「民主是個好東西」，這大概是五四以來中國人的一貫認識，儘管人們在實踐層面並不一定實行民主，總是為無法實行民主尋找藉口，但誰也不願否認民主是人類發展到今天「最不壞的東西」。
當民主在19世紀末20世紀初從西方飄洋過海來到東方，來到中國的時候，與其結伴而行的還有另外一個「好東西」，那就科學。如果說民主是人類發展到今天「最不壞的東西」，那麼科學則是人類發展到今天「最好的東西」，於是那時的中國人有了「科學萬能」的幻想，期待科學能夠解決人類所面臨的一切問題。中國人對科學的崇拜、信仰乃至迷思，或許正如胡適所說的那樣如醉如痴：「這三十年來，有一個名詞在國內幾乎做到了無上尊嚴的地位，無論懂與不懂的人，無論守舊和維新的人，都不敢公然對他表示輕視或戲侮的態度。那個名詞就是『科學』，這樣幾乎全國一致的崇信，究竟有無價值，那是另一問題。我們至少可以說，自從中國講變法維新以來，沒有一個自命為新人物的人敢公然毀謗『科學』的。」所以，那時的中國人就根據英文的音譯，很親切地將科學與民主喚作「賽先生」（science）、「德先生」（democracy）。
對民主與科學尤其是對科學的崇拜，是那時的潮流。而在這些「趕潮」的人中，就有一位在當時，在後世都產生過重要影響的人物，那就是我們將要敘述的丁文江先生。
字在君，1887年4月13日（清德宗光緒十三年三月二十日）出生於江蘇泰興黃橋鎮，這個偏僻的鄉鎮在國內內戰中因「黃橋燒餅」而著名。黃橋在京滬線西側，南距長江約30公裡，在丁文江出生的年代，黃橋鎮大體上與外界隔絕，因為京滬線的修建是後來很遲的事情。
根據丁家後人的描述，丁文江的曾祖曾經在浙江某地擔任過一個小官，但其祖、父兩代不是一代勝過一代，而是一代不如一代，逐步退居鄉裡，除了保留「祖上曾經闊過」的記憶外，已經與一般家庭毫無區別。
當丁文江出生的時候，應該說是晚清幾十年中最好的時光，清政府經過差不多20年的洋務新政、同治中興，至光緒初年，中國的經濟狀況已有很大改善。除卻在丁文江出生的第二年，中國與法國因安南有過一次短暫的戰爭外，至1894年，中國大體贏得了前後約30年的和平發展時期，使中國的綜合國力大為提高，與此同時，官僚體制腐敗的痼疾，君臣上下、朝廷內外都因幾十年的和平發展產生了莫明其妙的虛驕，這就為甲午戰爭的失敗留下了伏筆，也是後來一系列變革的前提條件與重要背景。
這後來的重要變化在丁文江剛出生時的中國尚看不跡象，於是丁文江與千百萬誕生於中國鄉村社會，且父母在解決了起碼的生存問題之後尚有餘力培養孩子的一樣，在鄉間接受啟蒙教育，為將來的科舉事業作準備。
按照中國傳統教育模式，丁文江5歲就傅，正式開蒙，閱4年，至9歲時為一個段落，大體將四書五經研讀一過，培植繼續深造的根基。據說丁文江生而有殊稟，神悟卓絕，寓目成誦，師奇其資質過人，試以聯語囑對：「願聞子志」，丁文江隨口對曰：「還讀我書」。其工正典雅，志趣不凡，不能不令人嘆為宿慧，視為難得的讀書種子。
鄉村塾師的學識終究不能滿足丁文江的求知心，而1898年的維新運動以及隨之而來的政變等一系列變動，也給丁文江未來道路的選擇提供了新的可能，丁文江或者是父親已經預感到繼續在科學的道路上爬行，或許是條不通的路，於是丁文江雖然成績優異，但他無意繼續參加生員考試，而準備離開鄉村，到上海南洋公學深造，這是中國第一所完全採用西方學校教程的中學。由此可知，丁家或有意將丁文江送到海外深造。
丁文江尚未前往上海，卻遇到了一段奇緣。這段奇緣不是改變了丁文江的成長軌跡，而是加快了這一進程。在丁文江將要啟程的時候，新任泰興知縣龍璋耳聞丁文江資質不凡，遂囑丁父攜入衙門，當面測試，試以《漢武帝通西南夷論》。丁文江下筆如神，議論風生，多所闡發。龍大嘆異，許為「國器」，即日納為弟子。
