1949年9月27日，新中國成立前夕，中國人民政治協商會議第一屆全體會議通過了《中華人民共和國中央人民政府組織法》（以下簡稱「《組織法》」）。《組織法》明確：中華人民共和國是工人階級領導的，以工農聯盟為基礎的，團結各民主階級和國內各民族的人民民主專政的國家；中央人民政府委員會對外代表中華人民共和國，對內領導國家政權。為了適應工作需要，《組織法》在總結新民主主義革命時期我黨秘書工作經驗的基礎上，規定「中央人民政府委員會，由中國人民政治協商會議的全體會議選舉中央人民政府主席一人，副主席六人，委員五十六人，並由中央人民政府委員會互選秘書長一人組成之」；中央人民政府委員會依據中國人民政治協商會議全體會議制定的共同綱領行使任免政務院的總理、副總理，政務委員和秘書長、副秘書長等的職權；中央人民政府副主席和秘書長協助主席執行職務；政務院由中央人民政府委員會任命總理一人，副總理若干人，秘書長一人，政務委員若干人組成之；政務院總理主持政務院全院事宜，政務院副總理和秘書長協助總理執行職務；政務院設秘書廳，辦理日常事務，並管理文書檔案和印鑄等事宜。這些規定從國家層面確立了秘書長的任免辦法和秘書部門的主要工作，為新中國成立後國家的健康運轉奠定了良好的基礎。
1949年12月2日，新中國成立後不久，經政務院第九次政務會議通過，並經中央人民政府委員會第四次會議批准的《政務院及其所屬各機關組織通則》（以下簡稱「《通則》」）頒布。《通則》規定，「各機關得設辦公廳；為分掌業務，得設司或處；廳、司或處以下得設處或科。其工作有半獨立性質者得設局。其工作有特定性質者得設室（如參事室、會計室、資料室）、組（如財經組、文教組）、所（如研究所）或會（如高等教育委員會）」。「各機關的各級負責人，廳及室稱主任，會稱主任委員，司稱司長，局稱局長，組稱組長，所稱所長，處稱處長，科稱科長，必要時均得設副職」。《通則》明確了秘書機構的設置原則和各級秘書機構負責人的職務稱謂，並規定了各級秘書機構負責人的產生辦法，「除各委秘書長、副秘書長及其他同級人員由政務院提請中央人民政府委員會批准任免外，廳主任、司長、局長、處長、室主任與其副職及其他與以上各職同級人員，均由政務院任免之。廳、司、局、處、室以下之處長、室主任、科長與其副職及其他工作人員，由各機關首長任免，並報告政務院備案」。《通則》同時要求，「各委得設秘書長、副秘書長，一般機關均得設秘書」。這是新中國有關秘書工作的明確規定，對秘書機構的設置、秘書人員的配備等進行了頂層設計，對新中國秘書機構體系的構建具有重要的指導意義。實踐證明，《通則》的規定對實際工作起到了極大的推動作用，一些做法沿用至今。
1950年1月6日，政務院第十四次政務會議通過了《省人民政府組織通則》《市人民政府組織通則》《縣人民政府組織通則》。三者對各級人民政府的秘書機構設置及其崗位設置作出規定，除了省、市人民政府委員會設立秘書長等，「縣人民政府委員會設秘書，承縣長之命主持日常事務」。其後，按照要求，各級政府相繼健全並完善秘書機構和秘書人員配備。至此，上至國家，下到地方，均建立健全了秘書機構，並按規定選配秘書人員。
1951年4月21日至5月8日，政務院召開的全國省、市人民政府秘書長會議和政協全國委員會召開的各省、市政協秘書長會議同時在北京召開。會議通過了關於保守國家機密、進一步加強機關內部統一戰線工作、處理群眾來信和接見群眾等建議案。同年6月7日，《關於處理人民來信和接見人民工作的決定》發布。6月8日，《保守國家機密暫行條例》發布。這些與秘書工作相關的文件的發布及其實施，促進了秘書工作的制度化、規範化和科學化。
1951年7月20日，《中央人民政府任免國家機關工作人員暫行條例》經政務院第九十四次政務會議通過，並於同年11月5日由中央人民政府委員會第十三次會議批准頒布。該條例明確了省、市人民政府等各級各類機關秘書長、副秘書長任免權的歸屬。
為了進一步加強對秘書工作的指導，健全和完善相關制度，根據各地區、各部門代表在全國秘書長會議上的報告和發言，並在總結經驗的基礎上，1951年7月26日，政務院頒布《關於各級政府機關秘書長和不設秘書長的辦公廳主任的工作任務和秘書工作機構的決定》。該決定較為全面、詳細地闡明了秘書機構、相關人員的工作任務和工作要求。工作任務具體包括「協助首長綜合情況，研究政策，推行工作」；「協助首長密切各方面的工作聯繫」；「協助首長掌管機關內部統一戰線工作」；「協助首長掌管保密工作」；「掌管機要工作」；「主持日常行政事務（包括公文處理、會議組織、檢查與督促政府決議的執行等事項）」；「掌管機關事務工作（包括機關財務、生活管理、學習、文化娛樂活動等事項；但不設秘書長的機關，如在辦公廳之外專設機構管理機關事務工作者，此項工作可不由辦公廳主任掌管）」。這些工作任務基本涵蓋了秘書的工作內容。
關於秘書隊伍建設，該決定提出，要「大力培養新幹部和提高老幹部的政策、文化水平和工作能力」，對每個秘書工作部門的幹部提出要求：「認清自己的工作是政府工作中很重要的一部分。不僅在口頭上，而且在實際行動中，把個人的工作興趣、個人事業心完全結合於人民事業的整體利益中，堅守崗位，埋頭苦幹。要有『把每件事都能做到底，做到有實際的結果』，『善於成十次地修正，成十次地重做，但是無論如何，要達到自己的目的』（列寧論蘇維埃機關人員應如何工作）的決心和毅力。要養成任勞任怨的工作態度和謙虛、謹慎、細密、切實的工作作風。」這些要求，後來成為黨政秘書的基本工作要求。
關於秘書機構的設置，該決定要求：「應根據精簡原則，盡力減少層次。辦公廳，一般可分設兩層，最多不超過三層。為便利工作，可多設副職，分工領導；省（行署、市）人民政府的辦公廳，尚未專設主任者，得由秘書長或副秘書長兼任，必要時另設專職的副主任。」該決定還指出，「可把秘書業務、研究工作、機關事務管理工作劃分開來」，「儘量減少事務人員，充實業務部門」。
1964年10月1日，中共中央辦公廳發布《關於機要秘書工作的暫行規定》。該規定指出，「機要秘書是機關領導同志的工作助手，機要秘書的工作是機關文書處理工作的一個重要組成部分」。「機要秘書的主要職責是：管理秘密文件和完成領導同志交辦的其他事項，為領導工作服務」。關於機要秘書的選拔標準，要求必須「成份好，政治歷史清白，社會關係單純，政治上絕對可靠，作風正派，身體健康，具有一定工作經驗和一定政治、文化水平」。關於機要秘書的任用，必須「由任用部門嚴格審查，報上級黨委組織部批准」。對機要秘書的基本要求是「立場堅定，忠誠老實；服從組織，遵守紀律；熱愛工作，努力學習；埋頭苦幹，艱苦樸素；細心耐煩，準確迅速；謙虛謹慎，嚴守秘密；堅持原則，執行制度」。該規定同時明確了機要秘書的工作內容、保密制度、組織生活等。該規定中所說的「機要秘書」和現在黨政機關的一般秘書比較接近，並不完全等同於如今所說的機要秘書。