一、來料加工企業的會計處理
（一）收入的核算
首先，根據財政部1998年頒布的收入確認原則，來料加工企業在報關出口後就應確認收入。因為此時商品所有權的主要風險和報酬已經轉移給外方，加工企業對商品已不擁有與所有權相聯繫的繼續管理權，不再對已出口的商品實施控制，同時與交易相關的加工費收入已轉入企業，相關的收入和成本已能夠可靠地計量。
其次，對內外加工業務收入應分別核算。目前，企業為了適應市場經濟的發展，往往採取多種經營方式，可能既做進出口貿易，又做生產、加工業務。這就要求企業要分清業務的主次，主營業務在「營業收入」中核算，而兼營業務則在「其他業務收入」中核算。來料加工企業也有類似問題，比如來料加工企業為了充分利用現有設備，既從事對外加工業務，又搞國內加工，這時就應分別核算對內、對外加工業務。外加工費收入免徵增值稅，而內加工費收入則要徵稅，如果劃分不清，就不能享受免稅待遇。另外，企業出售廢料的收入，應在「營業外收入」中核算，因為它與生產經營無直接關係。
第三，境外委託方代支的費用應如實計入收入。目前，國內來料加工企業加工費收入定得普遍較低，境外委託方往往與國內來料加工企業籤訂某些協議，代支部分費用（如廠租、報關費等大額支出），例如某製衣廠，1997、1998年兩年虧損總額高達899萬元，其中1998年的加工費收入為72萬元，費用成本總額為445萬元，收入僅佔費用的16％，而僅工資一項開支就達312萬元。該廠付出312萬元的工資卻只取得72萬元的收入，且該廠成立10年來，一直處於這種狀況，卻能經營下去。究其原因，原來境外委託方經常付給該廠現金（是人民幣而非外匯）以供日常開支，這部分現金則掛在「其他應付款」帳上，而不在收入科目中反映，這就變相轉移了企業加工費收入，從而轉移利潤，減少應納稅所得額，同時由於加工費收入過低，也減少了國家外匯收入。對於外商代支的此類費用可理解為價外補貼收入，應併入應納稅所得額計算繳納企業所得稅。
（二）費用的核算
首先，費用核算應細化。一般地，大的來料加工企業可將費用分為「製造費用」和「管理費用」，用於生產方面的費用計入「製造費用」，用於辦公管理方面的費用計入「管理費用」，而對於小的來料加工企業來講，也可將所有費用都計入「管理費用」。對於出口方面的費用，如監管費、商檢費、衛檢費、打單費、場檢費、招待費、補助費等，大部分企業都把它們放入「報關費」。其實，這樣做不利於企業進行財務分析，最好的辦法是分項單列。比如說，有的來料加工企業每月報關費有幾十萬元，但具體是什麼開支卻不清楚，而分開列記就不存在上述問題。同時，衛檢費、場檢費等是按車次收取的，監管費、商檢費是按材料價值來計算的，如果實際支出金額偏差較大，就可檢查是否有不正常開支，從而促進企業做好財務分析。
其次，購進原材料和輔料的進項稅額不能抵扣，而應單獨核算並計入成本費用。來料加工企業主要原材料和大部分輔料是通過海關進口的，也有小部分輔料是從國內採購的。在國內採購的材料，即使取得增值稅專用發票，其進項稅額也不能抵扣，而只能計入成本費用。這是因為，按照現行稅收政策，來料加工復出口的貨物，一律實行「出口免稅」管理辦法，即進項稅額（包括進口料件和國產料件的進項稅額）不予抵扣，最後生產加工環節不徵稅，出口也不退稅。這與進料加工貿易不同，進料加工企業使用的國產料件可辦理出口退稅（必須取得增值稅專用發票）。因此，對從事來料加工復出口業務的出口企業，為生產或加工復出口的免稅貨物而購進的已稅原材料、輔料等，其進項稅額不能抵扣和辦理退稅，而應單獨核算並轉入來料加工經營成本中。若不能單獨核算應稅和非應稅項目的進項稅額的，按銷售比例分攤其耗用原材料的進項稅額。
二、來料加工企業的稅收優惠
根據《出口貨物退（免）稅管理辦法》的規定，出口企業以「來料加工」貿易方式免稅進口原材料、零部件後，憑海關核籤的來料加工進口貨物報關單和來料加工登記手冊向主管其出口退稅的稅務機關辦理「來料加工免稅證明」，持此證明向主管其徵稅的稅務機關申報辦理免徵其加工或委託加工貨物及其工繳費的增值稅、消費稅。貨物出口後，出口企業應憑來料加工出口報關單和海關已核銷的來料加工登記手冊、收匯憑證向主管出口退稅的稅務機關辦理核銷手續，對逾期未核銷的，主管出口退稅的稅務機關將會同海關和主管徵稅的稅務機關及時予以補稅和處罰。
從以上規定我們知道，承接來料加工業務的出口企業在料件進口後，可憑海關核籤的來料加工進口報關單和來料加工登記手冊向主管其出口退稅的稅務機關辦理「來料加工免稅證明」，而無須等來料加工手冊核銷後再辦理「來料加工免稅證明」。
來料加工企業辦理免稅證明須報送的資料有：加工貿易業務合同批准證、對外加工裝配合同、進口料件申請備案清單、出口成品申請備案清單、出口製成品及對應進口料消耗備案清單、合同基本情況（含封面）、稅務登記副本複印件、申請免稅報告、上一批貨物的合同銷案申請表。
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