知縣龍璋（1854-1918），字研仙，湖南長沙府攸縣人，光緒舉人，是當時西方新學術的門徒和時代弄潮兒，在出任泰興知縣前後曾任如皋、上元、江寧等地，大體以江蘇為基地，後來成為湖南政治場上的重要人物，是反對袁世凱帝制自為的急先鋒。不過，這都是後話。
或許是龍璋具有過人的見識，他一眼就看出丁文江的未來必定不同凡響，必將出人頭地，於是他力勸丁文江和丁父不要再到上海南洋公學耽擱功夫，而是應該直接、儘快出洋留學。
丁文江的父親既然同意丁文江到上海去上新式學校，顯然對丁文江出國留學早已有了心理準備，而且他既然同意帶兒子到縣衙門面試，顯然對龍璋的建議不僅不會反對，可能有正合我心之感。惟一使丁文江或許有點困難的是家庭原因，一是他的母親先一年去世，使他覺得在居喪期間或許難以成行；二是出國留學畢竟不同於到上海讀書，其所需的費用對於丁家來說無疑不小，至少會減少家中其他子女求學的機會。當時，丁文江的哥哥丁文濤也想出國留學，然而雄心勃勃、聰明絕頂的弟弟卻先發制人對他說：「不有居者，誰侍庭幃；不有行者，誰圓國事？家與國，爾與我當分任之。」
各種難題逐一解決，至1902年，15歲的丁文江便隨龍璋的表親胡元倓（子靖）前往日本，開始了他的留學生涯。丁文江是一個知恩圖報的人，對於龍璋的提攜與知遇終身難忘，他不止一次說：若不遇見龍先生，他一生的歷史或者完全不同，至少不能那樣早出洋留學。1911年，他自英國學成返鄉，路經湖南，專門到長沙拜謁恩師。1935年12月2日，丁文江再次來到湖南，下車伊始，即表示到湖南一定要看兩個人，一是鬍子靖先生，第二個就是師母龍研仙夫人。12月5日，也就是他中煤毒前三天，徒步登上了海拔1000多米的衡山，拜謁龍研仙先生紀念亭，在碑前徘徊甚久，向隨行湖南教育廳長朱經農等人追述當年如何遇見龍研仙先生，命其作《通西南夷論》，如何勸其研究科學，並託鬍子靖先生帶其出洋。談話間流露出難以忘懷的真切情感。當日晚，又作懷師詩：
十五初來拜我師，為文試論西南夷。
半生走遍滇黔路，暗示當年不自知。
海外歸來初入湘，長沙拜謁再登堂。
回頭廿五年前事，天柱峰前淚滿腔。
1902年秋至1904年春夏之交，丁文江在日本度過。只是在這三年中，丁文江並沒有像人們期待的那樣，將精力完全用於對科學的追求上，而是不自覺地投身於現實政治，追隨梁啓超鼓吹改良中國政治，改良中國社會，促進中國的文藝復興。
丁文江等留日學生的這一處境引起了老革命家吳稚暉的注意。這位老革命家原本也在日本，後因反滿革命而被日本政府驅逐出境，流亡蘇格蘭。在那裡，吳稚暉研究進化論和古生物學等道地的西方知識，所以他對日本留學生「終日開會，吃中國飯，談政治，而不讀書」很不滿意，曾致信丁文江等留日學生設法到英國去。
吳稚暉的建議引起了丁文江等人的注意，再加上1904年初在中國的土地上爆發的日俄戰爭，其結果也使留日學生感到莫名的尷尬、羞愧與自豪。自豪的是亞洲人能夠擊敗強大的帝國，羞愧的是對比昔日被鄙視的島民所取得的榮耀，中國竟是如此的軟弱無力。丁文江和他的朋友們被街上所遇到的日本人對他們發出的嘲笑深深地刺痛了，因此他不僅執意離開日本前往英國，而且他的新的野心是到英國學習海軍，將來做一名海軍指揮官，或許有機會與日本人在海上決一勝負。
初到英國，丁文江接受一位英國朋友的建議，到東部林肯郡的斯堡爾丁讀了兩年中學。斯堡爾丁雖小，但民風樸實，鄉民們對外來的中國人也格外歡迎，丁文江在那裡獲得了英國社會生活的真實知識，所以被丁文江後來稱作自己的第二故鄉。
在斯堡爾丁中學的兩年間，丁文江連跳三個年級，不僅順利得到進入英國最高學府劍橋大學的資格，而且第一次得到了西方知識最直接、最認真的介紹，奠定了後來進一步深造的基礎。
1906年考入劍橋大學。儘管丁文江有中國政府提供的獎學金，但「從不額外照顧窮小子」的劍橋大學高昂的費用還是讓丁文江吃不消。第一個學期結束後，丁文江主動輟學，轉赴歐洲大陸遊歷。幾個月後，於1907年春天轉入風氣質樸的格拉斯哥大學，開始專心致志學習動物學、地質學、地理學等。
