人類有家譜，病毒也有家譜。研究人類的家譜從遺傳學上來看意義不大，但研究病毒的家譜卻可以幫助我們掌握病毒發生、演變的規律，便於進行有效防控。
目前，研究病毒家譜最有效的方法是基因鑑定。流感病毒的基因組相對簡單，總共由1.3萬多個鹼基組成，僅相當於人類基因組（約30億個鹼基）的1/220,000。但流感病毒的基因由單鏈RNA構成，變異率非常高，可達到生物平均變異率的100萬倍；它們的種類也很多，容易發生雜交；可寄生在很多宿主中，病毒間相互關係複雜。從總體來講，研究流感病毒「家譜」的難度很大。
甲型流感病毒的基因組由8個片段組成。病毒表面的糖蛋白抗原分為16個HA亞型（H1～H16，即不同亞型病毒表面的血凝素不同）和9個NA亞型（N1～N9，即神經氨酸酶不同）。不同亞型病毒之間的基因可「雜交」，形成一個龐大而複雜的病毒家族。其中H1N1、H2N2、H3N2亞型主要感染人類，其他亞型的自然宿主是多種禽類、豬、馬以及一些水生哺乳動物。
野生水禽是多種甲型流感病毒的天然宿主，堪稱流感病毒的「基因庫」——目前已知流感病毒的全部16種HA亞型和9種NA亞型病毒都已經從水禽體內分離到，所有亞型的任何可能組合（理論上可能有144種組合）幾乎都能在水禽中發現；所有當前在哺乳動物中流行的流感病毒的每一個基因，都是在過去一百年間全部或部分來源於水禽（主要是鴨）。
在遷飛水禽中，流感病毒只在腸道上皮細胞中繁殖，並不引發病症。但水禽糞便中含高濃度病毒，它們活動的湖水中不經濃縮即可分離出病毒。鳥類會在飛行過程中隨時排便，遷飛的候鳥沿途會將病毒到處播撒。由於禽流感病毒的亞型類別最多，是穩定的感染源，只要野生水禽存在，其他動物的流感是不可能根除的。
在家雞、火雞等家禽中，禽病毒感染可能造成100%的死亡率（如雞瘟）。大多數高致病性禽流感的暴發流行是由H5或H7亞型病毒引起。流感病毒在水禽中傳播時，抗原基因能
保持幾百年不變，但轉移到哺乳動物宿主後變異率會迅速升高。
1997年以來，H5N1型高致病性禽流感非常活躍，甚至造成一些散發性的人類感染和死亡病例，但科學界迄今未證明禽流感病毒能在人際間傳播。它們也不大可能直接在人體內發生重組。
能在人際間傳播的流感病毒的直接源頭通常是豬。感染豬的流感病毒大約有10種不同亞型，目前在豬群中廣泛流行的只有H1N1、H1N2以及H3N2毒株。豬流感在多數情況下會導致病豬體重減輕，但致死率低，一般在發病7～10天後自然康復。許多情況下，豬可感染一株或者多株病毒，而不表現出任何臨床症狀。
禽病毒能識別宿主消化道和呼吸道中的SAα2，3Gal受體，人流感病毒主要識別人呼吸道中的SAα2，6Gal受體。豬的特殊之處在於，呼吸道上皮細胞表面同時具有這兩種病毒受體，因此豬可以同時感染源於禽、人和豬三類流感病毒，成為病毒的「混合器」和新流行毒株的「孵育器」。不同來源的流感病毒在豬體中可以發生重組，產生能感染更多動物的病毒。禽類與人類在生物學上是遠親，而豬和人是近親，所以豬身上的流感病毒和人身上的流感病毒更容易重組；禽流感病毒在豬體內多次傳代後，可產生類似人流感病毒的特性。
因此，今後對豬流感也應建立類似對人流感的監測系統。
最近流行的甲型H1N1流感病毒是4種病毒的複雜重組產物。這4種病毒分別來自禽、人和豬（兩種）。它的兩個基因片斷疑似來自歐亞大陸豬流感病毒，另外6個基因片斷則來自出現於1998年的北美豬流感病毒。後者原本就是豬、禽、人三源重組病毒株，曾在北美廣泛傳播。新的甲型H1N1流感病毒雖然最早在墨西哥流行，但很可能首先出現在美國的某個養豬場，只是當初沒有引起注意而已。
甲型H1N1流感病毒的大部分基因片段來源於豬，它近期的祖先都是豬病毒，所以甲型H1N1流感最初被稱為「豬流感」。新的甲型H1N1流感病毒的具體源頭可能永遠是個謎，但目前有一點可以肯定：近期在中國豬群中發現的都是普通豬流感病毒，從未發現北美豬流感病毒。
新型流感病毒並不具有1918年流感病毒所特有的遺傳特徵，僅感染上呼吸道，迄今致病性比預計的弱，可能不會造成災難性大暴發。但目前科學家對流感病毒變異的規律仍未完全掌握，存在大量不確定因素，我們必須繼續保持高度警惕，隨時調整策略。（生物谷 Bioon.com）