搞定轉錄組入門分析？必備技能看這裡

2020-08-28 華大基因學院

隨著高通量測序技術的迅猛發展，轉錄組分析逐漸發展成為一項基礎的研究方法在生物學個領域得到廣泛的應用。


在轉錄組分析入門的過程中，您是否遇到這樣的問題：看了一篇篇的入門乾貨，依然無從下手；因缺少數據分析的環境，空有一肚子的理論無法實踐；按照教程一步步實踐，可就是無法產生相同的結果；面對種類繁多的數據挖掘工具，應該怎麼選擇？

為了方便大家學習，華大基因學院特推出《轉錄組入門實操專題》課程，本次課程由經驗豐富的一線講師坐鎮，理論知識與上機實操雙管齊下，從零基礎到實戰，手把手帶您掌握轉錄組入門實操。


時間：2020年4月24日-28日

培訓地點：遠程在線

註：可回放


一、培 訓 對 象

生物信息入門階段的學員

有轉錄組項目的學員


二、授 課 形 式

直播授課 + 社群輔導 + 直播答疑 + 1v1在線指導操作


1次培訓搞定轉錄組入門實操，你想要的都在這裡！


三、課 程 特 色

一站式課程

提供穩定的轉錄組分析環境；

系統的講解從測序下機數據開始直到數據挖掘的整個過程及所使用的最優軟體；


一流的講師

依據豐富的項目實踐經驗，為您講解轉錄組項目設計過程考慮的關鍵問題、操作過程中常見的錯誤及解決方案


全方位課程輔導

課前：提供社群輔導；

課間：在直播間為您答疑；

課後：設置專門的操作練習時間並配助教實時答疑；


專屬課程福利

提供華大內部自編上機實操手冊

贈送3門視頻課程，供課前預習並提供社群輔導

贈送操作所需全部代碼

提供1v1遠程指導，吃透每一個實操步驟


四、課 程 安 排


課前預習

視頻課程+社群輔導

《Linux基礎知識》

《R語言基礎知識》

《二代測序原理》


第1天

《轉錄組基礎及前沿進展》

2020年4月24日（周五） 19:00-21:00

轉錄組測序技術概述

轉錄組項目設計要點（樣本數/測序量/測序讀長/測序平臺）

轉錄基本產品和內容介紹（無參/有參轉錄組/非編碼RNA)

常用資料庫介紹

（NCBI/Ensembl/Genconde/KEGG/GO/Genecards）

新技術與新方向（三代全長轉錄組/高通量單細胞RNA-Seq)


第2天

《轉錄組數據基本分析》

2020年4月25日（周六） 9:30-11:30

測序數據過濾和質控

有參轉錄組序列比對（Hisat2的使用）

基因表達定量（StringTie的使用）

基因差異表達分析（DEseq2的使用）

功能注釋和GO/pathway的分類

富集分析（ClusterProfiler包的使用）

可視化IGV的使用

Excel實戰分析


第2天

在線操作練習及答疑

2020年4月25日（周六） 18:00-20:00

直播答疑，重點擊破實操練習遇到的重難點

1v1遠程指導，吃透每一個實操步驟


第3天

《lncRNA測序數據分析》

2020年4月26日（周日） 9:30-11:30


lnRNA生物學基礎及應用

轉錄本拼接（StringTie的使用）

轉錄本去冗餘（cuffcompare/gffcompare的使用）

lncRNA的鑑定（getorf/CPC2)

lncRNA與mRNA的互作分析

lncRNA與miRNA的互作分析(psRobot的使用）

lncRNA分析實例


第3天

在線操作練習及答疑

2020年4月26日（周六） 19:00-21:00

直播答疑，重點擊破實操練習遇到的重難點

1v1遠程指導，吃透每一個實操步驟


第4天

《miRNA測序數據分析》

2020年4月27日（周六） 9:30-11:30

miRAN生物學基礎及應用

miRNA測序數據分析過程

miRNA的定向和定量（bowtie比對/balst比對）

miRNA的差異分析（DEGseq/DEseq2的使用)

miRNA靶基因預測
(psRNAtarget/TargetScan/mirnada/RNAhybrid的使用)

miRNA功能分析

miRNA-mRNA關聯分析

cytoscape軟體的使用


第4天

在線操作練習及答疑

2020年4月27日（周日） 19:00-21:00

直播答疑，重點擊破實操練習遇到的重難點

1v1遠程指導，吃透每一個實操步驟


第5天

《轉錄數據深度挖掘》

2020年4月28日（周二） 15:00-17:00

WGCNA共表達分析

GSEA富集分析

時間序列分析

轉錄因子分析


五、講 師 介 紹

註：講師按照姓氏首字母排序

孫 海 汐

華大生物信息副研究員，中國科學院遺傳與發育生物學研究所博士，美國洛克菲勒大學進行博士後。深圳市海外高層次人才」和「深圳市鹽田區高層次人才。主要從事長鏈非編碼RNA的功能研究，發表SCI研究論文11篇，累計影響因子84，引用500餘次，發表生物信息方法學著作1章，申請專利2項、軟著3項。