經過長達五年的大學學習，1911年初，丁文江獲得格拉斯哥大學動物學和地質學雙學位，然後返回離別七年的祖國。這七年的時間，使他從一個聰明伶俐的15歲少年，變成一個滿腦子現代專業知識、風度翩翩的成年男子。胡適後來說丁文江是「一個歐化最深的人」，英國哲學家羅素也說丁文江是他所見到的中國人中最有才華最有能力的人。丁文江身上所體現的歐化，並不僅僅指他喜歡筆挺的西裝革履，也不是他那講究修飾的小鬍子，更不是他對雪茄的特別偏愛，而是指他在這七年的留學生涯中，真正掌握了多種語言，能夠直接與國際學術界對話，不僅留意國際學術界的前沿問題，而且他本身所從事的工作，實際上就是國際學術界的前沿問題，因為他具有現代科學家所具有的專業性技能和思維方式。
1911年春夏間的歸國旅途，對於年輕的地質學家丁文江來說也是一次難得的考察機會。度過英倫海峽進入歐洲大陸之後，丁文江藉機遍遊歐洲，特別考察了阿爾卑斯山，然後乘船取道越南西貢回國。5月10日轉乘火車抵達雲南勞開，接著或徒步，或乘船，或乘車，繼續前行，在雲、貴、湘等地旅行，穿越偏遠的多山地帶，考察地質、地貌，尋找礦產。7月底，經武漢、上海返回到家鄉。
丁文江回到家鄉的時間在辛亥革命爆發前的兩個月，他或多或少地已經感覺到國內政治的急劇變化，到他更對他的家庭的巨大變化稍感震驚。在丁文江出國留學的前一年，他的生母不幸去世，在他出國之後不久，他的父親再婚，並為已經長大成人的丁文江又生了三個小弟弟。毫無疑問，海外歸來的丁文江必須承擔起家庭經濟的部分責任。
在故鄉小住一段時間後，丁文江與他的的新婚妻子一起前往上海南洋中學。這所學校是丁文江出國前最想去的學校，只是那時想去讀書，現在則是去教書。在南洋，丁文江講授地質學入門，很快引起了新成立的中華民國政府工商部礦政司司長張軼歐的注意，急約入京。1913年初，丁文江受聘擔任新成立的地質科科長。在丁文江的領導下，地質科發展成為中國地質調查所，丁文江的畢生事業正是從這裡開始。
民國初年，科學主義在中國已落地生根，但儒家人文主義的偏見仍在知識界高居統治地位，像地質學這種專門之學尚未受到足夠的重視，中國知識界依然信奉著修齊治平的知識背景。丁文江履新之初，實可謂篳路藍縷，無中生有，因此被中國現代科學史視為中國地質學崛起、興盛的關鍵性事件。丁文江在地質學領域的貢獻巨大，成為該學科的開山祖師，他不僅和他的早期同事一起制定了一套全新的學科範式，標誌著一個新學科的誕生，而且充分利用自己的人脈與網絡，為地質學在中國的發展、興盛提供了健康的外在環境。
1913年6月，丁文江利用北京大學地質門停辦後閒置的圖書標本，以農工商部的名義辦了一個地質研究班，稍後又在這個研究班的基礎上創辦了一個研究所，連續招生。首批學員不少是丁文江在南洋中學時的學生。1916年，第一批30名學生畢業，大多留在地質調查所工作，並逐漸成長骨幹力量。
在致力於人才培養的同時，丁文江更信奉讀萬卷書，行萬裡路的信條，反對坐而論道，主張實地考察，這是因為丁文江清楚地知道，在當時甚至連西方學校都存在缺乏第一手觀察的不足之處，而中國學生對於艱苦的體育鍛鍊則更缺乏準備。鑑於此，丁文江每周都要組織學生進行野外考察，淳淳告誡學子：「移步必須步行，登山必達頂峰」。要求學生在真正掌握地質學的原理和基礎之後，必須系統研究中國地質資料，必須親身進行實地考察，親手繪製地圖、採集化石。
丁文江這樣要求學生，而他自己更是身體力行，只要有時間有機會有經費，他就會到各地進行實地考察。1913年底，丁文江受工商部的委託沿正太線對太行山脈進行了考察，並對井陘和陽泉地區的煤礦儲量作了調查。翌年初回到北京，很快又受交通部的委派前往西南地區進行長達一年的礦產資源勘探。丁文江充分利用這些機會對許多地方進行測量，重新繪製地圖或地質圖，收集標本，並記下內容生動活潑的考察日記，詳細記述各地風土人情、生活習慣、山水風景、自然地理以及各種各樣的奇聞軼事。這是中國科學家利用現代學術訓練進行野外地質調查和地質填圖的開端，在現代中國學術史上具有重大的典範意義。
