見過心上人一面。不料淚涕沾襟地嫁了人的輔子，大約在三個月後便香消玉殞。據說死因是劇烈的妊娠反應。「哦，我這軀體早已死去，留下的只有對你的愛慕之心。」在接到這封來自輔子的信之前，藤村對輔子的死是有預感的。儘管如此，當死訊真的傳來時，藤村感到瞬間天地一片昏黃，天旋地轉。
說起北村透谷和石坂美奈的戀愛經歷，就會讓人想到1892年刊於《女學雜誌》上的詩論《厭世詩人與女性》那響亮的開句：「戀愛是人生的秘鑰，有了戀愛才有人世，抽去戀愛的人生簡直無色無味。」這短短數行給同時代的年輕知識分子帶來「仿佛大炮轟炸一般」（木下尚江語）的猛烈衝擊。
《厭世詩人與女性》並非戀愛散文，它探討了女性在戀愛的影響下一邊展望理想，一邊陷入結婚、家庭等束縛，逐漸絕望這樣一個悲劇式的過程。並且在其中也透射出透谷的戀愛和結婚「什麼都太早了」（藤村《春》）的個人經歷。
成為透谷之妻的石坂美奈，其父石坂昌孝是多摩地區的大地主，也是擔任縣會議長的自由民權派領袖。美奈為長女，她的弟弟公曆也是自由黨的政治家，因為他和透谷同年又交好，兩人才得以相識。明治20年7月，美奈畢業於橫濱的共立女學校。在當年的畢業典禮上，她以《宣揚自由女子也有責》為題發表演講。美奈從小生長在政治氛圍比較自由的家庭，又深受基督教的信仰和教養薰陶，因此是位獨立性很強的女性。
她和透谷（原名北村門太郎）之間萌生戀情，是在美奈女學校畢業回家（也是美奈父親昌孝政治活動的秘密地點，經營茶葉生意）探親之後。大約在明治20年7月至8月之間，透谷作為美奈弟弟公曆的好友經常出入他們家，並拉近了與美奈的關係。
透谷經常用「思想高尚」「受過高等教育，也有智慧」「榮譽的大小姐」等詞彙來形容美奈。這是因為透谷將對方置於獨立且對等（甚至更高）的人格上，對其既有認可又有愛情的關係。也正是因為把美奈放在了這樣的關係定位上，透谷才能把迄今為止人生道路上的「內心苦楚」傾訴出來，並且將自己的思想、社會觀包括政治觀和盤託出。透谷如此態度，也激起了美奈的愛意。
他們這段被認為不可能的婚姻，受到來自社會、身份各方面的壓力。透谷作為舊小田原藩出身的沒落士族的長子，雖然考入東京專門學校（現在的早稻田大學），但是中途退學，當時只不過是個愁於生計的窮書生。而美奈受到的教育作為當時的女性來說已是頂峰，本人又是富裕人家的大小姐。年紀比透谷大三歲且不說，且當時已有婚約。未婚夫名叫平野友輔，是大商人的兒子，明治16年畢業於東京大學醫學部別科。平野作為民權活動家，是透谷的前輩，相當受石坂昌孝器重。可美奈毅然與如此有為的青年撕破婚約，轉而選擇了比自己年少的透谷。她的理由是：「這不是個值得尊敬的社會，擁有財富和名譽的人都是垃圾，我要選擇沒有名譽也沒有財富的爽朗男子做我的丈夫。」（《寫給父親快藏的書信》）明治21年11月3日，在透谷的父母家，兩人舉行了基督教儀式的婚禮。當時透谷19歲零10個月，美奈23歲。
這段婚姻開始時兩家都極力反對，但是最終還是認可了。據藤村說（《透谷集》序），對於他們周圍的人而言，這段婚姻就像是「拉開了血戰」一般。而對透谷而言，也真的可以稱之為一場戰役以及令人精神備受折磨的愛之果。
