【線上直播】轉錄組+基因家族,一次全搞定

2021-02-06 植物研究進展

編者按：PlantTech最新一期「植物轉錄組學與數據可視化」培訓班將於12月14日-18日開班啦！

我們結合多年項目經驗及培訓經驗，已經成功舉辦了十一期「植物轉錄組學與數據可視化」培訓班，深受學員好評！本期培訓內容涵蓋轉錄組方案設計、標準分析、個性化數據挖掘、文章思路、基因家族分析等，從取樣到文章數據整理，手把手帶你解讀測序公司分析結果、理清個性化分析方案思路、學會個性化分析工具。

p.s:本期新增轉錄組數據一鍵分析內容，附贈代碼。

亮點一：專注於植物領域，所有方法、工具和案例等均針對植物研究

亮點二：講師團隊來自於中科院、中國農大博士，專注於生物信息在植物領域的應用10年以上，具有豐富的項目經驗和培訓經驗

亮點三：專用真實項目數據學習，有別於其它培訓班使用demo數據或醫學數據

亮點四：線上直播模式，可看課程回放，一年內可反覆學習；為保證學習效果，小班授課，開課前郵寄課程資料（U盤），增加1對1交流環節。

【培訓時間】：2020年12月14日~18日
【培訓方式】：線上直播
【報  名 費】：4000元/人，可開發票
【優惠信息】：12月6日前報名贈送「植物群體遺傳學」線上課程！
【支付方式】：微信、支付寶、銀行轉帳等

長按下方圖片，識別二維碼報名！

小班授課（15人），名額有限，預報從速

諮詢電話/微信：17610819660(小p)
諮詢郵箱：shiyy@planttech.com.cn

目標：學習轉錄組研究的理論知識，包括轉錄組前沿研究進展、項目方案設及文章思路；通過學習PlantTech專為生信零基礎學員而開發的Linux、Perl語言入門課程，為後續分析打基礎。

目標：學習轉錄組標準分析結題報告內容，並完成從測序數據到結題報告的全部分析實踐。包括數據質控、序列比對、表達定量、樣品間關係分析、差異基因鑑定、差異基因功能注釋和富集等。

目標：結合文章思路，定製好個性化挖掘思路，學習個性化分析工具並實踐。包括表達聚類分析（層次聚類、K-means聚類），韋恩圖、PCA圖和各種熱圖繪製，蛋白互作網絡分析，植物激素和轉錄因子分析等。

內容集錦：轉錄因子分析

目標：結合實驗設計，利用基因共表達分析（WGCNA），進一步篩選與表型相關的關鍵GO term、通路和基因，並通過mapman、cytoscape和circos等繪圖工具對分析結果進展可視化展示，呈現亮點。個性化挖掘部分是基於標準分析結果，進一步分析獲得可直接用於文章寫作的圖表。

內容集錦：差異基因WGCNA分析

內容集錦：差異基因功能富集分析

包括基因家族成員鑑定（已知結構域與未知結構域），染色體定位分析，基因結構可視化，進化樹美化，家族保守結構域分析，基因複製分析及可視化，家族成員表達分析及可視化等內容！

