牛頓在故鄉過著與世隔絕的瘟疫雖然奪去了成千上萬人的體命，卻給這位天才的科學家以充足的時間去思考探索和計算,他的三項主要成就微積分萬有引力和光學都是在此期間打下基礎的,這是牛頓一生中科學發明的全盛時期,媽媽看到久別重逢的兒子，激動得熱淚盈眶,弟弟和妹妹也高興得不得了,平素很少閒聊的鄉親們又議論紛紛了頓回來了，一副城市派頭，可出息了,鼠疫呀,聽說他這次回來是因為城裡鬧回到鄉下，怕是不能學習了吧,你說什麼,聽說人家天到晚都在家裡用功呢,牛頓雖然回到鄉下，可是絲毫沒有放鬆，因為要研究的問題很多。
在學校裡讀書、做實驗固然是做學問，但更重要的是獨立思考，歸納整理所學的知識，這樣才能取得長足的進步。牛頓平日總是悶在二樓的房間裡，過著與世隔絕的生活,他腦子裡充塞著從劍橋大學帶回來的最新科學觀念，隨興所至，不慌不忙地思考他所感興趣的各種問題。牛頓在家裡度過了他的二十三歲，以及二十四歲的大部分光陰,他把精力主要集中在三個問題上，那就是微積分、哥哥，吃午飯啦,妹妹衝著二樓牛頓的房間喊了一嗓如可是樓上一點反應也沒有,放兒水一又肆書，對裡望哥哥準是又著迷了,妹妹嘟囔著登上樓，輕輕地推開哥哥的房門。
此時牛頓正專心致志地思考著什麼，筆記本上寫滿了難解的公式，門開了，他竟沒有察覺，哥哥吃飯啦！牛頓嚇了一跳，回過頭來噢，是妹妹呀。說完，又趴在桌上演算起來,哥哥，你日夜不停地算，到底在算些什麼呀,是數學上的二項式定理，我發現了一個很有趣的算法，有了引力平方反比定律，再發現了運動三定律，特別是從運動第二定律可以得出引力與相互作用物體的質量及其乘積成比例，牛頓就在1685年初發現了萬有引力定律。有了萬有引力定律，一切天體的相互作用和運動規律都可以較容易地算出來，奠定了天體力學的基礎。
有了這個定律，一向神秘莫測的和神話般的天宇便成為可知的了。它的作用與地面上的一切物體的作用和運動都遵守同樣的規律，使天上和地上的統一起來，使古往今來的自然哲學變成為科學。牛頓的這個重大貢獻，使他逐漸被公認為最偉大的科學家，愛因斯坦在紀念牛頓逝世200周年發表的文章中寫道著車的研究，後來的科學家創立了光譜學，這對於測定和了解太陽的物質組成，元素和天體演化，有重要意義，並且根據這個諧理先後發現了許多元素，如氦、銫、銣、 鉈和錮等,關於微粒說牛頓曾經用七種不同顏色的微粒模擬七色光譜，將它們依不同的比例混合，顯示出不同的顏色。
後來的科學家創立了光譜學，這對於測定和了解太陽的物質組成，元素和天體演化，有重要意義，並且根據這個諧理先後發現了許多元素，如氦、銫、銣、 鉈和錮等。關於微粒說牛頓曾經用七種不同顏色的微粒模擬七色光譜，將它們依不同的比例混合，顯示出不同的顏色，而將七種顏色的微粒混合在一起時，變成為白色，牛頓企圖用這種實驗證明他的光學理論。光的微粒說是與光的波動說相對立的-種光學理論，它在光學史上，特別在18世紀和20世紀初，對科學的發展產生了重要的作用。