明治元年生於神奈川縣小田原的透谷，十四五歲就參加了自由民權運動。後來，自由民權運動分裂，發生了萬名農民暴動的「秩父事件」和支援朝鮮獨立的「大阪事件」。民權組織領導下令採取「為了目的不擇手段」的行動，透谷好友大矢正夫為獲得暴動的資金，竟然勸說透谷去做強盜。苦惱多日後，透谷剃光頭髮，拄著拐杖告知大矢自己要去流浪。就這樣，十七歲的透谷脫離了政治運動。但透谷一直為背叛朋友而自責，甚至一度罹患憂鬱症。恢復健康後，他立志於文學，轉向基督教信仰，並接受了洗禮。他與美奈衝破重重阻礙結婚後，夫妻住在東京數寄屋橋旁邊母親經營的店鋪樓上。為了家計，透谷擔任教會女子學校的英語教師、從事教會的翻譯工作，美奈做了家庭教師。婚後第二年，透谷出版了《楚囚之詩》，以受「大阪事件」牽連被捕的大矢正夫的語氣寫成，迸發著對自由的嚮往和對妻子的戀愛。隔年出版的《蓬萊曲》寫到自身熱切追求自由，因現實撞擊而感到幻滅。因為僅看到現實的暗面和醜惡，被推向絕路，然而當他看到魔王想要毀滅人世，竟不自量力與其抗爭。
透谷與美奈婚後兩年，生活一直貧困，美奈有孕在身，現實如此殘酷，美奈與透谷常因瑣事怒目以視，跟強勢的婆婆關係也不妙。從1893年1月始，透谷替代藤村站在明治女子學校講壇上，自此揭開了他與學生齋藤冬子忍戀的帷幕。
冬子生於仙臺藩的一個士族家庭。是著名的在野英語學者齋藤秀三郎之妹，也是小澤徵爾的老師、指揮家齋藤秀雄的姑母。與柔嫩得有如信濃春天的杏花般的輔子相對照，冬子是那種帶著清冽氣質的理性女孩。她是相馬黑光在宮城女子學校的學長，曾領導大家罷課，抗議學校的教育體制。
宮城女子學校是當時如雨後春筍般建起的教會學校之一，美資經營，校長以下就由美國女教師來執行美國式教育，優先施行英語教育，學生無法學到作為一個日本人所應該具備的教養。冬子對此深感不滿，於是和其他優秀學生共五人一起向學校提出抗議。冬子為此事受到退學處分。
從宮城女子學校退學之後，那五個受到處罰的學生中包括冬子的三人，來到憧憬已久的明治女子學校。在這個充滿自由氛圍的學校中，冬子得到了很大的成長空間。她那強烈的上進心讓教師們無法不為之所動。她備受青睞，其中最器重冬子的就是北村透谷。北村是一位上課非常有激情的老師，關於他曾經有這樣一件趣聞：一次透谷把自己的孩子帶到教室裡來，女學生們給了小女孩一塊餅乾，但講課講到忘情時，透谷竟然自己把那塊餅乾吃掉了。
面對這樣一位老師，冬子敬愛之情日益加深：「老師是那種真正全身心投入的人。」這種敬愛漸漸變成傾慕。冬子熱心聽講，常提出尖銳的問題。而透谷則非常認真地回應她的問題。二人的問答珠聯璧合，他人無法插嘴，猶如一對一的課堂一般。然而，據說周圍的同學並不討厭這種上課形式，所有人都在這種氛圍中學到很多東西。
雖然透谷已有妻室和子女，但作為師生，二人之間的吸引和互動有目共睹。
「你，請求你，愛我吧。我也必定竭盡此生去愛你。」
這是透谷寫給美奈著名的求婚書。但美奈讓透谷得到精神上的滿足，僅在婚後維持了很暫短的時間。苦戀中想像的美奈，並不是現實中的那一個。從《厭世詩人和女人》的首句可看到透谷感情上的徘徊——「戀愛是人生的秘鑰，有了戀愛才有人世，抽去戀愛的人生簡直無色無味。」
透谷否定了封建家庭的夫婦關係和花街柳巷裡的戀愛，主張兩個獨立人格相互吸引而產生的戀愛。然而戀愛一旦開花結果成為婚姻，女性就會轉眼之間從「美妙優雅」的精靈變成人世間束縛者的代表，成為「俗世的代言人」。這是透谷親身體驗到的事情。面對一如既往生活在詩人理想世界的透谷，美奈喟嘆手頭拮据，抱怨家庭沒有俗世平凡的幸福。透谷無法責備妻子，但如果滿足妻子的要求，就意味著作為詩人的理想的破滅。當齋藤冬子帶著一雙燃燒著求知激情的眼睛出現在透谷面前，正是透谷面對家庭危機的時候。對透谷來說，冬子像是陣陣清風。然而透谷沒有貿然縮短師生之間的距離，因為當初美奈也是帶著那種富有啟迪意義的清新氣質，出現在透谷面前的。
