中國研發診斷工具可更靈敏地檢測SARS-CoV-2感染

2020-12-12 澎湃新聞

原創 柳葉刀 柳葉刀TheLancet 

「EBioMedicine是柳葉刀旗下的金色開放獲取期刊,致力於發表與疾病發生發展以及治療相關的原創性研究,以期幫助人們理解和健康相關的各個生物醫學領域。柳葉刀微信號特別推出EBioMedicine編輯精選論文合輯,分享給讀者。」

論文精選

1

一種基於CRISPR-Cas12a的特異增強技術,可更靈敏地檢測SARS-CoV-2感染

由嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)引起的新冠肺炎,已經造成全球性大流行。rRT-PCR技術是目前COVID-19分子診斷的金標準,然而, rRT-PCR診斷的準確性經常受到Ct值過高引起的假陽性或者假陰性問題的挑戰。

上海師範大學、中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理研究所、深圳大學醫學院的科學家合作建立了一種基於CRISPR的診斷技術,即PCR擴增核酸特異增強(SENA)技術,並證明SENA的每次反應LoD至少比rRT-PCR少兩個拷貝。

SENA是一種安全、簡單、穩定、快速、低成本的診斷工具,不需要額外的儀器。更重要的是,它可以有效地消除基於PCR的診斷的不確定性問題,因而在COVID-19診斷和許多其他臨床應用中具有巨大的應用潛力。

2

CUP AI Dx:一種利用RNA基因表達數據和人工智慧推斷癌組織來源和分子亞型的工具

未知原發性癌症(CUP)指存在轉移性腫瘤,但是臨床和組織病理學未能發現原發性病變的腫瘤。免疫組化檢測是用來識別腫瘤的細胞角蛋白和有限數量的細胞類型特異性抗原。利用基因表達、DNA甲基化和突變分析來診斷原發性組織的檢測方法提高了針對轉移性腫瘤的檢測能力。然而,這些測試缺乏對重要腫瘤類型分類的代表性,依賴於常規實驗室不常用的專業平臺,並且不能識別已經被泛癌基因組研究識別的腫瘤分子亞型。

美國和澳大利亞的學者設計了一個深度神經網絡模型,利用來自兩個最大的泛癌基因組聯盟癌症基因組圖譜(TCGA)和國際癌症基因組聯合會(ICGC)的32種癌症類型的RNA序列基因表達來識別腫瘤的主要起源。作者還開發了一個機器學習分類器,一旦預測了腫瘤的主要來源,就可以識別11種癌症類型的分子亞型。該分類器可以廣泛應用於具有RNA測序數據的臨床樣本。

3

活疫苗感染負載可引起預防寨卡病毒感染所需的適應性體液和細胞免疫

針對寨卡病毒等黃病毒的疫苗研發喜憂參半,儘管已經確定了許多潛在的候選疫苗。缺乏對疫苗固有屬性的了解限制了其發展,對已經被證明成功的黃熱病減毒活疫苗(YF17D)的研究發現,先天免疫反應的大小以及疫苗負荷持續時長與最終的中和抗體滴度有關。然而,疫苗負載的持續時間是否在功能上決定疫苗的免疫原性和有效性仍有待確定。

來自新加坡國立大學的一項研究強調疫苗負載在開發針對寨卡病毒感染的適應性免疫反應中的關鍵作用。這項研究還表明,一個A129小鼠模型研究說明,成功的寨卡病毒疫苗必須誘導體液免疫和細胞免疫,以達到殺菌免疫和防止寨卡病毒傳播的目的。該研究結果可以指導未來寨卡病毒和其他黃病毒疫苗的開發。

4

綜合多組學研究揭示了人類後代輔助生殖技術的表觀遺傳學風險

輔助生殖技術(assisted reproductive technologies,ART)會引起後代表觀遺傳異常。以往研究主要集中在ART對少量基因或重複元件的表觀遺傳影響。北京大學附屬第三醫院喬傑院士團隊通過系統地分析DNA甲基體、四個全基因組組蛋白修飾和後代的轉錄組,揭示了不同ART程序對表觀基因組產生的獨特的或者普遍的影響。研究表明,ART誘導的表觀遺傳改變傾向於遠離活躍的順式調控元件。而且,ART產生的雙胞胎其DNA甲基體的相似性降低, 證實了後代中DNA甲基組的很大比例的變化可以由他們的父母背景偏差來解釋。同時,作者首次報導了ARTs對四種不同組蛋白修飾(H3K4me3、H3K4me1、H3K27me3和H3K27ac)的全基因組影響。IVF-ET幾乎對兩種組蛋白修飾都沒有幹擾。H3K4me3是ICSI和凍融過程中受影響最大的組蛋白修飾。該研究為了解ART後代長期健康風險研究提供了表觀遺傳學基礎。

5

基於白細胞介素-6和白細胞介素-10比值預測COVID-19的預後

新冠肺炎患者的循環細胞因子水平升高並快速發展為急性呼吸窘迫症候群。都柏林-波士頓評分基於白細胞介素(IL)-6與白細胞介素-10比值隨時間的變化,並確定住院患者存在發生不良結局的風險。愛爾蘭皇家外科學院的科學家評估了該評分及其衍生的IL-6:IL-10的變化,研究顯示其明顯優於單獨使用IL-6的預測能力。細胞因子平衡的改變可預測臨床進展,並可用於指導臨床決策。對預後的預測有助於確定何時升級或降級護理,這是當前新冠肺炎大流行期間有效分配資源的關鍵。

6

高血壓與海馬連接減少和記憶受損有關

高血壓與記憶和認知有關。有報導稱高血壓患者大腦某些區域的結構改變。復旦大學和英國華威大學的科學家在一項由英國生物銀行19507名參與者參與的神經影像學研究證實,高血壓病史與海馬體的功能連通性降低有關,還與顳下皮質、後扣帶回皮質和背外側前額葉皮質有關。海馬功能連接的降低導致前瞻性記憶評分的降低。在很大的收縮壓範圍內,海馬功能連接的降低和記憶障礙之間存在一種分級線性關係。該研究對高血壓的臨床治療具有重要意義。

7

脂毒性對囊性纖維化的作用

囊性纖維化(CF)是一種常染色體隱性遺傳疾病,由CFTR基因突變引起,CFTR基因編碼位於上皮細胞頂端表面的氯離子通道。長期觀察發現CF患者組織缺乏不飽和脂肪酸(UFA). 然而,這種缺陷對疾病病因的影響一直是爭論的焦點。法國瓦捷大學(Universite de Poitiers)學者撰寫綜述討論脂毒性對囊性纖維化的作用。綜述首先強調人們對脂肪酸失調的普遍共識,雖然有些共識來源於明顯矛盾的研究。在第二部分中,作者基於膜生物物理特性的改變(即脂肪中毒),提出了一個統一的機制來解釋這些脂肪酸失調在CF細胞中的潛在影響。最後,本文還討論了脂肪中毒對CF疾病進展的影響以及它如何影響目前治療的療效。END

*中文翻譯僅供參考,一切內容以英文原文為準。

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