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流式細胞儀收集細胞產生的各種電訊號，最終以數字及圖式形式表示。每種訊號（除外前向散射光信號）都包括峰值脈衝信號和面積脈衝信號兩種。峰值脈衝信號指的是脈衝的高度；面積脈衝信號指的是電壓脈衝曲線內區域的大小。
流式細胞儀採集數據及分析（中洪實拍圖）
（一）流式細胞儀的數據參數是指儀器採集的用於分析的信號，包括：
1.前向散射光 FS反映顆粒的大小。
2.側向散射光 SS反映顆粒內部結構複雜程度、表面的光滑程度。
3.螢光 FL反映顆粒被染上螢光部分數量的多少。
（二）雙參數散點圖
雙參數散點圖是一種細胞數與雙測量參數的圖形，縱坐標與橫坐標分別代表被測細胞的兩個測量參數，根據這兩個測量參數，就可確定細胞在雙參數散點圖上的表達位置。
（三）三參數散點圖
散點圖的三維坐標均為參數（散射光或螢光）而非細胞數。
（四）流式細胞儀的多參數分析
流式細胞儀的單參數或多參數分析均是基於選定的目的細胞群進行的，而細胞群的選定與設門（gating）分析技術密切相關。
門設置是指在某一張選定參數的直方圖上根據該圖的細胞群分布選定其中想要分析的特定細胞群，並要求該樣本所有其他參數組合的直方圖只體現這群細胞的分布情況。
根據門的形狀又分為線形門 、矩形門 、圓形門、多邊形門、任意形狀門和十字門。
右圖：Q2-2的數值加Q2-4的數值為總凋亡率，Q2-1區域為機械損傷區域，Q2-2區域為晚期凋亡區域，Q2-3區域為正常活細胞區域，Q2-4區域為早期凋亡區域。
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