公元前2500-1500，人們從關東平原遷到周圍的山地。埃及人建造著屬於那片古老國度的金字塔，中國黃河流域產生第一個中央集權統治，蘇美爾人開始建造最早的中心城市，日本人並未意識到島國之外還有更廣大的天地，他們在大型村落裡從事著簡單原始的農業活動。他們不再打獵、遊牧，而是安定下來，學習運用技術，用華麗的裝飾創造著日益精美的藝術品。陶俑工藝人和動物的形象已清晰可辨，而這些人形的姿勢和表情各異，充滿神秘色彩，令人捉摸不透。
晚期階段（公元前1500-1000年）與末期階段（公元前1000-300年）相當於冰河時代和新時代的交替期。全球氣溫顯著降低（比現在低），人們從山地遷回關東平原。在這點上，繩紋時代的人們信奉同種宗教信仰——他們創造了數量可觀的陶俑，在主要村落之外鑄造「石頭圈」。那個時代的陶俑大多數是女性，暗示著繩紋時代信仰的是女神崇拜的宗教。繩紋文化雖然表現出陶藝製作等新石器時代的特徵，本質上仍是中石器文化，從公元前十一世紀到三世紀不斷興盛發展，最終被來自亞洲大陸的移民者文化所取代。
這種外來文化稱之為「彌生文化」，發源於華北。華北最初是一片氣候溫和、草木茂盛的土地，密布著森林、溪流和瀑布。然而，公元前幾千年，華北面臨著乾涸的危機，出現了大片沙漠和戈壁，許多人遷往東部和南部。這些人湧入朝鮮，取代了當地的土著居民，後來隨著新的遷入者源源不斷的到來，很多人又遷往日本島。因此，許多語言學家認為，華北、朝鮮和日本的語言屬同一語系。由於蒙古語也屬於這個語系，並且蒙古的勢力隨著徵戰擴大至遙遠的西方，意味著從日本到歐洲大片地域範圍內的居民都說日語所屬語系的語言。
該語系的最西部語言是匈牙利人所說的馬扎爾語，最東部的語言則是日語。外來移民者將農業技術、制銅鑄鐵技術帶進日本，也帶進一種全新的宗教（最後發展為神道）。我們不知道移民者如何對待土著居民，有以下幾種可能：被日本人廣泛接受的一種理論認為，彌生時代的移民者數量極少，雖然他們將新技術帶到日本，他們還是無法徹底與繩紋文化融為一體，因此，神道所代表的日本文化，是古代日本土生土長的文化。一些日本人認為繩紋時代的人說的是奧斯特羅尼西亞語。
因此日本人與南太平洋島國居民關係更密切，日語其實屬於南島語系。西方的歷史學家認為，彌生時代的移民取代了土著居民，永久地終結了他們的土著文化，這樣看來，日本文化成了起源於華北和古代朝鮮的外來文化，現代日本人不太贊同這種觀點。無論日本文化的源頭為什麼，日本的語言、社會結構、宗教不能追溯到彌生時代的遷入者身上出於實際考慮，彌生時代是日本文化的一個新篇章，該時期的劇烈變化遠遠超過了工業革命帶來的變化。
日本文化一夜之間面目全非，八千多年的文化平靜期陡然轉向農耕文化佔主導優勢的新紀元。彌生時代的氏族以「家」為本位，這些氏族在父家長制的影響下由男性擔任首領和神職者。每一個氏族都與首領信奉的主神相聯繫，所有的儀式都為祭祀主神而進行。這些神，或稱「大神」（Kami），象徵著自然的強大力量與世界上一切美好的事物；彌生時代的人們感激著創造世界及萬物的神靈。一個氏族擊敗另一個氏族，就會將對方的主神吸納到自己的宗教活動中去。
這樣一來，彌生時代漸漸產生了多神的宗教體系，這些神都是與家族等級制度一脈相承的。彌生時代的日本人按照自己的軌跡生活。他們沒有記事系統，沒有貨幣，大多穿麻布和樹皮製成的衣服。一夫多妻是很普遍的現象，但是女性在氏族社會中仍佔有相對重要的地位。女性有朝一日也能成為氏族主宰或神職者，從中國早期提及日本的文獻中我們會找到證據。家族間的關係很複雜；慢慢地，小國開始採取守衛戰爭保護自身利益。