當時，明治國家體制已經初具規模，自由的萌芽一個接著一個被掐掉。無論透谷如何呼喊個性的自我發現和藝術的獨立，他的呼喊只能是無力和遙遠的。在抗爭中，他寫下《內在生命論》呼籲打破貴族的理想，為平民伸張自由民主。他還創作了代表作「三蝶」（《睡蝶》、《蝴蝶的芳蹤》、《雙蝶的死別》）表現了當時知識分子在封建壓迫下的苦惱與憂傷。1893年歲末，他在自家的陽臺上用短刀刺破喉嚨自殺未遂，次年五月十六日，當晚月光皎潔，處於理想與現實的矛盾中不能自拔的透谷，在自家院子裡自縊身亡，時年二十五歲。此時的冬子得了肺病，躺在故鄉仙臺的病榻上。據說容顏改變得令人無法置信。身邊的人沒有把透谷去世的消息告訴病重的冬子，然而或許是心有靈犀，冬子在透谷死後一個月的六月二十三日「化蝶」而去。當人們為冬子淨身的時候，發現了她身上的一封信。是透谷寫給她的。
藤村後來在小說《春》中回顧自己和友人的青春，書中的登場人物岸本、青木、勝子、市川、菅、足立、福富、岡見分別是以藤村、透谷、輔子、平田禿木、戶川秋骨、馬場孤蝶、上田敏、星野天知為原型寫的，這些年輕知識分子嚮往人生的春天、藝術的春天、理想的春天，但終究未能實現，這諸多的苦痛構成了小說的主題。
藤村家庭破產，不得不代替事業失敗的長兄承擔起一家人的責任，他沒有餘力再繼續進學創作。抱負不得施展的絕望給了他沉重的打擊，透谷之死更是給他精神上的重創。他從透谷身上，看到同舊事物的鬥爭總是以失敗而告終。透谷想打破世界，反而打破了自己的心。不知從什麼時候，他開始意識到比起父母、家庭，自己才是最重要的，於是藤村拋棄一切，前往仙臺的東北學校任教。他坐在開往東北的雨中的火車上，臉靠在車窗上悄悄地嘟噥著：「啊，即使是象我這樣的人，也要想方設法活下去。」
芥川龍之介自殺後，藤村寫下追憶文章，又想到了朋友。
他這樣寫道：「有人將北村透谷之死和芥川之死相比較，北村一直和貧困奮戰，生前連自己著作的出版都沒能看到，是無法和芥川君的奢華相比的。只是到最後刃盡矢折之時，借用芥川君的說法，到了『以殘缺的細劍策杖行走』的最後時期，依然具有毫無鬆懈的精神，這一點上兩人有些相似。」
據勝本清一郎分析，透谷在基督教精神的啟發下發現了自我，當從基督教轉移到印度佛教時，他又主張捨棄自我。當然，感情生活的失意，無疑也是他自殺的因素之一。但是，「曲高和寡」，他的《內部生命論》等觀點不被人們理解，使他孤立並脫離了現實，加重了他的苦悶；理想和現實的巨大反差，更叫他了無生趣，這才是他自殺的主要原因。
藤村將透谷作品編纂成集，盡了作為朋友的責任，並且對友人作出中肯評價，他說：「透谷自殺一方面說明了他帶著先驅者的覺悟，為即將到來的時代充當了墊腳石；一方面又留下了倒下的形跡——他凝視著人的內心深處創造了文學，排除了功利的私心雜念，徹底地批判了文明社會的本質。」同是透谷全集編者的勝本清一郎，用如下的詩句讚美這位思想啟蒙者：「幾度暴風雨過去，今後還要過去。在暴風雨的間隙，蒼穹深處有一點熟悉的星星總是在發光，那，就是透谷。」
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