《壇經》中記載，慧能曾對弟子懷讓預言過說，日後你門下要出一個馬狗子,踏殺(度化)天下人。於是大唐開元年間，懷讓去找馬祖。
馬祖天生有異相,「牛行虎視,引舌過鼻,足下有二輪文」,這樣位傲視群雄的人物出家之後,自以為得了正法,於唐開元年間住在傳法院中終日靜坐。南嶽懷讓知道他是個人才,就前去度他。懷讓找到馬祖後,便問:「你大德坐在這兒幹什麼?」馬祖並不出坐,只是淡淡地答:「圖個做佛。」懷讓知道直入點化沒希望,就在庵前找塊磚磨起來。開始馬祖並不理會,時間長了,馬祖耐不住問懷讓「你磨這塊破磚做什麼?」懷讓答道:「做鏡子!」馬祖覺得很可笑,說「磨磚怎麼能做出了鏡子呢?懷讓抓住話頭反問道:「那你打坐又怎能做出佛呢?」
馬祖知道面前是個異人,便起身向懷讓請教。懷讓問「要是馬車不走了,你是打馬呢;還是打車?」道一茫然不知所措。懷讓繼續點拔道:「你是學坐禪,還是學坐佛?如果是坐禪,禪本非坐臥;如果學坐佛,佛也沒有固定的相狀。對於本無所住的事物不應生起執著之心。你執著於佛就是殺佛,你執著於坐禪就不能通達大道!」
道一聽了心地一片清明,從此悟入了佛道。之後南宗禪在馬祖手中大盛是中唐到晚唐間的事,這時唐王朝中央權力衰落,馬祖得到藩邦首領的支持,在江西一帶大興禪法。關於禪法機要,馬祖曾言:「若欲直會其道,平常心是道。謂平常心無造作,無是非,無取捨,無斷常,無凡無聖。……只如今行住坐臥,應機接物儘是道。」慧能禪中尚強調心地不染不著,馬祖進一步發展這種思想,乾脆向學人指出:萬事萬物無時無刻不在道中,只是你自己心不平常,偏要思聖思凡,自己不肯安心罷了。
關於這一點馬祖的門人大珠慧海有十分精採的詮釋。有人問慧海:「和尚你修道不需用功嗎?」慧海說:「當然用功。」那人問:「怎麼用功呢?」慧海答道:「飢來吃飯,困來即眠。」那人又問:「一切人都是這樣的,和尚你與他們有什麼不同麼?」慧海答道:「當然不同。他們吃飯時不肯吃飯,百般挑撿;睡覺時不肯睡覺,千般計較,所以不同。
要眠即眠,要坐即坐,抽象的佛性與現實人生完全打成一片,馬祖發揮了慧能禪中以人心定佛性的傾向,進一步把佛變成了直接面對的人,抹卻了一切造作的過程,其中意趣確非後世玩弄玄虛者可比。道如此平常,是因為一切法本出自人心自性,離此別無他門。馬祖對弟子們說:「人的自性本來具足了道,只要在善事惡事兩個方面都不粘滯,即是修道之人。如果取善棄惡,用心觀空禪定息念,就是造作,如果向外追求,那就離道更遠了。」可見自性不但本來清淨,而且是具備一切功能性的。生死涅槃都是自性的變現。這裡馬祖發揚了《楞伽經》中「心生即是種種法生,心滅即是種種法滅」的思想。
既然心本一切具足,又何必到處求仙求道呢?當有人問「什麼是解脫」時,慧海答道:「本自無縛不用求解,直用直行,就是大道。」直心是道場,遠離一切虛偽造作,如流水不爭先,與此相違就是生死輪迴,慧海又說,「求大涅槃,是生死業;舍垢取淨,是生死業;有得有證,是生死業;不脫對治門,是生死業。」用事物的一面去對付另一面,反倒是輾轉不休,沒有盡頭。
馬祖的另一得意弟子說得更絕,一次,僧人分粥時,馬祖問:「桶裡裝的是什麼?」南泉普願老實不客氣地搶白道:「這老頭快閉上嘴,說出這種話!」在馬祖的禪法中,人人都是神通妙用具足的佛,只要處處自在即可。慧海初參馬祖時,馬祖對他說:「我這裡什麼都沒有,你來求什麼佛法呢?自家寶藏你置之不顧,離家出走又是為什麼?」
慧海並不明白,問:「什麼是自家寶藏」?馬祖道:「現在問我的就是你自家寶藏，它一切具足,沒有短少,使用自在,哪裡需要向外追尋呢?」馬祖的意思是說學人的煩惱、求道之心都是自性在起作用,如果沒有自性,又哪來這些東西呢?
