古代中國非常重視一個政權的「正統性」，只有正統王朝才有資格名正言順地統治子民以及徵伐異己，所以，幾乎每個朝代的統治者都信奉「漢賊不兩立，王業不偏安」，以實現天下一統為己任。但是，在歷史上的幾個分裂時期，偏安一隅的王朝是在不在少數，而其中有些政權被後世認定為正統，比如東晉和南宋；有些就不被歷史所承認，比如南明。國史君（國史通論）認為，之所以出現這種區別對待的情況，其原因可能有以下五點：
第一、政治合法性上的區別明朝末年的著名學者王夫之曾經表示， 中國的朝代更迭「可禪，可繼，可革，而不可使夷類間之」，即改朝換代一般都是通過禪讓、繼承、暴力革命三種方式完成，禪讓可以說是所有的開國之君最喜歡的一種方式，因為它最體面。前朝亡國之君禪讓給後朝的新君，就意味著後朝新君可以名正言順地全盤接受前朝的皇位、百官、土地、子民等等所有政治、軍事、文化財產。禪讓是後朝新君的「遮羞布」，所以，曹丕在篡漢之時表示：「堯舜之事，吾知之矣」。通過暴力革命改朝換代的典型就是劉邦在推翻秦朝之後建立了漢朝、朱元璋在推翻元朝之後建立了明朝。通過繼承的方式改朝換代的典型就是南宋了——北宋在「靖康之變」中亡國之後，趙構便以康王的身份稱帝，並聲稱繼承了大宋的江山。歷史上還有東漢光武帝劉秀，蜀漢昭烈帝劉備也都聲稱是繼承了前朝。
而南明雖然在名義上也聲稱是繼承了明朝的統治，但是其合法性上與南宋有很大的區別。南宋的開國之君趙構是北宋亡國之君宋徽宗趙佶的第九子，而在北宋宗室幾乎全部被俘的情況下，趙構就是最有資格繼承皇位的人。而南明的「四帝一監國」中只有弘光帝與明朝大宗有著稍近一些的血緣關係。所以，在政治合法性上，南宋要高於南明，趙構的號召力和向心力自然也要強於南明的「四帝一監國」。
第二、國祚與疆域上的區別後世不把南明認定為正統王朝還有一個重要原因，就是南明的整體國祚實在是太短了。弘光政權僅存在八個月，紹武政權存在僅四十一天，這麼短的國祚，是在無法被稱為是一個朝代。而東晉國祚一百零四年（317年－420年），南宋國祚更是長達一百五十二年之久（1127年－1279年）且中間沒有斷絕。如此大的時間跨度，我們必須認定一個朝代才便於紀年。另外，在統治疆域上，南宋雖然在立國初期依然受到金國的入侵，但整體版圖比較穩定地維護在淮河一線，但南明所有政權的版圖都在急劇縮小，甚至逃亡到了緬甸。只有明鄭時期的統治疆域相對穩定，但也局限於臺灣地區。
第三、敵國的漢化程度上的區別「靖康之變」中，北宋被金國所滅，皇帝、宗室、百官幾乎全部被俘虜北上。而金國的統治民族是迅速崛起的遊牧民族——女真族。在金太祖完顏阿骨打統一女真諸部之前，女真族長期以原始部落的形式存在，它在政治、經濟、文化等諸多方面都出於原始狀態。金國建立之後女真族雖然迅速學習中原文明，但是與達到封建時期文化巔峰的宋朝（陳寅恪先生有言：「華夏民族之文化,歷數千載之演進,造極於趙宋之世」）仍然是天壤之別。在後世認定正統王朝之時，自然將以漢文明為基礎的南宋認定為正統。而清朝立國之後迅速提拔漢族官員，提倡儒家學說，繼續實行科舉考試，籠絡了漢族士大夫階級，逐漸受到了全國百姓的肯定。
第四、前朝被滅後的國內形勢上的區別在之前文章中，國史君（國史通論）曾經分析過，金國在迅速攻克汴京，消滅北宋之後，沒有繼續南下統一中國，就是因為金國的實力不允許啊，北方中原古地尚有此起彼伏的復國運動，南方趙構迅速組織軍隊抵擋金軍。在這種情況下，金國無法過多得在軍事上幹預南宋的建立。
而明朝是亡於李自成的農民起義，李自成倒臺之後後金（即清朝）迅速打起了替明朝復仇的大旗，驅逐農民起義軍。但是此時，明朝的勤王君已經支離破碎，也缺乏強有力的朱明宗室能夠團結一切可以團結的力量共同抵抗後金，所以南明雖然有多個政權，但沒有一個能夠成氣候。
第五、領導班子上的區別宋高宗趙構即位之後雖然長期與金國議和，甚至為了求和而冤殺了嶽飛、解除了韓世忠等人的兵權，但是相形之下，趙構的政治能力還是遠遠強於南明的「四帝一監國」。並且，趙構即位之初雖然經歷了「苗劉兵變」而退位，但這個事件持續的時間只有不到一個月，而趙構的在位時間長達三十六年（隨後又當了二十五年的太上皇），大家知道，在動亂時期，一個國家能夠長君，能有穩定的政局是非常重要的。與此同時，南宋雖然在軍事上長期處於被動狀態，但是它有嶽飛、韓世忠、劉光世、張俊這「中興四將」，同時又有李綱、趙鼎、李光、胡銓這「四大名臣」，這些人都給南宋立國建立了不朽的功勳。但是反觀南明，能拿得出手的似乎只有左良玉，但他卻是飛揚跋扈不聽指揮之人。
綜合上述原因，我們後世承認東晉、南宋等政權，卻始終沒有承認南明的正統性。