1915年初，丁文江結束在西南地區的考察回到北京。1916年，地質研究所改組為地質調查所，依然隸屬於政府，專門從事地質學方面的研究工作。丁文江任所長，直至1921年因家庭原因辭職離開，丁文江為中國地質學的創建作出了巨大貢獻，使這門從西方引進的現代學術在短短的時間內就形成了自己的風格，在國際學術界擁有自己的影響力和著名學者。此點正如胡適1922年所說的那樣：「中國學科學的人，只有地質學者，在中國的科學史上可算得已經有了有價值的貢獻。」李濟後來在評價丁文江的學術貢獻時強調，丁文江是中國地質學開荒時期的最大領袖之一，為中國學術開闢了一個新紀元。
作為五四時期的知識分子，丁文江當然和其他一些學者一樣，期待著中國的文藝復興，但他又和其他學者不同的是，他既不像梁啓超那樣讚美清代學者以復古為革新的嘗試，更沒有像胡適那樣著力挖掘非儒學派與西方近代文化的同構關係，尋找西方思想文化在中國生根發芽的土壤。丁文江接受了文藝復興的思想，只是他對中國文藝復興背景的解釋卻與眾不同，值得玩味。他指出，在唐代的自由與藝術文明衰落之後，宋代出現了一股反動逆流，那些打著新儒學旗號的理學家們以一種愚弄人的形式主義毒害知識分子。宋明理學從表面上看是致力於通過佛教思想改頭換面成為一種玄學啟蒙，實際上是反知識的，是不講方法的煩瑣哲學，是沒有信仰的宗教。直至17世紀初，明智的知識分子開始對他們所處時代的知識感到不能滿足，再加上政治上的不滿強烈地刺激了知識分子思想上的活躍和探索精神，使大多數知識分子從沉睡中喚醒，開始注意西方傳教士帶來的新思想與新方法，並將這種方法成功地運用到對傳世經典的研究上。這場運動可以稱之為中國的文藝復興，它始於對傳統經典的品評，以引進西方科學和哲學而結束。丁文江指出，在這場偉大的運動中，宋應星和徐霞客兩人佔有非常重要的位置，他們懷疑博物史中的傳統記載，因為關於自然的真理只能通過第一手的觀察才能較好地確定下來。而且，由於是把觀察到的現象而不是把史書上的記載當作根據，這顯然具有近代科學的意味，他們「為了追求真知和達到精神上的滿足，餐風宿露，廢寢忘食，這正是文藝復興精神的體現。」
基於這樣的認識，丁文江將宋應星和徐霞客視為自己的思想前驅，不僅努力把他們的著作從接近於完全湮沒中拯救出來，而且自覺地接續宋應星和徐霞客的考察，以「現代徐霞客」的精神激勵自己，常年奔波在荒郊野外，以自己的考察驗證、檢驗他們在《天工開物》和《徐霞客遊記》中的記載。
隨著地質調查所的工作成績逐漸被外界所認知，丁文江在北京文化圈的影響力也越來越大，逐漸與文化界的核心人物蔡元培、梁啓超、胡適等人結識，有的甚至成為畢生好友。
1918年，第一次世界大戰結束，為了戰後世界秩序的安排，戰勝國準備在巴黎召開善後會議，中國因先前的段祺瑞政府執意對德宣戰，於是作為戰勝國被邀請參加。梁啓超、丁文江、張君勱、蔣百裡等民間人士在非官方組織的支持下也來到了歐洲，一是期待在輿論上對中國政府代表團有所聲援，二是實地考察戰後歐洲的真實情形。
正如許多研究者所指出的那樣，第一次世界大戰的結束，標誌著半個世紀以來中國向西方學習的思潮與運動發生了根本轉折，中國人對歐洲文明的價值發生了深深的懷疑，科學和工業文明改變了人們的生活形態，然而科學的勝利卻把人對天的信仰和對自己靈魂的信仰一掃而光，結果是人類依據所謂科學的原則建立起一種純物質的、純機械的人生觀，使人的生活服從於物質運動的必然法則。於是人類不僅聽從機器的擺布，而且變得越來越孤立、懷疑、軟弱和腐敗，毫無生活本有的樂趣與價值。基於這種貌似深刻的懷疑，梁啓超在歐遊歸來後發表的《歐遊心影錄》中最先提出中國人繼續向西方學習，繼續相信科學萬能，是否也會像西方一樣走向毀滅？