內容集錦：基因結構和motif分析

相關焦點

  • 高級轉錄組調控分析和R語言數據可視化第十三期 (線上開課)
    報名參加線上直播課的老師可在365天內選擇參加同課程的一次線下課 。期待和大家的線上線下相識。常規轉錄組是我們最常接觸到的一種高通量測序數據類型，其實驗方法成熟，花費較低，是大部分CNS必備的技術，現在就如做個PCR一樣常見。而且分析思路簡潔清晰，是入門生信，學習生信分析思路和數據可視化的首選。
  • 基因結構預測新利器-ONT全長轉錄組
    基於三代測序平臺可以直接獲取轉錄本的5ˊ到3ˊ高質量全長序列，無需組裝，一條read即可跨越全長轉錄本，因此通過將read比對基因組就能夠非常容易的確定基因在基因組上的位置和其完整結構，因而非常有利於基因的注釋工作，且準確性較高（參見下圖以水稻一個基因為例）。
  • 基於RNA-seq的銀線草轉錄組分析
    最新研究利用二代高通量測序技術解析銀線草葉綠體基因組，為該植物的系統進化及藥材分子鑑定提供基礎數據[11]。轉錄組測序技術即RNA-seq，是功能基因組研究的一個重要組成部分，能夠在基因組序列未知的前提下，研究特定條件下細胞中所有基因的轉錄本豐度、可變剪接等全局信息，結果準確、分析可靠且重複性較高，有助於從整體水平上揭示生物體生長發育、次生代謝及生理適應的轉錄調控規律[12]。
  • 搞定轉錄組入門分析？必備技能看這裡
    為了方便大家學習，華大基因學院特推出《轉錄組入門實操專題》課程，本次課程由經驗豐富的一線講師坐鎮，理論知識與上機實操雙管齊下，從零基礎到實戰，手把手帶您掌握轉錄組入門實操。二、授 課 形 式直播授課 + 社群輔導 + 直播答疑 + 1v1在線指導操作1次培訓搞定轉錄組入門實操，你想要的都在這裡！
  • 科學家繪製1000種綠色植物的轉錄組圖譜
    科學家繪製1000種綠色植物的轉錄組圖譜 作者：小柯機器人 發布時間：2019/10/25 10:48:13 「千種植物轉錄組計劃」團隊在2019年10月24日的《自然》雜誌在線發表了文章，
  • 給你的轉錄組分析加點料!文章升華利器!
    之前給大家推薦了植物基因家族的分析思路，反響很好，今天還是用文章解讀的方式來剖析轉錄組高階分析思路，希望對大家有所幫助。
  • 顛覆先前的認知,首次系統獲得新冠病毒轉錄組及表觀轉錄組學數據
    冠狀病毒攜帶所有RNA病毒家族中最大的基因組（26–32 kb）。每個病毒轉錄物均具有5'-cap結構和3'poly（A）尾巴。細胞進入後，基因組RNA被翻譯以從兩個開放閱讀框（ORF），產生非結構蛋白（nsps）ORF1a和ORF1b。
  • 研究發現植物新轉錄因子家族PLATZ參與玉米胚乳發育與灌漿
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  • 研究揭示小鼠運動皮層轉錄組細胞類型的表型變異
    研究揭示小鼠運動皮層轉錄組細胞類型的表型變異 作者：小柯機器人 發布時間：2020/11/16 13:56:35 美國貝勒醫學院Andreas S.
  • 轉錄組學+iTRAQ蛋白質組學揭示乾旱條件下木薯的轉錄後調控機理
    通過轉錄組測序技術和iTRAQ標記定量蛋白質組學聯合研究，在木薯葉片和根中分別鑑定出1242/715個差異表達基因（DEGs）和237/307個差異表達蛋白（DEPs）。本研究作為木薯轉錄組學和蛋白質組學分析的首次研究，為乾旱脅迫下木薯的轉錄後調控提供了新的方向。棕色箭頭和藍色箭頭分別代表上調和下調的DEGs/DEPs。
  • 轉錄組測序入門知識(上篇)
    轉錄組測序作為目前研究基因轉錄和表達最常規有效的組學工具，已經廣泛被科研人員使用。但是作為初學者來說，對於轉錄組相關的很多名詞和術語,取樣與保存，實驗設計，數據分析與解讀，文章撰寫等方面都會存在一定程度上的疑問。美格基因，為此特意開設轉錄組測序專題，每期一篇乾貨，方便各位小新萌能快速掌握和運用這項技術，記得密切關注我們官方微信公眾號！
  • 最新基因家族分析文獻解讀(8月26日接收)
    菠蘿基因家族分析文章解讀木薯基因家族分析文章解讀馬鈴薯基因家族分析文章解讀 家蠶基因家族分析7篇文獻解讀180篇2018年最新基因家族文獻免費領取對於第二個問題，我可以負責任地告訴大家，目前基因家族文章不但可以發，而且相對比較好發，分數在1-3分左右，建議做過轉錄組或即將做轉錄組的朋友給與更多關注。
  • SPATA:基因集驅動的空間轉錄組分析框架
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    近日，陸道培醫院分子醫學室開展「白血病少見融合基因及融合基因家族成員分析」項目。該項目用轉錄組測序全面分析血液腫瘤中的致病融合基因，能夠有效分析常見融合基因、融合基因家族和少見、變異型融合基因。
  • Hortic Res | 轉錄組+代謝組助力西瓜果實糖、有機酸基因調控網絡研究
    西瓜果實在10、18、26和34天的總可溶性固形物(Brix %)、pH值、可溶性糖(葡萄糖、蔗糖和果糖)和有機酸(蘋果酸、草酸和檸檬酸)(mg/g FW)對兩個樣本4個發育階段（10,18,26,34DAP）的西瓜果實進行轉錄組分析。相同發育階段不同材料下調基因高於上調基因，相同材料不同發育階段比較上調基因多於下調基因。
  • 項目文章 | 轉錄組學+iTRAQ蛋白質組學揭示乾旱條件下木薯的轉錄後調控機理
    這也表明：在PEG處理的24h內，數千個基因在葉和根的轉錄水平上發生了顯著的變化。2.乾旱條件下木薯葉和根的轉錄組分析隨機選取FPKM>1作為檢測樣本間表達基因的閾值。總共有24276個表達基因（包括分別來自葉和根的20531和22508個基因），相當於木薯基因組注釋基因的74%。
  • 轉錄調控與多組學貫穿圖形解析——調控網絡圖
    從最基礎的「5』~3』隨機性曲線」到比較複雜多組學貫穿圖形，每種圖形都含有其獨一無二的意義。因此了解這些圖形中包含的信息以及繪製方法，對於我們解析RNA-seq以及相關的貫穿組學數據顯得尤為重要。在「轉錄調控與多組學貫穿」圖形專題系列，我們將會選擇轉錄組以及多組學貫穿研究中最有代表性的圖形為素材，與您分享解析這些圖形的繪製方法。
  • 轉錄調控:人源轉錄因子特徵 總結 (截至2018)
    7，Ets：在分子生物學領域，Ets (E26 transformation-specific or E-twenty-six)家族是轉錄因子家族中最大的家族之一，這是動物特有的。人類有29個Ets基因，小鼠有28個，秀麗隱杆線蟲有10個，果蠅有9個。該家族的創始成員被確認為白血病病毒E26轉導的基因。
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    啟動子II區的高度乙醯化，組蛋白H3k9的高度乙醯化顯著增加了Egr1與GDNF啟動子區的結合，以及RNA聚合酶II募集到GDNF啟動子區，從而促進GDNF在膠質瘤細胞中的高轉錄。乙醯化：指將乙醯基轉移到胺基酸側鏈基因上的過程，最常見的是組蛋白乙醯化。如圖Fig1為細胞中DNA與組蛋白存在的形態圖。
  • 全轉錄組後期驗證之mRNA篇
    轉錄組測序是以數學模擬計算表達量，篩選的基因比較多，一定程度上會有誤差，而螢光定量與轉錄組表達是不同的方法，是對特異基因表達量的檢測，特異性相對更高。目前公認的最常用也是最好用驗證方法沒有之一，堪稱教科書式的分析流程，和轉錄組學研究已是標配。提取組織或細胞中的總RNA,以其中的mRNA作為模板，採用Oligo(dT)或隨機引物利用逆轉錄酶反轉錄成cDNA。