謝 洪 青

華大科技資深信息分析工程師，2011年加入華大，目前就職於華大基因科技服務有限公司數據交付部門，主要從事小RNA和重測序項目的開發和交付工作。有豐富的數據分析經驗和項目經驗。

徐 婧

華大科技資深信息分析工程師，具有豐富的轉錄組項目經驗，多年從事生物信息分析。對轉錄組研究的數據挖掘，工具和軟體的使用，項目設計，數據解讀，文章撰寫的思路有深入的了解。多次協助客戶發表高分文章。

袁 永 嫻

高級研發經理，畢業於香港中文大學，2011年加入華大，目前就職於華大股份科技服務研發部，從事轉錄組與單細胞產品的研發工作，主要研究方向為：基因表達定量、轉錄本結構鑑定、細胞分群、調控網絡構建等，發表過多篇sci文章，有豐富的數據分析經驗和項目經驗。


六、報 名 方 式：詳見華大基因學院

相關焦點

  • 高級轉錄組調控分析和R語言數據可視化第十三期 (線上開課)
    常規轉錄組是我們最常接觸到的一種高通量測序數據類型，其實驗方法成熟，花費較低，是大部分CNS必備的技術，現在就如做個PCR一樣常見。而且分析思路簡潔清晰，是入門生信，學習生信分析思路和數據可視化的首選。數據分析是相通的，通過一個簡單的課程理解其中的原理，就可以推而廣之，延伸到其它類型的數據分析，如擴增子、宏基因組、單細胞等。
  • 轉錄組測序入門知識(上篇)
    轉錄組測序作為目前研究基因轉錄和表達最常規有效的組學工具，已經廣泛被科研人員使用。但是作為初學者來說，對於轉錄組相關的很多名詞和術語,取樣與保存，實驗設計，數據分析與解讀，文章撰寫等方面都會存在一定程度上的疑問。美格基因，為此特意開設轉錄組測序專題，每期一篇乾貨，方便各位小新萌能快速掌握和運用這項技術，記得密切關注我們官方微信公眾號！
  • 轉錄組專題-可變剪接
    其中內含子在基因轉錄成mRNA前體後會被RNA剪接體移除，剩下的外顯子才是能夠存在於成熟mRNA（之後再進一步轉譯成蛋白質）的片段。一條未經剪接的RNA，含有的多種外顯子被剪成的不同組合，可轉譯出不同的蛋白質。
  • 網課《腦神經的空間轉錄組分析》回放
    翻成中文，就是《人類背外側前額葉皮層轉錄組規模的空間基因表達》DDID49，是ASC102數據集裡剩下的49個基因，這裡面主要是神經發育延遲的基因。 DE是一組在自閉症患者中有差異表達的基因，DE這兩個字母是differentially expressed的首字母縮寫。DE.Up是其中表達升高的子集，DE.Down則是其中表達下降的子集。
  • 給你的轉錄組分析加點料!文章升華利器!
    其實轉錄組數據裡還有很多值得深挖的信息，下面我們就用兩篇發表在《Journal of Experimental Botany》和《The Plant Journal》上的文章來探討下如何通過高階的分析手段來提高文章檔次（文末提供分析方法教學）。
  • 蛋白質組學文獻數據分析全流程復現二選一(組建學習小組)
    轉錄組、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、編程實戰、還有已經在更新中的Hi-C…都非常成功，培養了非常多的技能樹優秀小夥伴，形成了華語圈最大的生物信息學交流社群，而且這些組學實戰，我都錄製了完整視頻在B站免費發布供十萬人學習：雖然作為全網第一的全棧生信工程師，我的技能已經足夠齊全，但也有照顧不到的地方，一直在尋找能傳承我理念的小夥伴舉起大旗，再創輝煌
  • 希望組正式推出納米孔單細胞全長轉錄組測序分析服務
    作為國內三代測序服務的引領者，希望組在三代測序技術領域深耕多年，將長讀長與單細胞測序技術結合，開發出了完整的納米孔單細胞全長轉錄組實驗分析流程，打破用三代測序單細胞全長轉錄組建庫起始量高的技術壁壘，並於近日正式推出納米孔單細胞全長轉錄組測序分析服務。
  • 【線上直播】轉錄組+基因家族,一次全搞定
    我們結合多年項目經驗及培訓經驗，已經成功舉辦了十一期「植物轉錄組學與數據可視化」培訓班，深受學員好評！本期培訓內容涵蓋轉錄組方案設計、標準分析、個性化數據挖掘、文章思路、基因家族分析等，從取樣到文章數據整理，手把手帶你解讀測序公司分析結果、理清個性化分析方案思路、學會個性化分析工具。
  • 基於RNA-seq的銀線草轉錄組分析
    本研究利用RNA-seq進行銀線草轉錄組測序分析，以期揭示其轉錄組信息特徵，為該藥用植物功能基因挖掘、次生代謝途徑解析及調控研究提供基礎數據。2  結果與分析2.1  銀線草轉錄組組裝與質量分析採用IlluminaHiSeqTM 2000 150PE高通量測序平臺對銀線草根莖進行轉錄組測序，共得到68 458 750條raw reads，過濾產生了66 138 234條clean reads，包含6 320 552 293個核苷酸信息
