基督教（新教）於1831年由德國傳教士郭士立傳入上海。自19世紀後期至20世紀初，世界基督教的主要宗派均派遣傳教士來上海，在傳教的同時，還興辦醫院、學校、出版、慈善事業等，基督教青年會、基督教女青年會等社會服務團體和慈善救濟團體也進入上海。歷史上，上海著名的教會大學有聖約翰大學、滬江大學，教會醫院有同仁醫院、宏仁醫院，教會出版機構有廣學會。
20世紀上半葉，在中國人民反帝反封建運動影響下，一些基督教界的有識之士對中國基督教實現獨立自主，做出了不懈努力。1906年，上海俞國楨牧師組織中國耶穌自立會，提出「愛國愛教」口號，要求實現「自立、自養、自傳」。中華人民共和國成立後，1950年7月，吳耀宗等40位基督教界人士在上海發表了《中國基督教在新中國建設中努力的途徑》宣言，發起實行獨立自辦教會宗旨的「三自革新運動」。1958年，上海市基督教按照「求同存異、互相尊重」的方針，實行聯合禮拜，不同宗派「彼此尊重」，改變了過去基督教宗派林立的局面。
為滿足日益增多的在滬外國僑民的宗教生活需求，自1996年起，市基督教兩會先後在國際禮拜堂和鴻恩堂開設了英語專場禮拜、在新涇堂開設了韓語專場禮拜。市基督教兩會曾接待過英國坎特伯雷大主教、南非著名社會活動家圖圖大主教、美國著名布道家葛培理牧師、美國包樂布道會總裁包樂博士等；還接待了來訪的外國國家元首、政府首腦，如挪威國王哈拉爾五世及王后、美國前總統卡特、柯林頓、澳大利亞總理霍華德等。
上海基督教堅持服務社會的光榮傳統，興辦了敬老院，組織信徒為賑災幫困捐款捐物，積極響應國家號召對口支援偏遠欠發達地區，2003年以來，累計捐款捐物達1066餘萬元。
上海現有基督教信徒19萬餘人，教職人員370多名，神學院一所，名為華東神學院，成立於1985年。全市基督教教堂164所，其中影響較大的有國際禮拜堂、沐恩堂、懷恩堂、景靈堂、清心堂、鴻恩堂等。
沐恩堂，原名慕爾堂，位於西藏中路316號，始建於1887年，現在的沐恩堂於1931年重新建造，包括大堂及鐘樓、四層樓附屋等，可容1000人。大堂的方形柱子和樓座的欄杆都用假石飾面，堂頂為水泥尖拱頂，玻璃窗以黃色為主，映照出教堂的神聖氛圍。
國際禮拜堂，位于衡山路53號。1920年美國基督徒在今東湖路，租借一場所做禮拜用，取名Community Church，中文為協和禮拜堂，取「協和萬邦」之意。1923年發起建堂募捐，1925年３月新堂落成，禮拜用英語，參加者主要是美國基督徒，故稱美國禮拜堂。抗戰時改名國際禮拜堂。該堂是一座近代哥德式磚木結構的建築，屋頂呈交叉形木屋架。大門朝北，兩邊設尖拱長廊，窗框均為弧拱形，鑲嵌梅花紋玻璃。1996年8月起，國際禮拜堂每星期日下午開設了在滬外籍人士參加的英語專場禮拜。
景靈堂，位於崑山路135號，建於1924年，總面積為1067平方米，可容納1500餘人，是當時上海最大的禮拜堂。