反清復明的思想，有幾個方面。
一，民族等級差距。
明朝是由漢人統治的政權，漢人是既得利益民族，別的少數民族以漢族為尊，漢人骨子裡的民族平等思想，讓明朝始終處於一個民族平等的大環境裡。
但是清朝則不一樣，滿清政權的統治給漢人帶來了非常大的衝擊，滿族統治實施「大滿族主義」、「滿族至上」的優先政策，整體滿族八旗子弟，「不農不商不工，坐食漢人膏血」，這種天生高貴優越的民族等級差距，讓習慣了民族平等的漢人無法接受，慢慢地就滋生出了反清復明的思想。
二，從政體和政治優先權上來說。滿族優先於漢族。
滿族入 入關以後為了適應廣闊的統治地域和複雜的統治局面， 主動仿效明制， 在原有滿族入關以前已經建立了以議政王大臣會議為核心， 八旗制度為骨幹政治制度的基礎上， 進一步「參金酌漢」， 不斷進行改革， 制定了一系列相適應的典章制度， 創建了一整套從中央到地方比較完整的統治機構， 形成了以滿族貴族為主體聯合其他民族統治階級的統治體制。
在官制上實行的是滿漢復職制度， 而實際上漢員班列皆在滿員班列之下。清朝實行官缺制度， 不同官缺只能由本族人出任或補授。滿官缺多於漢官缺， 且都是要害部門的重要職位， 漢缺都是次要職位， 嚴禁漢人補滿缺， 且滿人可以補漢缺。
整體政治機構和制度上的滿族優先，使得一部分漢族地主知識分子大為不滿。暗中進行反清復明的活動。
三，圈地、投允和逃人法引起社會動蕩。
1644年大量的滿族人、蒙古人和其他民族的成員進駐北京， 首先面臨的即如何解決這些人的生計問題。為了解決入關者的生計問題和旗兵給養， 滿族貴族入關後圈佔漢人的無主土地和荒地， 作為皇莊、王公勳戚等貴族莊田。
但在實際圈地的過程中， 圈的不僅是無主荒地， 有主荒地也被圈佔了，造成了被圈佔土地的人民流離失所。與此同時， 滿族統治者還實行了「投允」 政策， 強迫漢族農民投充成為滿族貴族的「包衣」， 以增加莊園裡的勞動力。為了防止奴僕逃跑， 清廷又制定了「逃人法」。通過圈地、投允和逃人法， 滿族貴族雖然攫取了大量的土地和勞動力， 但卻深深的激化了滿漢民族之間的矛盾， 使社會秩序動蕩不安。反清復明的思想大有可為。
四、文字獄
清代統治者為防止和鎮壓知識分子和漢人的反抗，從其作品中摘取字句，羅織罪名，構成冤獄。
清朝文字獄貫穿整個清朝250年左右。頂峰時期自順治開始，中經康熙、雍正、乾隆四朝，歷時140餘年。
文人學士在文字中稍露不滿，或皇帝疑惑文字中有譏訕清朝的內容，即興大獄，常常廣事株連。清朝的文字獄保守估計200餘起。除了極少數事出有因外，絕大多數是捕風捉影，純屬冤殺。
文字獄嚴重禁錮了思想，堵塞了言路，阻礙了科學文化的發展，這是封建專制主義日趨腐朽、沒落在思想文化領域內的反映，清朝統治者通過文字獄，強化集權統治，造成了萬馬齊喑的局面。
五、剃頭令
清朝強迫全國人民剃髮易服，留頭不留髮，留髮不留頭。儒家思想根深蒂固的漢族人無法接受，漢民族的文化無法認同剃頭令。漢族人認為「身體髮膚受之父母」，有所損害那是不孝。
而清朝這麼做的原因是為了消弱反抗意識，鞏固清朝統治者的至高地位，因此引起漢族人民的強烈反對與抵抗，結果導致清政府的血腥鎮壓。
六、「滿漢一家親」和賦稅的問題。
清朝統治者入關前為了得到漢族人民的支持，承諾的減輕賦稅，卻因為入關以後戰事不斷，反而還加重了不少。
等到清朝統治漢族後，賦稅問題又浮出水面，成了統治階級和被統治階級之間的主要矛盾。
同樣的，清朝剛入關時，因為民族不平等而提出的「滿漢一家親」也更多的流於形式。直到後來幾個皇帝不斷推行這個政策，才慢慢消除「反清復明」的思想。
七、明朝遺老的影響。
明朝被滅，明朝遺留下來的文人大家無法接受清朝的統治，紛紛隱居起來，不願在清朝出仕為官。他們對明朝的留戀，形成了一股「反清復明」的思想。