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    3廣東美格基因科技有限公司, 廣州，510000*通訊作者郵箱：hychu@issas.ac.cn摘要：土壤宏轉錄組學是通過製備土壤RNA樣本、RNA測序、以及利用一系列生物信息學方法和平臺搭建來完成土壤微生物組的轉錄過程分析，提供關於基因表達和土壤微生物組功能活性，從而獲得微生物組關鍵代謝差異表徵等信息的一門學科。
  • SPATA:基因集驅動的空間轉錄組分析框架
    SPATA - SPAtial Transcriptomic Analysis : 空間轉錄組分析-提供了一個R函數和交互應用的工具，使空間轉錄數據的分析更容易。SPATA提供易於使用的界面、易於可視化數據的簡單函數，也為有經驗的R用戶提供的更複雜的和自由的函數。
  • 視頻:10x Visium空間轉錄組分析思路
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  • 轉錄組研究新利器:ONT直接RNA測序,鹼基修飾、轉錄異構體一網打盡!
    長讀長cDNA測序方法能夠產生跨越整個異構體的全長轉錄本序列，從而去除或大幅度減少模糊定位，並改進差異異構表達的分析結果。然而，以上方法依賴於cDNA的合成及PCR擴增，去除了天然RNA的鹼基修飾信息，並且只能粗略地估計多聚腺苷酸(poly(A))尾長。
  • 轉錄組學+iTRAQ蛋白質組學揭示乾旱條件下木薯的轉錄後調控機理
    通過轉錄組測序技術和iTRAQ標記定量蛋白質組學聯合研究，在木薯葉片和根中分別鑑定出1242/715個差異表達基因（DEGs）和237/307個差異表達蛋白（DEPs）。本研究作為木薯轉錄組學和蛋白質組學分析的首次研究，為乾旱脅迫下木薯的轉錄後調控提供了新的方向。棕色箭頭和藍色箭頭分別代表上調和下調的DEGs/DEPs。
  • 轉錄組和代謝組解析風信子變色分子機制
    這個遊戲非常簡單，你負責養蛙，蛙負責去看世界……周圍的同事紛紛領養並起了萌萌噠名字，如萌寶、大寶、豆豆……，呃~呃~，萌了小編一臉。好不啦，作為漢子的小編，誓死也要捍衛漢子的尊嚴，打死也不養。哈哈哈……，最後的最後……小編還是忍不住偷偷瞅了萌寶的日常。不看不打緊，一看有發現：安靜讀書的蛙寶氣質咋這麼符合小編呢?因為小編也是安靜學習的美女紙呢，啊哈，不信？
  • 全轉錄組後期驗證之mRNA篇
    目前公認的最常用也是最好用驗證方法沒有之一，堪稱教科書式的分析流程，和轉錄組學研究已是標配。提取組織或細胞中的總RNA,以其中的mRNA作為模板，採用Oligo(dT)或隨機引物利用逆轉錄酶反轉錄成cDNA。
  • 項目文章 | 轉錄組學+iTRAQ蛋白質組學揭示乾旱條件下木薯的轉錄後調控機理
    本研究作為木薯轉錄組學和蛋白質組學分析的首次研究，為乾旱脅迫下木薯的轉錄後調控提供了新的方向。與轉錄組分析的結果相似，在葉和根樣本中變化相同的差異蛋白極少（圖1B），說明乾旱脅迫對葉和根中的不同功能途徑起作用。這些結果在蛋白質組水平上提供了乾旱脅迫對木薯功能途徑影響解析。
  • 走進組蛋白乙醯化,解析轉錄因子與DNA轉錄的關係
    分析的文章題目為：Egr-1 and RNA POL II facilitate glioma cell GDNF transcription induced by histone hyperacetylation in promoter II（回復170515下載文獻）本文作者首先提出一個假設，組蛋白H3k9在GDNF
  • (偽)從零開始學轉錄組(7):差異基因表達分析
    基本任務是得到差異分析結果，進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。目錄原先三個樣本的HTSeq-count計數的數據可以在我的GitHub中找到，但是前面已經說過Jimmy失誤讓我們分析的人類就只有3個樣本， 另外一個樣本需要從另一批數據獲取（請注意batch effect)，所以不能保證每一組都有兩個重複。
  • 科研人員開發出基於深度學習的單細胞轉錄組分析模型
    單細胞轉錄組作為單個細胞的特徵，可更加精確地定義細胞的類型。常規的基於單細胞轉錄組的分類方法首先是進行無監督的聚類，然後根據每個集群（Cluster）特異表達的細胞標記基因來對集群進行標註。雖然基於無監督的分類方法更容易發現新細胞類型，但是人工標註的過程費時費力。