量子力學有個「不確定性」原理，這是自然規律設置的，關於測量精度的上限，與測量儀器無關，大體含義是，如果你測量一個系統，就必然會干擾這個系統，從而造成測量結果的「不準確」，」亦即當你觀測它時，它的狀態就被改變從而造成觀測結果的不準確。一切都是「觀測結果」。
在科學史上，還沒有任何一個理論比量子力學帶來的哲學困惑更基本，也沒有任何一個理論像量子力學那樣，從其誕生之日起一直到有了驚人應用前景的今天，還伴隨著激烈的哲學爭論。
相對於人類而言，樸素的實在論是與人的日常生活相符合的很自然的態度，就像動物的本能一樣。但是在科學中，科學家通常與超出日常生活之外的現象打交道，需要藉助特定的抽象理論才能達到對所觀察到的現象的說明。是理論拯救了現象，而不是從現象中歸納出理論。這樣，客觀性問題就變的複雜起來，現象背後是否存在一個不依賴於觀察者的客觀世界，就成為一個無法逃避的問題。
量子力學誕生前，科學家有兩個共同的基本信念：一是相信自然現象的發生都是有原因的，有規律可循的。相同的實驗條件必然得到相同的實驗結果，既決定論的因果性觀念；一是相信科學理論都是對現象背後的客觀世界的規律的解釋，科學的目標在於掌握規律，作出預言。然而量子力學一開始就從根本意義上對這兩種信念提出了挑戰。正如波恩所說「從我們的量子力學的觀點來看，在任何一個個別的情形裡，都沒有一個量能夠用來確定碰撞的結果；不過迄今為止我們在實驗上也沒有理由相信，原子會具有某種內部特性，能夠要求碰撞有一個確定的結果......我自己傾向於在原子世界裡放棄決定論。但是這是一個哲學問題，只靠物理學的論證是不能決定的。」
如果物理學家完全接受量子力學波函數的概率解釋，那麼就意味著降低了科學的預言能力，「而是像算命先生一樣，只能說一些模稜兩可的話，從而使科學變成一項追求不確定性的一項事業。」另一方面，如果我們認為量子力學真實的描述了現象背後的世界，那麼那個神秘的世界確實讓人難於想像。反之，如果認為量子力學沒有描述現象背後的世界，那麼就顛覆了科學家長期信奉的科學研究傳統，這正是量子力學帶來的哲學困惑之一。
另一個困惑是由量子測量導致的。測量的結果概率是一個數學量而不是一個物理量，是主體與客體通過測量相互作用的一個綜合結果，量子力學是研究主體與被研究客體之間相互關係與作用的規律。量子測量中，主體與客體的分界線變得模糊不清了，量子力學不再是客觀的，還包含主觀的因素。「量子力學的建立，是以放棄對於物理現象的客觀處理，亦以放棄我們唯一的區分觀測者與被觀測者的能力為代價的」
量子力學告訴我們，僅憑日常生活經驗我們無法理解我們根本無法體驗的微觀世界的，量子世界在本質上是隨機的，也是整體的，微觀粒子是抽象空間的存在，它的演化遵循的是統計因果性的規律。與此同時，量子力學還似乎告訴我們，物質的實在性存在於觀察中，不存在一個與我們的精神世界並行的客觀獨立的物質世界。我們所描述的物質世界是依賴於我們的精神世界而存在的，量子之間呈現的超距同謀是個體生命意識活動的綜合反映，世界的實在性紮根於個體生命中的感受和理解中。