即心即佛,心佛不二,佛迷惑就是眾生,眾生解脫就是佛,這些是馬祖門下常傳不衰的法門。現實的人生才是佛的妙用。整天想成佛作祖卻是障佛的因緣。如果執著外相那更絕對不行。
丹霞禪師的燒佛之舉直至如今仍發人深省。一次,丹霞禪師與道友在禪院中參禪,天氣十分寒冷,丹霞便順手搬了一座木佛燒火取暖,院主大驚,問丹霞為什麼要燒佛。丹霞答道:「燒了收取捨利。」院主怒道:「木佛哪有舍利呢?」丹霞順勢說:「既然沒有舍利,何妨再取兩個來燒!」院主氣的上前撲火,卻被火燎了眉毛。偶像崇拜本是人類遠古以來的習俗,人們直至如今仍是破了一種又立一種,看了這則公案不知作何感想？
馬祖從現實人生入手闡明自家寶藏後,又毫不掩飾地對學人指出這也不過是一種臨時接度眾生的方便手段而已。即心即佛就象用黃葉哄小孩,哄好之後則是「非心非佛」。自性寶藏遠離二邊,又哪裡一心要肯定自我呢?馬祖的教育法真可謂運轉自如。
馬祖的教育法亦很寬廣,按宋僧宗杲的說法,禪宗法性要寬一些,不可過弄玄虛,務必要當下把學人的妄念打消才好。馬祖的教育法也是如此,有時到了一招定乾坤的地步。水潦和尚問馬祖:「如何是祖師西來意?」話音未了,馬祖已當胸一腳把他踏倒在地,水潦大悟,起來拍掌呵呵大笑說:「也大奇,也大奇,百千三昧,無量妙義,只向一毛頭上,一時識得根源去。」後來又常對學人說:「自從一吃馬祖一踏，直至如今笑不休。看來馬祖這一腳把水潦和尚踏到了返觀自性的地步。
又如汾州和尚精通教義經論,一日來問馬祖:「三乘教理十二部經典我已粗略懂得,不知禪宗是什麼意旨?」馬祖於是回頭看了看說:「這兒人多,你暫且回去吧。」汾州和尚返身出門,舉腳剛踏門檻,馬祖在後面喚道:「座主!」汾州回頭答「是」。馬祖問:「是什麼?」汾州當場悟道。汾州下意識地回頭正是自性起作用的空靈之時,馬祖又當場叫破,真是不容汾州不悟。後世禪宗亦常有人以此對學人弄玄虛,但畢竟是東施效顰了。
馬祖的門人石鞏慧藏也很厲害,呼去喚來之術的在他手中應用自如。一次石鞏問師兄西堂和尚:「你知道怎樣捉住虛空嗎?」「知道。」西堂滿口應承。「你怎麼捉?西堂便伸手做出抓虛空的樣子。石鞏笑道:「這樣怎麼能捉住虛空呢?」西堂問:「那你怎麼捉住虛空呢?石鞏一把抓住西堂的鼻子猛擰,西堂痛得大叫,石鞏說:「要這樣捉才行!」空即是色,,石鞏的做法反映了馬祖禪法求實的一面。
馬祖在洪州一帶(今江西境內)大傳禪宗頓修教法,一面顯示根本空義,一面顯示自性作用,當時被呼為「洪州禪」,與荷澤禪、牛頭禪成鼎足之勢。馬祖的禪法傳至百丈懷海後,又出了黃檗希運、溈山靈祐、臨濟義玄等傑出禪師,分化為偽仰宗和臨濟宗兩個派別,與行思系分化出的曹洞宗、雲門宗、法眼宗一起並稱「五宗」。