梁啓超的懷疑啟發了梁漱溟。梁漱溟於1921年發表了《東西文化及其哲學》一書，公開昌言走回東方，發現和尋找中國傳統文化的現代價值，重建中國倫理社會，以東方文化的精神文明去救西方文化的物質文明之窮。
梁漱溟的說法自有其偏激的地方，但毫無疑問的是，梁漱溟的這些看法在某種程度上說也是中國人對西方認識的深入和自覺，至少中國人已經覺悟到儘管中國需要建立一種全新的社會制度，但是這種社會制度必須符合自身傳統與特點，無法全面移植。這自然涉及東方與西方兩個世界體系的支撐點，即他們賴以發生、發展的哲學基礎。
為了回答這些問題，張君勱於1923年2月14日在清華學校作了題為《人生觀》的講演，對科學萬能的說法提出了尖銳的批評，認為科學具有很大的局限性，並不能解決人生觀問題，因為科學與人生觀是根本不同的：「科學之中，有一定之原理原則，而此原理原則，皆有證據」；然而「同為人生，因彼此觀察點不同，而意見各異，故天下古今之最不統一者，莫若人生觀。」張君勱列舉科學與人生觀的五點區別是：
第一，科學為客觀的，人生觀為主觀的。
第二，科學為論理的方法所支配，而人生觀則起於直覺。
第三，科學可以以分析方法下手，而人生觀則為綜合的。
第四，科學為因果律所支配，而人生觀則為自由意志的。
第五，科學起於對象之相同現象，而人生觀起於人格之單一性。
張君勱認為，人生觀之特點所在，曰主觀的，曰直覺的，曰綜合的，曰自由意志的，曰單一性的。這一切，都是與科學的特點截然不同的。按照張君勱的分析，人生觀面對或者說要解決的問題主要有這樣九個方面：
1、我與我之親族之關係；
2、我與我之異姓之關係；
3、我與我之財產之關係；
4、我對於社會制度之激漸態度；
5、我在內之心靈與在外之物質之關係；
6、我與我所屬之全體之關係；
7、我與他我總體之關係；
8、我對於世界之希望；
9、我對於世界背後有無造物主之信仰。
張君勱指出，凡此九項皆以我為中心，或關於我以外之物，或關於我以外之人，東西萬國，上下古今，無一定之解決者，則以此類問題，皆關於人生，而人生為活的，故不如死物質之易以一例相繩。在張君勱看來，科學是關乎物質的，而人生觀是關乎精神的。基於這種判斷，再對中西文明進行了對比，張君勱輕而易舉地回到文化保守主義的觀點上，認為中國的是「精神文明」，西方的是「物質文明」：自孔孟以至宋元明之理學家，側重內心生活之修養，其結果為精神文明。三百年來之歐洲，側重以人力支配自然界，故其結果為物質文明。而西洋的「物質文明」的文化或人生觀到底不足以解決人生觀問題，所以導致了「一戰」的災難；唯有中國的「精神文明」的文化或人生觀才能解決人生問題。所以科學無論如何發達，而人生觀問題之解決，決非科學所能為力，惟賴諸人類之自身而已。「蓋人生觀，既無客觀標準，故惟有返求之於己」。
對包括科學在內的一切保持適度的懷疑原本是一種科學的態度，然而張君勱的演講實質上已不是對科學的適度懷疑，而是在宣揚一種在科學主義者看來非常有害的思想主張，所以，當張君勱的演講詞發表之後，絕對科學主義者丁文江不禁「勃然大怒」，他當面怒斥張君勱曰：誠如君言，科學而不能支配人生，則科學復有何用？
丁文江與張君勱是相交有年的好朋友，他們兩人面對面地辯論了兩個小時，但誰也說服不了誰。於是，為了拯救被「玄學鬼附身」的張君勱，更為了提醒沒有被玄學鬼附在身的青年學生，丁文江迅即在《努力周報》上發表《玄學與科學—評張君勱的「人生觀」》一文，竭力為科學辯護，以為第一次世界大戰的結果並不能證明科學破產。強調無論如何，人生觀都要受到科學的公例、定義及方法的支配。人類今日最大的責任與需要不是在人生觀上排斥科學，為玄學留下一塊空地，恰恰相反，是把科學應用到人生問題上去。
