從1923年到1928年秦仁昌調查了江蘇南京附近、浙江南部、安徽南部、湖北西部、青海、甘肅、內蒙古、廣西及廣東等地的植物，實地考察和採集了大量標本，探索蕨類植物的特性與生長條件，並對標本進行鑑定。1932年回國後任靜生生物調查所研究員兼標本室主任期間，他將從國外收集的資料綜合整理，結合自己採的標本資料，修定了他１９３０年編寫的《中國蕨類植物志初稿》。此志是中國人研究蕨類植物最早的兩本專著之一，是第一部比較完整的中國蕨類植物專著，被永久保存在中國科學院植物研究所圖書館供國內外學者參考。1934年他被胡先驌教授派去江西廬山創建森林植物園，任植物園主任，他在短短的時間內就引種栽培了國內外植物7000多種，並完成了約30萬字的《中國與印度及其鄰邦產鱗毛蕨屬之正誤研究》一文，第一次清晰地闡明了這群植物的發育系統和親緣關係，這篇專著中頗為新穎的見解立即引起了各國蕨類植物學家的重視，也為他日後在世界性研究上取得更大的成就打下了基礎。
1954年，他發表了《中國蕨類科屬名詞及分類系甕，其勢戈裡逐潮系統為當時全國各大標本室所採用。
在年輕同志的協助下,他主編的《中國植物志》於1959年首先出版，它是這部多卷本歷史性巨著的第一本。1978年他又發表了《中國蕨類植物科屬的系統排列和歷史來源多一文。該系統已為全國植物學界和各地方各單位標本室所採用，全國植物志和卜多個省市的地方植物志也均採用這個系統。
他翻譯了約77萬字的《植物學拉丁文》一書，為我國植物分類217學工作者提供了二本不可缺少的工具書，並編譯了(現代科技僻典》和《大不列顛百科全書》中的植物學部分，組織和審改了《氣韋氏大辭典》植物學部分的譯稿。
他編寫的《中國高等植物圖鑑護中的杜鵑花科部分在美國已被譯為英文本······
六十多年來秦仁昌共發表論文及各種文章180多篇，出版專著和翻譯書籍15本。1989年他被授予中國科學院自然科學獎一等獎，1993年又榮獲國家自然科學一等獎。
秦仁昌除了培養林業和植物學人才外，現在全國各地從多蕨類植物學工作者無一不是在他直接或間接指導下成長起來的。他元門戶之見，對任何專業、非專業、荏至對反對他的人都二視同仁，有求必應，熱心地在各方面給予幫助。
已故美國蕨類學權威科潑蘭特1977年在其巨著《真蕨屬志)一書的序言中曾說：「在極端困難的條件下，秦仁昌不知疲乏地為中國在科學的進步中，贏得了一個新的地位。」1988年，在紀念秦仁昌誕辰90周年大會上，國際蕨類學家主席E.亨尼普受教授說"秦仁昌不僅是中國蕨類學之父，也是世界蕨類學之父。」(見(中國現代科學家傳記》第三集，第442頁)。秦仁昌為祖國爭得了榮譽，為中國和世界的植物學發展立下了不朽的功勳。
在殿堂和田壟之間,秦老先生選擇了後者,腳踏泥濘,俯首躬行,在荊棘和苦難中拓荒。秦老先生一生淡泊名利，在細碎的時光中以飽滿的熱情投入工作，以奮鬥的精神擁抱生活。
虛懷若谷，不忘初心。
秦老先生會被永遠銘記於雲大學子心中，
激勵雲大學子們找到屬於自己的精彩。