在丁文江看來，張君勱並不了解科學的性質，而且從哲學上看，張所依賴的主要是歐洲唯心主義的蒙昧主義傳統。站在中國人的立場上看，張君勱的爭辯是企圖把宋明理學和一切古老文化，從偶像崇拜反對者的攻擊中拯救出來，而防禦這些攻擊只能訴諸非理性的直覺。丁文江認為，宋明理學早已遭到清代經驗主義學者的鄙薄和清算，倘若在20世紀聽任其莫明其妙地復活，中國社會就有可能完全脫離科學進步的危險。
丁文江認為，科學能知世上可知的一切，從認識論的意義上說，我們對任何事物的了解，都是思維活動的結果。丁文江把張君勱的人生觀哲學斥為「玄學」，稱張君勱「玄學鬼」附身：
張君勱的理路大致是：人生觀天下古今最不統一，所以科學方法不能適用；而丁文江認為，人生觀現在沒有統一是一件事，永久不能統一又是一件事；何況現在無是非真偽之標準，安見得就是無是非真偽之可求？要求是非真偽，除去科學方法，還有什麼方法？
基於「經驗實在論」的立場，丁文江提出討論三原則：
一是經驗原則：科學知識起於感知。「覺官感觸是我們曉得物質的根本」；「無論思想多麼複雜，總不外乎覺官的感觸。」
二是邏輯原則：知識起於據經驗而進行的邏輯推論。「旁人有沒有自覺呢？我不能直接感觸他有，並且不能直接證明他有，我只能推論他有。」
三是唯心原則：物質存在最終起於經驗—邏輯。「我們所曉得的物質，本不過是心理上的覺官感觸，由知覺而成概念，由概念而生推論。科學所研究的不外乎這種概念同推論。」
丁文江的立論，主要基於兩條原則：
其一，「凡常人心理的內容，其性質都是相同的。心理上聯想的能力，第一是看一個人覺官感觸的經驗，第二是他腦筋思想力的強弱」；
其二，「天才豪傑同常人的分別，是快慢的火車，不是人力車同飛機。因為我們能承認他們是天才，是豪傑，正是因為他們的知覺概念推論的方法完全與我們相同。」
丁文江之所以堅信張君勱的人生觀不可能逃出科學的範圍，是因為他堅信：
一、凡不可以用論理學批評研究的，不是真知識。
二、科學的材料原都是心理的現象，若是你所說的現象是真的，決逃不出科學的範圍。
三、科學未嘗不注重個性直覺，但是科學所承認的個性直覺，是根據於經驗的暗示，從活經驗裡湧出來的。
丁文江指出，張君勱的人生觀，一部分是從西方玄學大家柏格森哲學中演化出來的，又聯合了中國陸象山、王陽明、陳白沙一派高談心性的玄學家。
對於張君勱對對科學的誤解，丁文江提出三點申辯：
第一，「科學的材料是所有人類心理的內容」；「張君勱說科學是『向外』的，如何能講得通？」
第二，科學不僅是「物質的」；科學對人心大有裨益：「科學不但無所謂向外，而且是教育同修養最好的工具」；「不但使學科學的人有求真理的能力，而且有愛真理的誠心」；「拿論理來訓練他的意想，而意想力愈增；用經驗來指示他的直覺，而直覺力愈活」。
第三，科學不是「機械的」；「瞭然於宇宙生物心理種種的關係，才能夠真知道生活的樂趣。這種『活潑潑地』心境，只有拿望遠鏡仰察過天空的虛漠、用顯微鏡俯視過生物的幽微的人，方能參領得透徹」。
至於張君勱強調的歐洲文化破產及其責任，丁文江的回應更簡單，他根本不承認歐洲文化破產，退一步，即便歐洲文化縱然是破產，科學絕對不負這種責任，因為破產的大原因是國際戰爭；對於戰爭最應該負責的人是政治家同教育家。這兩種人多數仍然是傳統宗教、教育的產物，而這種傳統宗教教育與科學理想相去萬裡。所以，丁文江堅持認為，歐洲的麻煩事實上是由於歐洲未能把科學精神延伸到社會的、政治的問題中去而造成的，不是科學導致了歐洲的災難，恰恰相反，歐美政治社會絕對缺乏科學精神。
至於張君勱沿襲梁啓超、梁漱溟將東西文化強行分為精神的和物質的，丁文江認為是最沒有道理的，東西文化決不是所謂物質文明、精神文明這樣籠統的名詞所能概括的。
作為絕對的科學主義者，丁文江引用胡適的一句話格外強調：
我們觀察我們這個時代的要求，不能不承認人類今日最大的責任與需要是把科學方法應用到人生問題上去。
丁文江的文字批評和口頭批評一樣，並不能說服張君勱，張稍後發表答覆長文，就其所謂自由意志的人生觀作了進一步的闡釋，認為丁文江拒絕接受精神現實與物質現實相聯繫的可能性，他稱丁文江「感知論者」，於是張君勱借用康德反對英國經驗主義者的傳統論點駁斥丁文江，以為人的思維如果不對感知材料作概念化的加工並使之成為可以接受的東西的話，那麼感官感知的內容就十分支離破碎。
張君勱、丁文江的論辯，引起了學術界的積極回應，胡適之、吳稚暉、王星拱、唐鉞、朱經農站在丁文江的一邊，堅持的「科學的人生觀」，批評張君勱將世界分為科學的物質世界和思想的精神世界的觀點；而張東蓀、林宰平、瞿菊農、屠孝實則贊同張君勱的觀點，以為科學的功能是有限的，支持張君勱重建「新宋學」的努力。
科學與玄學的論爭從表面上看，參與論爭的人是誰也沒有說服誰，但從實際後果看，這場論爭所產生的對科學的熱情，本身成為知識分子生活中的一股創造性力量。儘管他們有著論戰的分歧，但所有鼓吹和信奉科學的人，實際上都受到這種信念的鼓舞，即只有受過科學訓練的知識分子，才能設計出解決中國問題的方案，才有可能進行一場科學的社會革命。在這場社會革命中，運用理性的技術解決人類福祉問題，使得提供比迄今通過常規智慧所提供的更為人道、更為有效的解決方法成為可能。這就使得闥所鼓吹的科學的行動，不僅具有學術上的重大意義，而且具有政治上、社會上的合法性保障。他們使用「賽先生」作為護身符，用這個具有魔力的護符去驅走一切迷信、保守主義以及對過去的盲目忠誠，以便把人的智慧解放出來，去思考人類所面臨的種種緊迫問題。科學，已經不再是一般意義上的科學，而是一種「科學主義」，甚至是「絕對的科學主義」。
科學是個好東西，但當科學成為一種「主義」，可能其中也就蘊含著一些問題。因為人類對自身、對社會、對自然的認識，不僅無法窮盡，甚至可以說，人類現在的認識不過是九牛一毛，因此以「科學」加「主義」的名義去號令一切，於是許多的東西，便在這些科學家的眼裡成為迷信，成為糟粕，成為必須打到，必須捨棄的東西。而這些東西又恰恰以中國固有的東西為多，其中最典型的例子莫過於中醫和中藥。而這一點也與我們一直討論的丁文江有很大的關係。
世上本無中醫和中藥，只是西方醫學傳入中國之後，方才對中國固有的治病、療傷、調理等手段命名為中醫和中藥，因此想用西醫的手段與方法對中醫和中藥進行測定與分析，可能已經離中醫、中藥的本質越來越遠。
說中醫、中藥和丁文江有關，是說包括丁文江在內的那一大批中國第一代現代型的知識分子，當他們接受了西方科學的洗禮之後，一般地說來，他們最痛恨的就是中醫和中藥，據說胡適、魯迅、蔣夢麟、丁文江這一大批學術領袖，基本上不信任中醫和中藥。嚴復、梁啓超、陳獨秀、魯迅、周作人、傅斯年、郭沫若和梁漱溟等人的著作裡，都有很多批判中醫的文字。如郭沫若：「中醫和我沒緣，我敢說我一直到死決不會麻煩中國郎中的。」傅斯年也表示：「我是寧死不請教中醫的，因為我覺得若不如此便對不住我所受的教育。」孫中山患肝癌，協和醫院宣告束手無策時，仍然不願服中藥，以為中藥固然也有有效的，但診斷的知識卻缺如。不能診斷，如何用藥？孫中山本人就是醫生，他的這種信念自然影響很大，魯迅對此就十分感動。
據說丁文江終身不曾請教過中醫。甚至有一次在貴州內地旅行時，他和他隨員都病倒了。本地沒有西醫，而丁文江又是絕對不信中醫，所以他無論如何不肯請中醫診治，他打電報到貴陽去請西醫，必須等貴陽的醫生趕到了他才肯吃藥。醫生還沒有趕到，他的隨員已病死了，人都勸丁文江先服中藥，他終不肯破戒。結果在後來惹了大麻煩。
1935年12月2日夜，丁文江自南京抵長沙。與此前所有外出考察一樣，丁文江這次到湖南來，主要是受鐵道部委託前來調查粵漢鐵路沿線煤礦；同時由於北方局勢日趨緊張，丁文江受教育部委託為清華大學在長沙選擇新校址，以備不時之需。所以，丁文江此次考察日程安排還是比較緊張。
3日，丁文江在長沙稍事休息，即會見湖南地質同行，視察學校；看望早年帶他到日本留學的恩師鬍子靖先生，不遇；又準備拜望恩師龍璋先生的遺孀，但一時查不出住址，遂作罷。
4日上午，丁文江一行去湖南地質調查所，談來湘目的、日程分配，詢問譚家山煤礦地質情形，並參觀該所陳列館、圖書室及工作室。下午，拜訪郭若衡、蕭秉文等。
5日，丁文江登南嶽衡山，祭掃恩師龍璋墓；6日下山。7日，步行15裡，前往譚家山勘礦。抵後，並未休息，即沿譚家山東側田園考察，隨後下洞考察。譚家山煤礦礦洞傾角45度，深170米。礦井本來就是冬暖夏涼的所在，井下的溫度非常高，洞內溫度過高，丁文江一行著單衣而入，亦汗流浹背。至洞底，丁文江親測煤系傾角及厚度。出洞時，衣服全溼。而12月的天氣極冷，丁文江等人為了感時間，沒有浴池洗澡出一個透汗，僅將汗溼的衣服烤乾，加上外衣後即回南嶽。大概在這一過程中，丁文江有點傷風感冒。
8日，丁文江一行抵衡陽，粵漢鐵路局局長凌鴻勳在此迎候，入住粵漢路株韶段路局賓館。房間甚小，裝有壁爐，生煤火。
凌鴻勳是丁文江的老朋友，然而或許是因為有點傷風感冒不舒服，晚飯後9時許，丁文江即與凌鴻勳分手，入室後即將窗門嚴閉，服珂達令安眠藥一片，熄燈就寢。
翌日晨，凌鴻勳遲遲不見丁文江起床，遂推門而進，發現丁文江呼吸急促、昏迷不醒。凌鴻勳一面組織緊急救治，一面電請湖南教育局長朱經農在長沙覓良醫來衡。
路局醫生的診斷為煤氣中毒，於是為丁文江注射強心及呼吸刺激劑，醫生三人輪流施行人工呼吸，歷五小時半，未見清醒，乃於午後送入衡陽仁濟醫院救治。由于衡陽路局的醫生在進行人工呼吸時太過粗魯，造成丁文江肋骨骨折，埋下大禍根。但迄28日前，一直未發現。
煤氣中毒自然引起腦部病變。9日夜，長沙湘雅醫院內科主任楊濟時醫師前去衡陽會診，檢查發現病人仍昏迷、面色紫紅、呼吸深促、瞳孔反應甚微；口腔置有擴張器，下門牙已去二；並且有「四肢痙攣，尤以右側為甚，右踝呈陣攣反應」。治療給予靜脈注射葡萄糖液，同時肛門注射大量水分。11日凌晨，丁文江在昏迷達40餘小時後，恢復知覺。
12日楊醫師暫時離去，由中央醫院戚壽南、粵漢路局陳宜誠和仁濟醫院的美國人包樂第等醫師診視。14日，楊濟時再次診察時，發現左前胸乳頭外側腫起，約銀元大小，捫之劇痛，因此於15日轉往湘雅醫院，此後病情一度好轉。17日，傅斯年抵長，擔當起「家屬的代表人」角色。
23日，病情有很大改善的丁文江堅決要求「離床少坐椅上」，然而僅僅半個小時，就「神色劇變」，脈搏、體溫均升高，呼吸困難，胸痛加劇。午後穿刺，左胸穿刺出淡紅色膿液，診斷為膿胸。是晚乃延請湘雅外科主任顧仁 (P. Greene) 醫師診視，抽出大量膿液。
24日，丁文江右上肢痙攣加劇，復行穿刺。傅斯年急電胡適，請協和外科醫師來湘。此後，體溫升高，不能言語，大小便失禁，時醒時睡，不能入眠，出汗較多。至27日，丁文江神志不甚清晰。
28日由顧仁施行手術，於五肋骨處開割，發現第五肋骨已折，並取出濃膿，發現膿中有肺炎雙球菌。
29、30日熱退；此時協和醫院外科主任婁克思（H. Loucks）醫師飛抵長沙會診，根據臨床表現，認為除煤氣中毒、膿胸外，尚有腦血管出血或血栓形成徵象。
自31日起，體溫脈搏由正常度上增，服用毛地黃並不見效。1月3日晨，頸後彎，並作硬，右肢痙攣如前，心音微弱，精神更見萎衰。4日晨，呼吸更形急迫。下午體溫增至45，脈160，病危。
5日晨，脈搏140，體溫39度，呼吸50。顏色青紫。至11時情形更惡，各種刺激注射均無效。午後5時40分，與世長辭。楊濟時最後診斷致死原因：一氧化碳中毒；左胸第五肋骨骨折；枝氣管發炎；左胸積膿（肺炎雙球菌）；心臟衰退；腦中樞淤斑出血。
為了弄清丁文江逝世的原因，在他逝世的當天晚上實行解剖，察驗其致死病源，非僅由於中煤毒，實心臟及肺部早伏病因，平昔用腦太過，腦部血管硬化、腦中樞淤斑出血。
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